TkA08G218540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G218540

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 57107225-57110203 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1608 bp · TkA08G218540|TK1151|cDNA

ATGATTTATTTCCTTTCAAAACAGACAAGGAACCTACTACGTATAGCAATATTCAATATCAGTTATATCAGAGGTCTTTTTCCTGAGAAATACTTCAGCGATAAGGGTGTCCCAGCCTTAGAGATGAAGATCAAAAAGCTTATGCCTATGGATGCAGACTCCAGAAGACTAATTGACTGGATGGAGAAAGGTGTATATGATGCTTTGCAGAAGAAATATCTGAGGACACTTATGTTCTGTGTCTGCCAGACAGTTGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1608 bp · TkA08G218540|TK1151|CDS

ATGATTTATTTCCTTTCAAAACAGACAAGGAACCTACTACGTATAGCAATATTCAATATCAGTTATATCAGAGGTCTTTTTCCTGAGAAATACTTCAGCGATAAGGGTGTCCCAGCCTTAGAGATGAAGATCAAAAAGCTTATGCCTATGGATGCAGACTCCAGAAGACTAATTGACTGGATGGAGAAAGGTGTATATGATGCTTTGCAGAAGAAATATCTGAGGACACTTATGTTCTGTGTCTGCCAGACAGTTGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

535 aa · TkA08G218540|TK1151|PROTEIN

MIYFLSKQTRNLLRIAIFNISYIRGLFPEKYFSDKGVPALEMKIKKLMPMDADSRRLIDWMEKGVYDALQKKYLRTLMFCVCQTVEGPMIEEYSFSFSYSNSDSQEVSMNVNRIGNKKQGETFKCNSTTEITPNQMKSSACKMVRTLIQLMRTLDKMPEEPADYEPPFFRGCTEEEANNPWNKNPLKMEVGNVNSKHFVLSLKVKSVLDPCEDENMSVGGDSMDSEASLSDDEYIMAPVDKQTEKPDDTMADEDDTQDPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G218540`
TK1151 ID	TkA08G218540
OH-1004 ID	LXL04_032988
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.848 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G218540

位置 Chr08:57107225-57110203 (-)

描述 Similar to ASY1: Meiosis-specific protein ASY1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: F4HRV8`	对雌雄配子体的正常减数分裂是必需的。	暂无已核实直接文献
`At4g32200`	对正常减数分裂所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0506800`	减数分裂同源染色体配对的重要因子。	An insertional mutation in the rice PAIR2 gene, the ortholog of Arabidopsis ASY1, results in a defect in homologous chromosome pairing during meiosis.2004 · DOI: 10.1007/s00438-003-0934-z PAIR2 is essential for homologous chromosome synapsis in rice meiosis I.2006 · DOI: 10.1242/jcs.02736

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032988 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009554 megasporogenesis 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051177 meiotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051598 meiotic recombination checkpoint signaling 生物过程

GO:0060629 regulation of homologous chromosome segregation 生物过程

GO:0000228 nuclear chromosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67370

ath:AT4G32200

dosa:Os09g0506800

rno:365868

xla:496240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.891

排名 1 · TkA08G218540 · TK1151

细胞质0.204

排名 2 · TkA08G218540 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA08G218540 · TK1151

线粒体0.030

排名 4 · TkA08G218540 · TK1151

高尔基体0.015

排名 5 · TkA08G218540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02301HORMA9-197 aa

PF21980MksE257-321 aa

PF21980MksE365-394 aa

PF02301HORMA482-525 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G218540	`PF02301`	HORMA	9	197	1.2e-48	166.0
TkA08G218540	`PF21980`	MksE	257	321	0.08	14.0
TkA08G218540	`PF21980`	MksE	365	394	0.08	14.0
TkA08G218540	`PF02301`	HORMA	482	525	1.2e-48	166.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HRV8`	拟南芥	sp\|F4HRV8\|ASY1_ARATH Meiosis-specific protein ASY1	57.900%	Swiss-Prot	高置信
`F4JTJ9`	拟南芥	sp\|F4JTJ9\|ASY2_ARATH Meiosis-specific protein ASY2	51.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q76CY8`	水稻	sp\|Q76CY8\|PAIR2_ORYSJ Meiosis-specific protein PAIR2	49.100%	Swiss-Prot	中等置信

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