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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G229940
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 59931567-59935837 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3256 bp · TkA08G229940|TK1151|cDNA

AAGGGTTTTTATATTCGAATATTTGAAAAAGGAAAAAAGGTTACGCCTCCATTACCACCAATTCCCCTAATACGTCTGAAAGGGCTGCTGCACGCCTAAGCTCTAACCCTCTCCTTTCTACACCTCTGTTCAATCACCGCATCTTTCTTTGTTATTCTCAACTTCATCTCACCACCGCTGTTCAAAACCCTAATTCGTGATATCCAGCGTTGGAGAAGAAATGGAAGTCAATGGGAAGGATGACAATCTAAAAACACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2889 bp · TkA08G229940|TK1151|CDS

ATGGAAGTCAATGGGAAGGATGACAATCTAAAAACACCACTTCTGCAACCCTCAGATGCCGTTGTACTTGATATTAATCCAGTCCATAGTGTCAACCAATCAATCAAAACCATCACATTCAAAATAGGCGGCATAACATGTGCATCATGTTCATCATCCATCGAATCTGTACTTCTGAATCTCAACGGTATTCAAAGTGCCATTGTATCACCACTTCAAGGCCAGGCTGTAGTCAAATACATTCCAGAACTCGTTACTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

962 aa · TkA08G229940|TK1151|PROTEIN

MEVNGKDDNLKTPLLQPSDAVVLDINPVHSVNQSIKTITFKIGGITCASCSSSIESVLLNLNGIQSAIVSPLQGQAVVKYIPELVTVKAIKEAIEDAGFEVKETSELDIAVCRLRIKGMMCTSCSESVERALLMVEGVKKAVVGLALEEAKINYDPNIINPNQIIEAIEDSGFGADLIGSGNNVNKVHVKLEGIVSIQDMTSLKTNLESLPGVNDVEIDMEGCKVSVGYDPDVTGGRSIIQFIQQSGTHYQASLYVPERG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G229940
TK1151 IDTkA08G229940
OH-1004 IDLXL04_004428
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)79.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 90.333 / OH-1004 98.070
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G229940
位置Chr08:59931567-59935837 (+)
描述Similar to HMA4: Copper-transporting ATPase HMA4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g63440 涉及铜输入到电池中。
The Arabidopsis heavy metal P-type ATPase HMA5 interacts with metallochaperones and functions in copper detoxification of roots.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02601.x
At5g44790 涉及铜输入到电池中。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0196600 铜 转运蛋白，介导根液泡中的铜转运。
A heavy metal P-type ATPase OsHMA4 prevents copper accumulation in rice grain.2016 · DOI: 10.1038/ncomms12138
Os04g0556000 铜 转运蛋白在促进铜从根到芽的转运中发挥重要作用。
A member of the heavy metal P-type ATPase OsHMA5 is involved in xylem loading of copper in rice.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226225
Os06g0665800 金属外排转运蛋白，可能在锌、铜、铅和镉等重金属的解毒中发挥作用，尤其是在芽中。
Rice P1B-type heavy-metal ATPase, OsHMA9, is a metal efflux protein.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102236
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004428 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010273 detoxification of copper ion 生物过程
GO:0046688 response to copper ion 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005507 copper ion binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能
GO:0140581 P-type monovalent copper transporter activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G63440
dosa:Os02g0196600
dosa:Os04g0556000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.321
排名 1 · TkA08G229940 · TK1151
细胞膜0.188
排名 2 · TkA08G229940 · TK1151
细胞质0.181
排名 3 · TkA08G229940 · TK1151
溶酶体／液泡0.179
排名 4 · TkA08G229940 · TK1151
高尔基体0.171
排名 5 · TkA08G229940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04475DUF55530-59 aa
PF24458DUF757337-56 aa
PF00403HMA39-100 aa
PF04475DUF55588-148 aa
PF00403HMA114-173 aa
PF24458DUF7573117-131 aa
PF24534HMA_PCA1150-172 aa
PF00403HMA203-247 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G229940PF04475DUF55530590.002618.6
TkA08G229940PF24458DUF757337560.0713.8
TkA08G229940PF00403HMA391001.5e-36125.2
TkA08G229940PF04475DUF555881480.002618.6
TkA08G229940PF00403HMA1141731.5e-36125.2
TkA08G229940PF24458DUF75731171310.0713.8
TkA08G229940PF24534HMA_PCA11501722.7e-0524.5
TkA08G229940PF00403HMA2032471.5e-36125.2
TkA08G229940PF24534HMA_PCA12062472.7e-0524.5
TkA08G229940PF00122E1-E2_ATPase4345221.7e-2176.6
TkA08G229940PF00702Hydrolase4604922.1e-31110.5
TkA08G229940PF12710HAD5295910.09413.8
TkA08G229940PF00702Hydrolase6328562.1e-31110.5
TkA08G229940PF10895DUF27157027490.04814.4
TkA08G229940PF08282Hydrolase_37758150.0004620.7
TkA08G229940PF12710HAD7758520.09413.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SH30拟南芥sp|Q9SH30|HMA5_ARATH Probable copper-transporting ATPase HMA557.500%Swiss-Prot高置信
Q9S7J8拟南芥sp|Q9S7J8|HMA7_ARATH Copper-transporting ATPase RAN148.800%Swiss-Prot中等置信
Q6H7M3水稻sp|Q6H7M3|HMA4_ORYSJ Copper-transporting ATPase HMA468.500%Swiss-Prot高置信
A3AWA4水稻sp|A3AWA4|HMA5_ORYSJ Copper-transporting ATPase HMA556.100%Swiss-Prot高置信
A0A0P0X004水稻sp|A0A0P0X004|HMA9_ORYSJ Cation-transporting ATPase HMA546.400%Swiss-Prot中等置信

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