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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G234130
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 61034057-61034791 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

735 bp · TkA08G234130|TK1151|cDNA

ATGCAAGAAACCAACCCCAAACAACCAGGCTTTTTCATCACACCCTCCATCAAAGATCCAAACTACAAACTCCCAATCGACAAAAACCCTTTAGCAGAAGAATCCCAAATCCCAGATTCTCTCAAAAAAGGCTTCTTAGTTGAACACGAAGAACACCTCGAAAACCCCACCCCCAAATCTCCCGAAAAACCTGTGGTTTGTGCCAGATGTCACAGCTTGAGGAATTACGGGAAAGTAAAAGACCAAACCCTAGAAAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

735 bp · TkA08G234130|TK1151|CDS

ATGCAAGAAACCAACCCCAAACAACCAGGCTTTTTCATCACACCCTCCATCAAAGATCCAAACTACAAACTCCCAATCGACAAAAACCCTTTAGCAGAAGAATCCCAAATCCCAGATTCTCTCAAAAAAGGCTTCTTAGTTGAACACGAAGAACACCTCGAAAACCCCACCCCCAAATCTCCCGAAAAACCTGTGGTTTGTGCCAGATGTCACAGCTTGAGGAATTACGGGAAAGTAAAAGACCAAACCCTAGAAAACCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

244 aa · TkA08G234130|TK1151|PROTEIN

MQETNPKQPGFFITPSIKDPNYKLPIDKNPLAEESQIPDSLKKGFLVEHEEHLENPTPKSPEKPVVCARCHSLRNYGKVKDQTLENLLPDFDFDHTVGRRLNSVSGTRTVVIMVVDAVDFDGSFPRKAAESISKTINIHSRSWKEGKSGNLPRIILVVTKIDLLPSSISPTGFDHWVRTRSRENGANKLTKVHLVSAVKNWGLKNLADDMVTLAGPRGHIWVIGAQNAGKSTLINAMGKSVGGK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G234130
TK1151 IDTkA08G234130
OH-1004 IDLXL04_033137
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)75.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 21.816
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G234130
位置Chr08:61034057-61034791 (+)
描述Similar to SINAT2: E3 ubiquitin-protein ligase SINAT2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57180 油菜素甾醇（BR）介导的叶绿体转录后调控和翻译调控所必需，包括叶绿体rRNA的积累。
The chloroplast protein BPG2 functions in brassinosteroid-mediated post-transcriptional accumulation of chloroplast rRNA.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04077.x
Arabidopsis BPG2: a phytochrome-regulated gene whose protein product binds to plastid ribosomal RNAs.2012 · DOI: 10.1007/s00425-012-1638-6
At3g47450 表现出 cGTP 酶活性。
AtNOS/AtNOA1 is a functional Arabidopsis thaliana cGTPase and not a nitric-oxide synthase.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m804838200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0104700 产生一氧化氮（NO），一种参与植物激素信号传导和防御反应的信使分子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:2000785 regulation of autophagosome assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005771 multivesicular body 细胞组分
GO:0005776 autophagosome 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0012505 endomembrane system 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41980
ath:AT3G58040
ath:AT3G61790
ath:AT4G27880
ath:AT5G53360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834
排名 1 · TkA08G234130 · TK1151
细胞核0.107
排名 2 · TkA08G234130 · TK1151
细胞质0.088
排名 3 · TkA08G234130 · TK1151
质体0.051
排名 4 · TkA08G234130 · TK1151
细胞膜0.018
排名 5 · TkA08G234130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28564GEP3_N1-80 aa
PF01926MMR_HSR197-132 aa
PF10662PduV-EutP99-136 aa
PF02421FeoB_N106-120 aa
PF00503G-alpha109-181 aa
PF19993DO-GTPase2110-186 aa
PF00009GTP_EFTU111-213 aa
PF03193RsgA_GTPase153-238 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G234130PF28564GEP3_N1802e-0526.0
TkA08G234130PF01926MMR_HSR1971320.0004421.1
TkA08G234130PF10662PduV-EutP991360.03514.6
TkA08G234130PF02421FeoB_N1061200.1212.6
TkA08G234130PF00503G-alpha1091810.0314.2
TkA08G234130PF19993DO-GTPase21101860.002518.2
TkA08G234130PF00009GTP_EFTU1112132.8e-0524.5
TkA08G234130PF03193RsgA_GTPase1532380.03314.7
TkA08G234130PF10662PduV-EutP1542080.03514.6
TkA08G234130PF13555AAA_291982370.00218.6
TkA08G234130PF01580FtsK_SpoIIIE2092370.03514.3
TkA08G234130PF00503G-alpha2192370.0314.2
TkA08G234130PF10662PduV-EutP2192370.03514.6
TkA08G234130PF00009GTP_EFTU2202392.8e-0524.5
TkA08G234130PF01926MMR_HSR12202370.0004421.1
TkA08G234130PF00350Dynamin_N2202370.00417.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W4I6拟南芥sp|Q8W4I6|BPG2_ARATH GTP-binding protein BRASSINAZOLE INSENSITIVE PALE GREEN 2, chloroplastic57.500%Swiss-Prot高置信
Q66GP9拟南芥sp|Q66GP9|NOA1_ARATH NO-associated protein 1, chloroplastic/mitochondrial27.200%Swiss-Prot低置信
Q6YPG5水稻sp|Q6YPG5|NOS_ORYSJ Putative nitric oxide synthase29.000%Swiss-Prot低置信

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