TkA08G198480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G198480

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 51763987-51766271 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1792 bp · TkA08G198480|TK1151|cDNA

CTATATGCTCTCTGTTGCATTTCATCTATAAGTCTTCCTCCTCTCGCCGTTCATCATATTTTTCTTTGATCGAAGAGCGATTCTTTTCTTCTCAAAGCTGTTAAACAATGGGTAAGGAAAAGGTTCACATCAACATTGTCGTCATCGGCCATGTCGACTCTGGAAAATCAACCACCACCGGTCACCTCATCTACAAGCTTGGAGGCATTGACAAGCGTGTGATCGAAAGGTTCGAGAAAGAAGCCGCTGAGATGAACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1344 bp · TkA08G198480|TK1151|CDS

ATGGGTAAGGAAAAGGTTCACATCAACATTGTCGTCATCGGCCATGTCGACTCTGGAAAATCAACCACCACCGGTCACCTCATCTACAAGCTTGGAGGCATTGACAAGCGTGTGATCGAAAGGTTCGAGAAAGAAGCCGCTGAGATGAACAAACGTTCATTCAAGTACGCCTGGGTGCTAGACAAACTAAAGGCCGAGCGTGAACGTGGTATCACCATCGATATCGCTCTCTGGAAATTCGAAACCAACAAATACTACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

447 aa · TkA08G198480|TK1151|PROTEIN

MGKEKVHINIVVIGHVDSGKSTTTGHLIYKLGGIDKRVIERFEKEAAEMNKRSFKYAWVLDKLKAERERGITIDIALWKFETNKYYCTVIDAPGHRDFIKNMITGTSQADCAVLIIDSTTGGFEAGISKDGQTREHALLAFTLGVKQMICCCNKMDATTPKYSKARYDEIIKEVSSYLKKVGYNPDKIPFVPISGFEGDNMIERSTNLDWYKGPTLLEALDQINEPKRPSDKPLRLPLQDVYKIGGIGTVPVGRVETGVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G198480`
TK1151 ID	TkA08G198480
OH-1004 ID	LXL04_012664
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G198480

位置 Chr08:51763987-51766271 (+)

描述 Similar to REFA1: Elongation factor 1-alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07940`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献
`At1g07930`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献
`At1g07920`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献
`At5g60390`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012664 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006414 translational elongation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07920

ath:AT1G07930

ath:AT1G07940

ath:AT5G60390

osa:4331811

osa:4331812

osa:4331813

sly:101244084

sly:544055

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.764

排名 1 · TkA08G198480 · TK1151

细胞核0.195

排名 2 · TkA08G198480 · TK1151

细胞膜0.135

排名 3 · TkA08G198480 · TK1151

线粒体0.075

排名 4 · TkA08G198480 · TK1151

内质网0.067

排名 5 · TkA08G198480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009GTP_EFTU6-223 aa

PF03144GTP_EFTU_D210-23 aa

PF13401AAA_2210-117 aa

PF28277FcpA37-101 aa

PF01926MMR_HSR162-124 aa

PF09439SRPRB83-174 aa

PF03144GTP_EFTU_D2248-313 aa

PF14578GTP_EFTU_D4252-304 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G198480	`PF00009`	GTP_EFTU	6	223	8.6e-59	199.0
TkA08G198480	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	10	23	4.7e-16	59.7
TkA08G198480	`PF13401`	AAA_22	10	117	0.15	13.1
TkA08G198480	`PF28277`	FcpA	37	101	0.12	12.0
TkA08G198480	`PF01926`	MMR_HSR1	62	124	0.0018	19.1
TkA08G198480	`PF09439`	SRPRB	83	174	0.15	12.2
TkA08G198480	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	248	313	4.7e-16	59.7
TkA08G198480	`PF14578`	GTP_EFTU_D4	252	304	0.023	15.3
TkA08G198480	`PF03143`	GTP_EFTU_D3	322	429	3e-27	95.7
TkA08G198480	`PF22594`	GTP-eEF1A_C	327	427	6.5e-38	129.9
TkA08G198480	`PF00009`	GTP_EFTU	362	379	8.6e-59	199.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0DH99`	拟南芥	sp\|P0DH99\|EF1A1_ARATH Elongation factor 1-alpha 1	98.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W4H7`	拟南芥	sp\|Q8W4H7\|EF1A2_ARATH Elongation factor 1-alpha 2	98.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WL56`	拟南芥	sp\|Q0WL56\|EF1A3_ARATH Elongation factor 1-alpha 3	98.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GTY0`	拟南芥	sp\|Q8GTY0\|EF1A4_ARATH Elongation factor 1-alpha 4	98.200%	Swiss-Prot	高置信

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