TkA08G206780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G206780

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 54009467-54014309 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3396 bp · TkA08G206780|TK1151|cDNA

AAACAGCCTCCACGAGCACACGGGCGGTGTGCACGCCCGTGGCTCGTGGCCACGTCCTCACCACGAAATCAAGCTCCCGTCCCATGTACTCCGATCGGTCTTATTTTCAACAACCAACCAAACAAAATCAATTGGTCATGTGATCTCACACTCCACTCACCCAACCTAATGGCCATCATCATCAATTCATCGCTATAAAAAACAGAGCCTAGTGCGATGCGAGTGCATTTGCGCTCGTTTTCTCCGCGTTTGATCACTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2139 bp · TkA08G206780|TK1151|CDS

ATGCGAGTGCATTTGCGCTCGTTTTCTCCGCGTTTGATCACTAATTGCGGCTGCTTCTCTACTACTTTTCATTTCACTACAACATCCATGTCTTACCGCCCTAATGCTCAAGGCGGCCGTCGCGGTGGCGGTCGTGGAGGAGGTCGAGGAGGTGGTCGCCGTGGCGGCGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGCGGAAGAGGTGAACAAAGATGGTGGGACCCCGTTTGGCGTGCTGAGAGGCTTAGACAGATGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

712 aa · TkA08G206780|TK1151|PROTEIN

MRVHLRSFSPRLITNCGCFSTTFHFTTTSMSYRPNAQGGRRGGGRGGGRGGGRRGGGGGGGGGGGGGRGEQRWWDPVWRAERLRQMQGEVEVFDKNHWWGKLEEMKKGGDAELIIKHYFSRGDQQTLSDMAYQLELYFHAYNKGKALVVSKVPLPNYRADLDEHHGSSQKEIHMSTETERRVENLLDSSTATEKVNNISGTSIQTTKQSPHESDKTTSISDTAKKALNLDLKERQEKQNQSDRVKAMSLFREKLPAHKMK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G206780`
TK1151 ID	TkA08G206780
OH-1004 ID	LXL04_032818
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.860 / OH-1004 69.434 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G206780

位置 Chr08:54009467-54014309 (+)

描述 Similar to At2g35920: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35920`	DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH1。	暂无已核实直接文献
`At1g48650`	DExH-box ATP依赖性RNA解旋酶DExH3。	暂无已核实直接文献
`At2g01130`	线粒体DExH-盒ATP依赖性RNA解旋酶DExH5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032818 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001503 ossification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006359 regulation of transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031442 positive regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0034644 cellular response to UV 生物过程

GO:0043488 regulation of mRNA stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48650

ath:AT2G01130

ath:AT2G35920

bta:509583

hsa:170506

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.795

排名 1 · TkA08G206780 · TK1151

细胞质0.139

排名 2 · TkA08G206780 · TK1151

细胞核0.109

排名 3 · TkA08G206780 · TK1151

质体0.052

排名 4 · TkA08G206780 · TK1151

过氧化物酶体0.030

排名 5 · TkA08G206780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27261DEXH1_3_5_N96-169 aa

PF20720nSTAND3165-238 aa

PF00271Helicase_C166-187 aa

PF13173AAA_14171-189 aa

PF13245AAA_19172-209 aa

PF13173AAA_14215-252 aa

PF00271Helicase_C228-252 aa

PF03215Rad17257-288 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G206780	`PF27261`	DEXH1_3_5_N	96	169	1.1e-26	93.6
TkA08G206780	`PF20720`	nSTAND3	165	238	0.098	13.1
TkA08G206780	`PF00271`	Helicase_C	166	187	7.7e-15	55.8
TkA08G206780	`PF13173`	AAA_14	171	189	0.28	11.9
TkA08G206780	`PF13245`	AAA_19	172	209	0.017	16.0
TkA08G206780	`PF13173`	AAA_14	215	252	0.28	11.9
TkA08G206780	`PF00271`	Helicase_C	228	252	7.7e-15	55.8
TkA08G206780	`PF03215`	Rad17	257	288	0.085	13.5
TkA08G206780	`PF00270`	DEAD	261	415	1.1e-09	38.9
TkA08G206780	`PF20720`	nSTAND3	262	291	0.098	13.1
TkA08G206780	`PF13245`	AAA_19	265	383	0.017	16.0
TkA08G206780	`PF13401`	AAA_22	270	409	7.9e-05	23.7
TkA08G206780	`PF13173`	AAA_14	270	295	0.28	11.9
TkA08G206780	`PF05729`	NACHT	272	410	0.22	12.0
TkA08G206780	`PF13173`	AAA_14	370	393	0.28	11.9
TkA08G206780	`PF20720`	nSTAND3	441	463	0.098	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4ILR7`	拟南芥	sp\|F4ILR7\|DEXH1_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1	73.500%	Swiss-Prot	高置信
`F4HYJ7`	拟南芥	sp\|F4HYJ7\|DEXH3_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`F4IM84`	拟南芥	sp\|F4IM84\|DEXH5_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH5, mitochondrial	48.300%	Swiss-Prot	中等置信

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