RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G172660
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 45144074-45144976 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

474 bp · TkA08G172660|TK1151|cDNA

ATTTATAAAAACCGTGGAGATTTGGAGTCGGCTATTGCTTGTTACGAGAGGTGTCTGGCTGTGTCACCAAACTTTGAGATTGCTAAAAACAACATGGCAATTGCTTTAACAGATTTAGGCACAAAGGTGAAGTTGGAGGGAGATATTAACCAAGGTGTGGCATATTACAAAAGAGCTTTGTATTATAACTGGCATTATGCGGATGCCATGTACAATCTTGGGGTTGCTTATGGGGAAATGCTGAAGTTTGAAATGGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA08G172660|TK1151|CDS

ATTTATAAAAACCGTGGAGATTTGGAGTCGGCTATTGCTTGTTACGAGAGGTGTCTGGCTGTGTCACCAAACTTTGAGATTGCTAAAAACAACATGGCAATTGCTTTAACAGATTTAGGCACAAAGGTGAAGTTGGAGGGAGATATTAACCAAGGTGTGGCATATTACAAAAGAGCTTTGTATTATAACTGGCATTATGCGGATGCCATGTACAATCTTGGGGTTGCTTATGGGGAAATGCTGAAGTTTGAAATGGCAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

158 aa · TkA08G172660|TK1151|PROTEIN

IYKNRGDLESAIACYERCLAVSPNFEIAKNNMAIALTDLGTKVKLEGDINQGVAYYKRALYYNWHYADAMYNLGVAYGEMLKFEMAIVFYELAFHFNPHCAEACNNLGVIYKDRDNLDKAVECYQLALSIKPNFSQSLNNLGVVYTVQGKMDAAASMI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G172660
TK1151 IDTkA08G172660
OH-1004 IDLXL04_018376
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 40.506 / OH-1004 7.080
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G172660
位置Chr08:45144074-45144976 (+)
描述Similar to SPY: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g11540 可能的O-链接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），参与各种过程，如赤霉素（GA）信号通路和昼夜节律。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0559300 可能的O-连接N-乙酰葡萄糖胺转移酶（OGT），参与赤霉素（GA）信号通路等多种过程。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0036066 protein O-linked glycosylation via fucose 生物过程
GO:0048511 rhythmic process 生物过程
GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016262 protein N-acetylglucosaminyltransferase activity 分子功能
GO:0046922 peptide-O-fucosyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G11540
dosa:Os08g0559300
sly:543775
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554
排名 1 · TkA08G172660 · TK1151
细胞核0.186
排名 2 · TkA08G172660 · TK1151
过氧化物酶体0.110
排名 3 · TkA08G172660 · TK1151
线粒体0.099
排名 4 · TkA08G172660 · TK1151
质体0.081
排名 5 · TkA08G172660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00515TPR_11-25 aa
PF13181TPR_81-24 aa
PF07719TPR_21-24 aa
PF13414TPR_111-40 aa
PF13374TPR_101-21 aa
PF13431TPR_171-12 aa
PF13176TPR_71-24 aa
PF13424TPR_122-60 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G172660PF00515TPR_11251.8e-32110.5
TkA08G172660PF13181TPR_81242.1e-2484.2
TkA08G172660PF07719TPR_21241e-2279.0
TkA08G172660PF13414TPR_111402.3e-2072.7
TkA08G172660PF13374TPR_101218.3e-1554.9
TkA08G172660PF13431TPR_171122.1e-1453.2
TkA08G172660PF13176TPR_71247.5e-1451.3
TkA08G172660PF13424TPR_122604.1e-1659.6
TkA08G172660PF13371TPR_92242.6e-0834.5
TkA08G172660PF13174TPR_62242.6e-0834.7
TkA08G172660PF13428TPR_142333.8e-0730.9
TkA08G172660PF24575TPR_Slam2371.3e-0629.4
TkA08G172660PF29407CFAP70_TPR_C2291.9e-0628.3
TkA08G172660PF27626CNOT10_TPR2250.001519.0
TkA08G172660PF09986DUF22252930.02115.3
TkA08G172660PF13429TPR_152550.03314.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q96301拟南芥sp|Q96301|SPY_ARATH Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY93.500%Swiss-Prot低置信
Q6YZI0水稻sp|Q6YZI0|SPY_ORYSJ Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY93.700%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看