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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G139510
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 36270397-36272758 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1917 bp · TkA08G139510|TK1151|cDNA

AAATTTAAAAGGTGTCATCCTAAAAAATATTACAAAATTTCTAAAAGAAACTTAGAACTAAGGGGTGTCATGGGACACCCTTAGTCTATATGTGGCCTCGCACTGGTTAAAACTATTATATCAAAAAGTTCTACATATGAATACCGAAAATAAAGTGGATTCAAAACCCAACCGAATTTTTTTTGAACCCAAACCGAGAAAAATGTAAAGACCGCAAGATCAAACTCTTGTTGACCGAAAACAAACCCTTGACCGGTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · TkA08G139510|TK1151|CDS

ATGAAGATCGAGATTATTAAACGGATTCGTTGGCAGACCCAGCGTACTTGCATCTGGACATGGCGCTCGAACCACGCATCATCGATCATCGACTTTCCTCATAACGAACCTTCAGATCATCAATTGCTGGTCCGTTCTCTTGAGGAATGCAAATTTTCAAATAATTCAACATCTCTTACTGGAACACACACAAGAATCATTAAACTCGGGTACCACAAATCTCCATCTCTCACATCACTTCTGGTTACTACATACATGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

471 aa · TkA08G139510|TK1151|PROTEIN

MKIEIIKRIRWQTQRTCIWTWRSNHASSIIDFPHNEPSDHQLLVRSLEECKFSNNSTSLTGTHTRIIKLGYHKSPSLTSLLVTTYMSFNLPTYARQLLDEIPYHNFNLLSSNSIIASSMKIGDIDSAKKIFRKMPKRDLVSWNSMIGGFVKNTKFQEAFRVFKKMLSTSNIEPDKFTFSSIITACARVGALHQANWIHSLLIEKKIQLNFILTSALIDMYSKCGQIETSKSIFESVRHEHDHVCVYNTMINGLAMHGLAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G139510
TK1151 IDTkA08G139510
OH-1004 IDLXL04_031974
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 86.486
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G139510
位置Chr08:36270397-36272758 (+)
描述Similar to PCMP-H59: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g50990 含五肽重复序列的蛋白At5g50990。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031974 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G62890
ath:AT4G21065
ath:AT4G37380
ath:AT5G50990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.650
排名 1 · TkA08G139510 · TK1151
质体0.166
排名 2 · TkA08G139510 · TK1151
细胞核0.048
排名 3 · TkA08G139510 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA08G139510 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA08G139510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14559TPR_1977-105 aa
PF00637Clathrin78-102 aa
PF01535PPR82-101 aa
PF23276TPR_2494-133 aa
PF13812PPR_3106-151 aa
PF24603TPR_30108-133 aa
PF17177PPR_long109-242 aa
PF13041PPR_2111-138 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G139510PF14559TPR_19771050.212.7
TkA08G139510PF00637Clathrin781020.02515.1
TkA08G139510PF01535PPR821017.5e-40133.1
TkA08G139510PF23276TPR_24941331.1e-1042.2
TkA08G139510PF13812PPR_31061517.3e-1761.9
TkA08G139510PF24603TPR_301081330.0002222.3
TkA08G139510PF17177PPR_long1092422.4e-1040.9
TkA08G139510PF13041PPR_21111382.7e-39133.8
TkA08G139510PF01535PPR1121387.5e-40133.1
TkA08G139510PF12854PPR_11171346.8e-29100.0
TkA08G139510PF14559TPR_191191380.212.7
TkA08G139510PF22330Rib_mS39_PPR1231520.2112.1
TkA08G139510PF12854PPR_11371656.8e-29100.0
TkA08G139510PF24603TPR_301372350.0002222.3
TkA08G139510PF13041PPR_21381872.7e-39133.8
TkA08G139510PF13812PPR_31381857.3e-1761.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FI49拟南芥sp|Q9FI49|PP428_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5099049.800%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic39.500%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic38.900%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914238.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic39.400%Swiss-Prot中等置信

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