TkA08G190450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G190450

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 49747854-49753244 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2169 bp · TkA08G190450|TK1151|cDNA

CGCCACTTGGGTTTTCCCCATCTCTCTCCCCTTTTCTCTCTCTCTAATATTGTCATCGGAAAATTACAATTCTCCAGTCCAATTCAACAATGACGACCGCACCACCACCACCTACGCCCTCGACGACCACGGCGCCACCGGCGTCGTTGTATGTAGGGGATTTGCATCCGCAGATCGACGAAACGCAACTAAACAATGTCTTTTCAGAGTACCCGAGCCTTTCTTCTGTACGAATTTGTAAAGACTCATCGACCACCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1938 bp · TkA08G190450|TK1151|CDS

ATGACGACCGCACCACCACCACCTACGCCCTCGACGACCACGGCGCCACCGGCGTCGTTGTATGTAGGGGATTTGCATCCGCAGATCGACGAAACGCAACTAAACAATGTCTTTTCAGAGTACCCGAGCCTTTCTTCTGTACGAATTTGTAAAGACTCATCGACCACCCGGTCTCTCTGTTATGGATACGTTAACTTTACTTCTCCTCAAGACGCTATTCGTGCTATCGAATCAAAAAACAACACCATGCTTTACGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

645 aa · TkA08G190450|TK1151|PROTEIN

MTTAPPPPTPSTTTAPPASLYVGDLHPQIDETQLNNVFSEYPSLSSVRICKDSSTTRSLCYGYVNFTSPQDAIRAIESKNNTMLYGKMIRVTWSHRDPDVRRSGIGNVFVKNLNDSVDNVQLQELFKAFGNILSCKVVTHEDGKSKGYGFVQFDSLESANSAIEKLNGTNVGGKLIYVGKFMKKSDRILPSPDAKYTNLYIKNIDVDISEEILDQIFSKFGKIVSLVISRDDNGVSRGFGFVNFENPDDARKAVEDLNGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G190450`
TK1151 ID	TkA08G190450
OH-1004 ID	LXL04_032594
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G190450

位置 Chr08:49747854-49753244 (-)

描述 Similar to PAB7: Polyadenylate-binding protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36660`	结合 mRNA 的聚 (A) 尾。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032594 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0045070 positive regulation of viral genome replication 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0070934 CRD-mediated mRNA stabilization 生物过程

GO:1900152 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:1900153 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36660

bta:282296

hsa:26986

mmu:18458

rno:171350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.630

排名 1 · TkA08G190450 · TK1151

细胞核0.424

排名 2 · TkA08G190450 · TK1151

细胞膜0.053

排名 3 · TkA08G190450 · TK1151

线粒体0.041

排名 4 · TkA08G190450 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G190450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22976RRM_1015-86 aa

PF28978RRM_SRRT18-68 aa

PF09707Cas_Cas2CT197818-49 aa

PF00076RRM_120-89 aa

PF16367RRM_720-44 aa

PF21569SET1_RBD27-75 aa

PF13893RRM_528-96 aa

PF08777RRM_331-89 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G190450	`PF22976`	RRM_10	15	86	2.1e-13	50.9
TkA08G190450	`PF28978`	RRM_SRRT	18	68	3.9e-05	24.4
TkA08G190450	`PF09707`	Cas_Cas2CT1978	18	49	0.0074	17.1
TkA08G190450	`PF00076`	RRM_1	20	89	2.9e-86	284.1
TkA08G190450	`PF16367`	RRM_7	20	44	6.1e-06	26.8
TkA08G190450	`PF21569`	SET1_RBD	27	75	0.2	12.6
TkA08G190450	`PF13893`	RRM_5	28	96	7.5e-07	29.6
TkA08G190450	`PF08777`	RRM_3	31	89	9.8e-08	32.7
TkA08G190450	`PF25015`	RBD_AKAP-17A	34	73	0.035	14.3
TkA08G190450	`PF28442`	DUF8400	46	92	0.24	12.3
TkA08G190450	`PF24475`	RBD_DEAH11	54	94	3.6e-11	43.9
TkA08G190450	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	56	87	1.4e-07	32.5
TkA08G190450	`PF11608`	RRM_MARF1	60	94	1.7e-05	25.7
TkA08G190450	`PF14605`	Nup35_RRM_2	61	75	1.7e-05	25.4
TkA08G190450	`PF28976`	RRM_ACIN1	62	81	7.6e-07	29.9
TkA08G190450	`PF16842`	RRM_occluded	63	90	5.3e-08	33.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQA8`	拟南芥	sp\|Q9ZQA8\|PABP7_ARATH Polyadenylate-binding protein 7	52.600%	Swiss-Prot	高置信

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