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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G208180
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 54376915-54377754 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

801 bp · TkA08G208180|TK1151|cDNA

ATGTCGAGCAAGGGCTGTTCACCATCATCGCCACCGATTGTGATACGATCTGTGTGGGCTTATAACCTAGAACCGGAGTTTCGCTTAATTCAATCCATCATCGACGATTTCCCCTACGTTTCAATGGACACGGAGTTTCCAGGTGTCGTTGTTCGCCCAAACGCCGACTACAACTACTTCCGTCAACAGACCCCTTCCGAGCACTACCTGCTTCTCAAATCTAATGTTGATGTCTTGAAACTTATCCAGGTCGGTCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

801 bp · TkA08G208180|TK1151|CDS

ATGTCGAGCAAGGGCTGTTCACCATCATCGCCACCGATTGTGATACGATCTGTGTGGGCTTATAACCTAGAACCGGAGTTTCGCTTAATTCAATCCATCATCGACGATTTCCCCTACGTTTCAATGGACACGGAGTTTCCAGGTGTCGTTGTTCGCCCAAACGCCGACTACAACTACTTCCGTCAACAGACCCCTTCCGAGCACTACCTGCTTCTCAAATCTAATGTTGATGTCTTGAAACTTATCCAGGTCGGTCTCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

266 aa · TkA08G208180|TK1151|PROTEIN

MSSKGCSPSSPPIVIRSVWAYNLEPEFRLIQSIIDDFPYVSMDTEFPGVVVRPNADYNYFRQQTPSEHYLLLKSNVDVLKLIQVGLTLTDANGNLPDLGETNSGTRYIWEFNFKDFDPSHDQYASDSIELLKRQGVDFQKNHEIGIDSVKFSQLMMSSGLVCNELVSWVTFHSAYDFGYLIKILIGRGLPDEMNEFMELLKTFFGDKVYDVKHLMRYCEGLYGGLDRVAKTLEVERATWHTFQKIKDLCSGGHEKYAGVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G208180
TK1151 IDTkA08G208180
OH-1004 IDLXL04_032834
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.489 / OH-1004 92.708
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G208180
位置Chr08:54376915-54377754 (-)
描述Similar to CAF1-11: Probable CCR4-associated factor 1 homolog 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g22250 泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。 暂无已核实直接文献
At3g44260 泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。 暂无已核实直接文献
At2g32070 泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。 暂无已核实直接文献
At5g10960 泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。 暂无已核实直接文献
At1g80780 泛在存在的转录因子，对多种过程是必需的。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032834 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0002213 defense response to insect 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0000932 P-body 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0030015 CCR4-NOT core complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0004535 poly(A)-specific ribonuclease activity 分子功能
GO:0008408 3'-5' exonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G80780
ath:AT2G32070
ath:AT3G44260
ath:AT5G10960
ath:AT5G22250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.612
排名 1 · TkA08G208180 · TK1151
细胞核0.471
排名 2 · TkA08G208180 · TK1151
细胞膜0.068
排名 3 · TkA08G208180 · TK1151
内质网0.047
排名 4 · TkA08G208180 · TK1151
溶酶体／液泡0.041
排名 5 · TkA08G208180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04857CAF118-146 aa
PF04857CAF1169-217 aa
PF07827KNTase_C189-232 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G208180PF04857CAF1181461.9e-1970.8
TkA08G208180PF04857CAF11692171.9e-1970.8
TkA08G208180PF07827KNTase_C1892320.2312.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FMS6拟南芥sp|Q9FMS6|CAF1K_ARATH Probable CCR4-associated factor 1 homolog 1161.500%Swiss-Prot高置信
Q9LXM2拟南芥sp|Q9LXM2|CAF1I_ARATH Probable CCR4-associated factor 1 homolog 956.400%Swiss-Prot高置信
Q9SKZ2拟南芥sp|Q9SKZ2|CAF1G_ARATH Probable CCR4-associated factor 1 homolog 750.600%Swiss-Prot高置信
Q9LEU4拟南芥sp|Q9LEU4|CAF1J_ARATH Probable CCR4-associated factor 1 homolog 1051.500%Swiss-Prot高置信
Q9SAI2拟南芥sp|Q9SAI2|CAF1F_ARATH Probable CCR4-associated factor 1 homolog 650.000%Swiss-Prot高置信

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