TkA08G149470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G149470

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 38901684-38903261 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

628 bp · TkA08G149470|TK1151|cDNA

CTATTTCAGCCCTTCCGCCAGTCGATCCTGCTGTTTCACGGCTTCACACCTCACGGCTCACTCCCTCTCGACTCTCGCCTGTTTCATTCTTCAGTCTTCAAGTCCACAGGCAGTTCCAGTTCCGACAGTTCCAGTTCTAGGGTTCTTCTCTGTTACTGGTAATGGTGAAAGAGAGAGTAGAAATTTCGATGTCCTCCTTCACCTCTAAAGGTGAAATTTTCGCTGCTGTACTCCCCGATGGACTCGTTAAAGTCTGGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

342 bp · TkA08G149470|TK1151|CDS

ATGAAGCACTCAGATGGAGATTCTGTTTCTCAGTTTTCTTCAATTGCTTGTAGCTTTGTGGGAAAGAAGCGCAGAAAAGAAAACAACACTTGTTTGGTGGCTCTAGGAACATATAATGGTGACATCTTCACCATTAATGCCACTTCTGCAGAGTTAAAGTGGAAATCTTCTGGACATCATCACAGTAAAATTGCTGCTCTTTCTTTTTTAAACAAAGGGCGTACACTATGTGCTATAAGTACTGATGGCACAACATGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

114 aa · TkA08G149470|TK1151|PROTEIN

MKHSDGDSVSQFSSIACSFVGKKRRKENNTCLVALGTYNGDIFTINATSAELKWKSSGHHHSKIAALSFLNKGRTLCAISTDGTTCELNSETGELIKEIKIPKKHISSSVFFSG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G149470`
TK1151 ID	TkA08G149470
OH-1004 ID	LXL04_032087
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.246 / OH-1004 18.729 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G149470`
位置	Chr08:38901684-38903261 (-)
描述	Similar to WDR43: WD repeat-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032087` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:2000036 regulation of stem cell population maintenance 生物过程 GO:2000234 positive regulation of rRNA processing 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0001650 fibrillar center 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:445394 hsa:23160 mmu:72515 spo:2543388 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.809

排名 1 · TkA08G149470 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA08G149470 · TK1151

细胞膜0.041

排名 3 · TkA08G149470 · TK1151

线粒体0.024

排名 4 · TkA08G149470 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA08G149470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30290YJR039W_M25-106 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st27-111 aa

PF13570Beta-prop_ACSF429-112 aa

PF16755Beta-prop_NUP159_NUP21430-106 aa

PF23414Beta-prop_EML_230-84 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz30-94 aa

PF24796WDR5531-104 aa

PF12894ANAPC4_WD4032-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G149470	`PF30290`	YJR039W_M	25	106	0.02	14.9
TkA08G149470	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	27	111	0.0017	18.8
TkA08G149470	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	29	112	8.1e-07	29.4
TkA08G149470	`PF16755`	Beta-prop_NUP159_NUP214	30	106	0.0029	17.7
TkA08G149470	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	30	84	0.0038	17.3
TkA08G149470	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	30	94	0.046	13.7
TkA08G149470	`PF24796`	WDR55	31	104	1.6e-07	31.4
TkA08G149470	`PF12894`	ANAPC4_WD40	32	107	1.9e-05	25.5
TkA08G149470	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	32	111	0.00023	21.3
TkA08G149470	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	32	113	0.001	19.1
TkA08G149470	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	32	82	0.0019	18.4
TkA08G149470	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	32	100	0.062	13.0
TkA08G149470	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	32	86	0.078	13.0
TkA08G149470	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	32	87	0.095	12.1
TkA08G149470	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	33	103	0.02	14.6
TkA08G149470	`PF23409`	Beta-prop_EML	34	106	0.00026	21.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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