TkA08G169730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G169730

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 44398546-44401866 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2487 bp · TkA08G169730|TK1151|cDNA

CCCACATCCAAATTCCACATGCGACAAATGGCTCCACATCTGCTCCACGGAACGGTTCATGCTACCATTTTTGAGGTCGATAGGTTACATAACGGGTGGGATATTAAAACTTGTTTTAAGCCAACGAGTCAAGGAAAAGGGAAAAAGTTTTTAGCTCAGATGAAGAGAATGGTACTTTGTAGTCCCCAGATTGTGGGTTCGAAACTCTATGCAACCGTCGACCTAGAAAAGGCAAGAGCTGCAAGAACCCGGATAATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · TkA08G169730|TK1151|CDS

ATGGTCTGTGATACAAAAATTGTATTAATTCGGGACCCGAGGCGGCCAAAACCAGGAGGGGACGTCACATTAGGTGACTTATTGAAGCGAAAAGCCGAGGAGGGTGTTAACGTGTTGATGCTTGTTTGGGATGATAGAACTTCAGTTGAGGCATTGAAAAAGGACGGATTAATGGCGACACATGATCAAGAAACTGGAGATTTTTTTCGTAACACTAAAGTTCATTGTGTTTTATGTCCTCGTGAACCCGAAGACAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · TkA08G169730|TK1151|PROTEIN

MVCDTKIVLIRDPRRPKPGGDVTLGDLLKRKAEEGVNVLMLVWDDRTSVEALKKDGLMATHDQETGDFFRNTKVHCVLCPREPEDKNSYVQGIQVATMFTHHQKTIVVDSEIPGEASGMRRIVGFVGGIDLCNGRYDSRNHSLFRTLKDVHHDDFHQPNFTGSSIVKGGPREPWHDIHCKLEGPIAWDVLYNFEQRWTKQVGSRYLFTLHELDEFITHPAPIAPSGDTWNVQLFRSIDGGAVSGFPEKTEEAAMAGLVTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G169730`
TK1151 ID	TkA08G169730
OH-1004 ID	LXL04_002011
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.308 / OH-1004 75.658 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G169730

位置 Chr08:44398546-44401866 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15730`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Arabidopsis phospholipase Dalpha1 interacts with the heterotrimeric G-protein alpha-subunit through a motif analogous to the DRY motif in G-protein-coupled receptors.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m309529200 A bifurcating pathway directs abscisic acid effects on stomatal closure and opening in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1126/science.1123769 Suppression of phospholipase Dalpha1 induces freezing tolerance in Arabidopsis: response of cold-responsive genes and osmolyte accumulation.2006 · DOI: 10.1016/j.jplph.2005.08.006 Early PLDalpha-mediated events in response to progressive drought stress in Arabidopsis: a transcriptome analysis.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erl262 Enhancing seed quality and viability by suppressing phospholipase D in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03103.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002011 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009395 phospholipid catabolic process 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0034638 phosphatidylcholine catabolic process 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004630 D-type glycerophospholipase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

nta:107779725

rcu:8282326

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.581

排名 1 · TkA08G169730 · TK1151

细胞核0.266

排名 2 · TkA08G169730 · TK1151

细胞膜0.161

排名 3 · TkA08G169730 · TK1151

溶酶体／液泡0.127

排名 4 · TkA08G169730 · TK1151

线粒体0.101

排名 5 · TkA08G169730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00614PLDc4-566 aa

PF13091PLDc_224-112 aa

PF14551MCM_N67-109 aa

PF13091PLDc_2274-293 aa

PF14551MCM_N354-426 aa

PF13091PLDc_2426-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G169730	`PF00614`	PLDc	4	566	3.4e-222	739.4
TkA08G169730	`PF13091`	PLDc_2	24	112	4.3e-10	40.2
TkA08G169730	`PF14551`	MCM_N	67	109	0.053	14.6
TkA08G169730	`PF13091`	PLDc_2	274	293	4.3e-10	40.2
TkA08G169730	`PF14551`	MCM_N	354	426	0.053	14.6
TkA08G169730	`PF13091`	PLDc_2	426	460	4.3e-10	40.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38882`	拟南芥	sp\|Q38882\|PLDA1_ARATH Phospholipase D alpha 1	70.800%	Swiss-Prot	高置信

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