RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G230350
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 60020937-60025488 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1256 bp · TkA08G230350|TK1151|cDNA

CTGTACCTGTTTAACACCGTTCCGCGAAACACCTAATCATAGCCCACCTTCTATACGGAGTCGCGTGTCCAGTTGCTATTAACAACTTCTGCGAAAAGGCGCCACCACAAGGCGCAGACAGAGTGATTGCAGAGAGAGAAGAATAACAGAAAGCTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATACATACACATTTTTGTATATATATATATAGTTTAGATATATAGAGAGAATAACGCAGTATCAGTTCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · TkA08G230350|TK1151|CDS

ATGAACTGGTTCCTGCAAACTGAAGATCCGCGTATAAGTACTGGAATACAGTATCAATCGAGTAAAAGCTATATGGATTTTCTAGAAGAGCTTACCTACGAGCATGTCAATTTCATATTTTCCGATGCTATATATCCTCAGGAGAGCGCAAACTCTACAATCAATACCTACGCTTATAAATTTGGGCATTCAGAAGCTGGGACGTTCTCATACTATGATTACTGTGATGATTATCCGATCTATAATCAGACAATGGGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

271 aa · TkA08G230350|TK1151|PROTEIN

MNWFLQTEDPRISTGIQYQSSKSYMDFLEELTYEHVNFIFSDAIYPQESANSTINTYAYKFGHSEAGTFSYYDYCDDYPIYNQTMGNNEYIRQLDVNQRTTSEHRQQNEQLSSSFRANPPECLEINHDRGESLHVWEDNVDLDNMTYEELIELGEIVGSQSRGLSQEAISLLPISKFKRGFFWINFWKKKSRDERCVICQMEYKRGDRQITLPCKHAYHAACGNRWLTINKACPVCYKDVHVNVCPSKREERFQAKLEEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G230350
TK1151 IDTkA08G230350
OH-1004 IDLXL04_033098
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.727 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G230350
位置Chr08:60020937-60025488 (+)
描述Similar to BB: E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g63530 E3 泛素蛋白连接酶，以剂量依赖性方式限制器官大小，可能还限制种子大小。
Forever Young: The Role of Ubiquitin Receptor DA1 and E3 Ligase BIG BROTHER in Controlling Leaf Growth and Development.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01410
At3g19910 E3 泛素连接酶，可能参与器官大小调控。 暂无已核实直接文献
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0648800 可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033098 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0046621 negative regulation of organ growth 生物过程
GO:0048437 floral organ development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT3G19910
ath:AT3G63530
ath:AT4G34040
dosa:Os04g0648800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.521
排名 1 · TkA08G230350 · TK1151
细胞核0.446
排名 2 · TkA08G230350 · TK1151
细胞膜0.123
排名 3 · TkA08G230350 · TK1151
内质网0.064
排名 4 · TkA08G230350 · TK1151
溶酶体／液泡0.063
排名 5 · TkA08G230350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13878zf-C2H2_3184-207 aa
PF12678zf-rbx1191-236 aa
PF29452FAR1_N192-229 aa
PF13920zf-C3HC4_3193-240 aa
PF17120zf-RING_16193-235 aa
PF26148VPS18_RING_C194-225 aa
PF13639zf-RING_2195-236 aa
PF13923zf-C3HC4_2195-236 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G230350PF13878zf-C2H2_31842070.0713.7
TkA08G230350PF12678zf-rbx11912361e-0732.8
TkA08G230350PF29452FAR1_N1922290.1712.6
TkA08G230350PF13920zf-C3HC4_31932408.8e-0522.9
TkA08G230350PF17120zf-RING_161932350.001418.9
TkA08G230350PF26148VPS18_RING_C1942250.113.5
TkA08G230350PF13639zf-RING_21952366.4e-1349.4
TkA08G230350PF13923zf-C3HC4_21952363.4e-0833.9
TkA08G230350PF14634zf-RING_51952370.000919.9
TkA08G230350PF23413zf_RING_Vps8_fungal1952011.19.3
TkA08G230350PF17123zf-RING_111962226.1e-0729.7
TkA08G230350PF00097zf-C3HC41962363.3e-0627.6
TkA08G230350PF13445zf-RING_UBOX1962230.01216.3
TkA08G230350PF23412zf_RING_Vps81962220.01316.0
TkA08G230350PF14447Prok-RING_41962400.2312.1
TkA08G230350PF12906RINGv1962361.310.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L649拟南芥sp|Q8L649|BB_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER39.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LT17拟南芥sp|Q9LT17|BBR_ARATH E3 ubiquitin ligase BIG BROTHER-related45.900%Swiss-Prot低置信
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR238.200%Swiss-Prot低置信
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR139.100%Swiss-Prot低置信
Q7XTV7水稻sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP138.900%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看