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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G138780
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 36102666-36104273 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1608 bp · TkA08G138780|TK1151|cDNA

ATGGGTATACTTCAACATTGTTCCTATATCCAAAGATACCACTTTTCGTCTTCTAAATTAGCATCTGATTTTTCATATTTTTCTTTGAAAGATAGAATATTAAACCTCATACAAACATGCCAAAACTTGACCCGGTTTTACCAGATCCAGAGTCGCTTCATAACTTCAGGATTCGCACAAAATCCATCGATGGCTGATAGAGTGTTGAAGCTTTCAATGAATTTCTGTGAAATAGATTACACCCTACTGATTTTCAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1608 bp · TkA08G138780|TK1151|CDS

ATGGGTATACTTCAACATTGTTCCTATATCCAAAGATACCACTTTTCGTCTTCTAAATTAGCATCTGATTTTTCATATTTTTCTTTGAAAGATAGAATATTAAACCTCATACAAACATGCCAAAACTTGACCCGGTTTTACCAGATCCAGAGTCGCTTCATAACTTCAGGATTCGCACAAAATCCATCGATGGCTGATAGAGTGTTGAAGCTTTCAATGAATTTCTGTGAAATAGATTACACCCTACTGATTTTCAAATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

535 aa · TkA08G138780|TK1151|PROTEIN

MGILQHCSYIQRYHFSSSKLASDFSYFSLKDRILNLIQTCQNLTRFYQIQSRFITSGFAQNPSMADRVLKLSMNFCEIDYTLLIFKCINFPDTFCVNTVIKAYASCSLPTKAVGFYFEMLEEDGVLFKPNSFTFPSMISSCTKTKDPNLGQKCHGQAVKVGVDRTLQVENALIHMYSGCGLNNTAWKVFDEMSIRDLVSWNSIVDGYVKSNNMEASHKLFDKMPVRNVVSWNAMMKGYLDAKNPGLVLKLFRKMVKTDVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G138780
TK1151 IDTkA08G138780
OH-1004 IDLXL04_031965
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.224 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G138780
位置Chr08:36102666-36104273 (+)
描述Similar to At3g51320: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g51320
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g51320 含五重复序列蛋白 At3g51320。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献
At1g74630 含五复肽重复的蛋白 At1g74630。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At1g09190 含五肽重复（PPR）蛋白 At1g09190。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031965 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22410
ath:AT3G51320
ath:AT3G62890
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.634
排名 1 · TkA08G138780 · TK1151
质体0.198
排名 2 · TkA08G138780 · TK1151
细胞核0.044
排名 3 · TkA08G138780 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA08G138780 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA08G138780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_190-110 aa
PF13041PPR_291-142 aa
PF23276TPR_2493-117 aa
PF01535PPR95-122 aa
PF29070MSC6_N97-145 aa
PF13812PPR_3127-177 aa
PF29070MSC6_N127-205 aa
PF12854PPR_1128-140 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G138780PF12854PPR_1901101.8e-1969.9
TkA08G138780PF13041PPR_2911425.7e-41139.1
TkA08G138780PF23276TPR_24931170.1213.0
TkA08G138780PF01535PPR951221.1e-42142.0
TkA08G138780PF29070MSC6_N971454.5e-0626.7
TkA08G138780PF13812PPR_31271777.3e-0936.3
TkA08G138780PF29070MSC6_N1272054.5e-0626.7
TkA08G138780PF12854PPR_11281401.8e-1969.9
TkA08G138780PF01535PPR1361541.1e-42142.0
TkA08G138780PF01535PPR1701931.1e-42142.0
TkA08G138780PF13041PPR_21701945.7e-41139.1
TkA08G138780PF12854PPR_11701931.8e-1969.9
TkA08G138780PF13812PPR_31701927.3e-0936.3
TkA08G138780PF23276TPR_241842220.1213.0
TkA08G138780PF21787TNP-like_RNaseH_N1882110.09813.7
TkA08G138780PF13041PPR_21962285.7e-41139.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WVU0拟南芥sp|Q0WVU0|PP278_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5132045.000%Swiss-Prot中等置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891033.100%Swiss-Prot中等置信
Q9CA54拟南芥sp|Q9CA54|PP122_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7463034.200%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914227.100%Swiss-Prot低置信
O80488拟南芥sp|O80488|PPR23_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0919033.300%Swiss-Prot中等置信

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