TkA08G208200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G208200

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 54380992-54382725 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

922 bp · TkA08G208200|TK1151|cDNA

CCAAGTCCCCACCTCTTTGCCCTTCTTCAGATTCTGCCTCCATTTCCCCCGTCCTCGATCAGATCGATCTTTGCATATCGTCTCATAAGCAACCATTTCGTAACTCAACACATGACGCTTGGCTCAGGAGGATCCAGTGTCGTCGTACCTCGGAACTTCAGATTATTGGAAGAGCTCGAGCGTGGAGAAAAAGGTATCGGAGATGGCACAGTGAGTTATGGAATGGATGATGGCGATGACATTTACATGCGTTCATGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

552 bp · TkA08G208200|TK1151|CDS

CCAAGTCCCCACCTCTTTGCCCTTCTTCAGATTCTGCCTCCATTTCCCCCGTCCTCGATCAGATCGATCTTTGCATATCGTCTCATAAGCAACCATTTCGTAACTCAACACATGACGCTTGGCTCAGGAGGATCCAGTGTCGTCGTACCTCGGAACTTCAGATTATTGGAAGAGCTCGAGCGTGGAGAAAAAGGTATCGGAGATGGCACAGTGAGTTATGGAATGGATGATGGCGATGACATTTACATGCGTTCATGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

183 aa · TkA08G208200|TK1151|PROTEIN

PSPHLFALLQILPPFPPSSIRSIFAYRLISNHFVTQHMTLGSGGSSVVVPRNFRLLEELERGEKGIGDGTVSYGMDDGDDIYMRSWTGTIIGPHNSVHEGRIYQLKLFCDKDYPEKPPTVRFHSRINMTCVNHETGVVEPKKFGIVANWQREYTMEDILVQLKKEMAAPHNRKLVQPPEGTYF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G208200`
TK1151 ID	TkA08G208200
OH-1004 ID	LXL04_004805
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.781 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G208200

位置 Chr08:54380992-54382725 (-)

描述 Similar to UEV1D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1D

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52560`	本身没有泛素连接酶活性。	Arabidopsis UEV1D promotes Lysine-63-linked polyubiquitination and is involved in DNA damage response.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.051862
`At2g36060`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g23260`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g70660`	本身没有泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004805 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:1902916 positive regulation of protein polyubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0031371 ubiquitin conjugating enzyme complex 细胞组分

GO:0031372 UBC13-MMS2 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23260

ath:AT1G70660

ath:AT2G36060

ath:AT3G52560

ddi:DDB_G0292596

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.589

排名 1 · TkA08G208200 · TK1151

细胞质0.365

排名 2 · TkA08G208200 · TK1151

细胞膜0.107

排名 3 · TkA08G208200 · TK1151

内质网0.062

排名 4 · TkA08G208200 · TK1151

线粒体0.047

排名 5 · TkA08G208200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00179UQ_con81-173 aa

PF05773RWD103-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G208200	`PF00179`	UQ_con	81	173	3.7e-14	53.2
TkA08G208200	`PF05773`	RWD	103	128	0.29	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVD7`	拟南芥	sp\|Q9SVD7\|UEV1D_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1D	93.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SJ44`	拟南芥	sp\|Q9SJ44\|UEV1C_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1C	92.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q93YP0`	拟南芥	sp\|Q93YP0\|UEV1A_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1A	75.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9CAB6`	拟南芥	sp\|Q9CAB6\|UEV1B_ARATH Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1B	73.800%	Swiss-Prot	高置信

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