TkA08G162310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G162310

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42365315-42369556 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

834 bp · TkA08G162310|TK1151|cDNA

GCTCTCTATGACGCCGATGAAATCTTTCCGATCTCCGATGAGAAATACGCCGAGGAACTGCAACTTCAAGAAGCTCTCATTTCCTCAGCATCCCACACAATTGCATCATCCTCATCGCAGAAAGATGAATCATCATCATATAGTAATTTGAAGAGAAAGCAACCACTGGAAACATCTGAACAACCCCAATTATCCGAGACCTTCTGTGGCATCTGCATGGACACAAAAGCTCCATCGGAAATGTTTTCCAACGAAACAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkA08G162310|TK1151|CDS

GCTCTCTATGACGCCGATGAAATCTTTCCGATCTCCGATGAGAAATACGCCGAGGAACTGCAACTTCAAGAAGCTCTCATTTCCTCAGCATCCCACACAATTGCATCATCCTCATCGCAGAAAGATGAATCATCATCATATAGTAATTTGAAGAGAAAGCAACCACTGGAAACATCTGAACAACCCCAATTATCCGAGACCTTCTGTGGCATCTGCATGGACACAAAAGCTCCATCGGAAATGTTTTCCAACGAAACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · TkA08G162310|TK1151|PROTEIN

ALYDADEIFPISDEKYAEELQLQEALISSASHTIASSSSQKDESSSYSNLKRKQPLETSEQPQLSETFCGICMDTKAPSEMFSNETVCRHLFCSDCIREHVSVKIKENITNVKCPDPNCKGVIGPELCRSIVPKEVLERWEDALCESLILGTQKFYCPFKDCSAMLVDDGGEAVTSSECPNCNRLFCAQCKVAWHSGLDCSDFLKLKKDERNPEDLMVMQLAANNKWRRCPSCSYYVEKRSGCHRISCRCGMSFCYGCGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G162310`
TK1151 ID	TkA08G162310
OH-1004 ID	LXL04_032269
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.224 / OH-1004 72.802 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G162310`
位置	Chr08:42365315-42369556 (+)
描述	Similar to rnf144aa: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RNF144A-A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032269` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程 GO:0085020 protein K6-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G26130 ddi:DDB_G0286961 dre:570968 hsa:9781 mmu:108089 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.908

排名 1 · TkA08G162310 · TK1151

细胞质0.190

排名 2 · TkA08G162310 · TK1151

细胞膜0.033

排名 3 · TkA08G162310 · TK1151

内质网0.024

排名 4 · TkA08G162310 · TK1151

线粒体0.010

排名 5 · TkA08G162310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22191IBR_166-74 aa

PF00097zf-C3HC469-115 aa

PF13445zf-RING_UBOX69-115 aa

PF13923zf-C3HC4_269-100 aa

PF13639zf-RING_269-115 aa

PF14634zf-RING_569-116 aa

PF01485IBR87-99 aa

PF22191IBR_188-99 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G162310	`PF22191`	IBR_1	66	74	6.2e-06	26.7
TkA08G162310	`PF00097`	zf-C3HC4	69	115	3.4e-05	24.3
TkA08G162310	`PF13445`	zf-RING_UBOX	69	115	0.00057	20.5
TkA08G162310	`PF13923`	zf-C3HC4_2	69	100	0.0041	17.6
TkA08G162310	`PF13639`	zf-RING_2	69	115	0.011	16.7
TkA08G162310	`PF14634`	zf-RING_5	69	116	0.049	14.3
TkA08G162310	`PF01485`	IBR	87	99	4.5e-18	65.8
TkA08G162310	`PF22191`	IBR_1	88	99	6.2e-06	26.7
TkA08G162310	`PF26200`	Rcat_RNF216	88	93	0.00011	23.4
TkA08G162310	`PF01485`	IBR	105	125	4.5e-18	65.8
TkA08G162310	`PF01485`	IBR	138	200	4.5e-18	65.8
TkA08G162310	`PF13445`	zf-RING_UBOX	145	158	0.00057	20.5
TkA08G162310	`PF00097`	zf-C3HC4	152	158	3.4e-05	24.3
TkA08G162310	`PF14634`	zf-RING_5	153	159	0.049	14.3
TkA08G162310	`PF22191`	IBR_1	176	200	6.2e-06	26.7
TkA08G162310	`PF14634`	zf-RING_5	176	184	0.049	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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