TkA08G240040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G240040

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62580336-62583629 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2065 bp · TkA08G240040|TK1151|cDNA

TGACTGCTTCATATAACCCTTTTTAAACCTCATCTCTCACCCACGCACACACAGAGCTGTCTCCACGGCAGCCATGGCGGCGTCTCTCTCGCACATCCCAAGCTTCTTCTCTCCGGCTACCACCACCAACTCCTCGAGCAACCGAATCCGCACTCTATTCTATTTCAAACCCACACCCACCCAATCCCACAAATCATTCGCAATCCTCTGCTCCAGCCGACCGGACTACATCCCCAACCACATTTCAGAGCCAAACTATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · TkA08G240040|TK1151|CDS

ATGGCGGCGTCTCTCTCGCACATCCCAAGCTTCTTCTCTCCGGCTACCACCACCAACTCCTCGAGCAACCGAATCCGCACTCTATTCTATTTCAAACCCACACCCACCCAATCCCACAAATCATTCGCAATCCTCTGCTCCAGCCGACCGGACTACATCCCCAACCACATTTCAGAGCCAAACTATGTTCGCATCTTCGATACAACTCTCCGTGACGGAGAGCAATCTCCAGGCGCCACCATGACCACCAAGGAAAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

592 aa · TkA08G240040|TK1151|PROTEIN

MAASLSHIPSFFSPATTTNSSSNRIRTLFYFKPTPTQSHKSFAILCSSRPDYIPNHISEPNYVRIFDTTLRDGEQSPGATMTTKEKLDIARQLAKLGVDIIEAGFPASSEADLEAVKLIAQEVGNVGADGHVPVICGLARCNKNDIDKSWEAVKHAKFPRIHTFIATSEIHMQYKLKMSKEQVIEKARSMVAYARSLGCNDVEFSPEDAGRSEREFLYEILGEVIKAGATTLNIPDTVGYNWPREFGQLIADIKANTPGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G240040`
TK1151 ID	TkA08G240040
OH-1004 ID	LXL04_033194
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 53.867 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G240040

位置 Chr08:62580336-62583629 (-)

描述 Similar to IPMSA: 2-isopropylmalate synthase A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74040`	催化乙酰辅酶A的乙酰基与3-甲基-2-氧代丁酸酯缩合形成3-羧基-3-羟基-4-甲基戊酸酯。	Glucosinolate and amino acid biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039347 Two Arabidopsis genes (IPMS1 and IPMS2) encode isopropylmalate synthase, the branchpoint step in the biosynthesis of leucine.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.085555
`At1g18500`	催化乙酰辅酶A的乙酰基与3-甲基-2-氧代丁酸酯缩合形成3-羧基-3-羟基-4-甲基戊酸酯。	Glucosinolate and amino acid biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039347 Two Arabidopsis genes (IPMS1 and IPMS2) encode isopropylmalate synthase, the branchpoint step in the biosynthesis of leucine.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.085555

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033194 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009098 L-leucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003852 2-isopropylmalate synthase activity 分子功能

GO:0010177 methylthioalkylmalate synthase activity 分子功能

GO:0016829 lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18500

ath:AT1G74040

gmx:547778

spen:107023302

spen:107028537

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.931

排名 1 · TkA08G240040 · TK1151

线粒体0.089

排名 2 · TkA08G240040 · TK1151

细胞质0.048

排名 3 · TkA08G240040 · TK1151

过氧化物酶体0.030

排名 4 · TkA08G240040 · TK1151

细胞核0.025

排名 5 · TkA08G240040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00682HMGL-like63-340 aa

PF22617HCS_D2172-190 aa

PF22617HCS_D2271-315 aa

PF22617HCS_D2354-438 aa

PF08502LeuA_dimer440-584 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G240040	`PF00682`	HMGL-like	63	340	5e-90	302.1
TkA08G240040	`PF22617`	HCS_D2	172	190	9.9e-28	97.1
TkA08G240040	`PF22617`	HCS_D2	271	315	9.9e-28	97.1
TkA08G240040	`PF22617`	HCS_D2	354	438	9.9e-28	97.1
TkA08G240040	`PF08502`	LeuA_dimer	440	584	4.1e-31	108.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C550`	拟南芥	sp\|Q9C550\|LEU12_ARATH 2-isopropylmalate synthase 2, chloroplastic	77.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LPR4`	拟南芥	sp\|Q9LPR4\|LEU11_ARATH 2-isopropylmalate synthase 1, chloroplastic	68.900%	Swiss-Prot	高置信

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