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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G137270
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 35682818-35687673 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3959 bp · TkA08G137270|TK1151|cDNA

GCCAGAAAAAAAACGTAAATGAAATAGAAACTCTAAATAGTAAAAGAGAACCCTCGTCCCACAAAACCCTAGCCGGTTCATCTCTATCTACAAACAAAACTCCCAGACAGAAAAACCTCAGCTCAAGCTCTCACTCCCTAAACTACAAAACAGCTCGTTACAGATAAACTCCACGGTTGATATCGGCGACTATGATGGCTAGGGAGAAGGAGGCGACGGTGTGTGCGCGCGTAAGAGCTCGACGATAAAGTGACGGCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3180 bp · TkA08G137270|TK1151|CDS

ATGGCGTTTGCTACACCAACCAACACGTTTAAGAAACCCCCGCCTTATTTCTGGTATTGTCATTCATGCCCTCGCTCTACTACTTCCATAGTGGCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTGCCGGTCTATGTGGAGTTCTGATACCAGCAAGTCCCCTTACAGGTGGAAAGTTCAAAATCTTCATAACACAAAAGACCGTTTTTGCAACATCTCCATGGCTCTTAATCCATTTGGATTCAACACATGGTCAAACTTTACCACAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1059 aa · TkA08G137270|TK1151|PROTEIN

MAFATPTNTFKKPPPYFWYCHSCPRSTTSIVASSSSSSCRSMWSSDTSKSPYRWKVQNLHNTKDRFCNISMALNPFGFNTWSNFTTMSFNERPRYPNSRNNQSHADFRLLVVESKSGISYARMVPHGSKDGIQGNTCITPVLDTHPQTPWIQAREALKATKEHTCVANKVTFSVPNIPNPPNIPNLPNVPKVQYAGSVITEPIQHENMQVPLKKAQTMSPQTQGQKIPQKYPENTHVNGVQKKELKLEKPKLEDLNETYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G137270
TK1151 IDTkA08G137270
OH-1004 IDLXL04_031935
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G137270
位置Chr08:35682818-35687673 (-)
描述Similar to POLIB: DNA polymerase I B, chloroplastic/mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g50840 除了聚合酶活性外，该 DNA 聚合酶还具有 5'-3' 外切酶活性（通过相似性）。
Divergent roles for the two PolI-like organelle DNA polymerases of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.173849
Arabidopsis thaliana organellar DNA polymerase IB mutants exhibit reduced mtDNA levels with a decrease in mitochondrial area density.2013 · DOI: 10.1111/ppl.12009
At3g20540 除了聚合酶活性外，该 DNA 聚合酶还具有 5'-3' 外切酶活性（通过相似性）。
Divergent roles for the two PolI-like organelle DNA polymerases of Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.173849

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0175300 除了聚合酶活性外，该 DNA 聚合酶还具有 5'-3' 外切酶活性（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
Os08g0175600 除了聚合酶活性外，该DNA聚合酶还表现出5'-3'外切酶活性。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031935 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程
GO:0006264 mitochondrial DNA replication 生物过程
GO:0006302 double-strand break repair 生物过程
GO:0033259 plastid DNA replication 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能
GO:0008408 3'-5' exonuclease activity 分子功能
GO:0008409 5'-3' exonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G50840
ath:AT3G20540
dosa:Os08g0175300
dosa:Os08g0175600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.842
排名 1 · TkA08G137270 · TK1151
线粒体0.128
排名 2 · TkA08G137270 · TK1151
细胞质0.073
排名 3 · TkA08G137270 · TK1151
细胞核0.063
排名 4 · TkA08G137270 · TK1151
过氧化物酶体0.034
排名 5 · TkA08G137270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10454DUF2458148-163 aa
PF01612DNA_pol_A_exo1337-506 aa
PF00476DNA_pol_A566-601 aa
PF00476DNA_pol_A724-853 aa
PF00476DNA_pol_A874-1056 aa
PF10454DUF2458909-949 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G137270PF10454DUF24581481630.113.0
TkA08G137270PF01612DNA_pol_A_exo13375061.1e-1042.3
TkA08G137270PF00476DNA_pol_A5666013.1e-76257.5
TkA08G137270PF00476DNA_pol_A7248533.1e-76257.5
TkA08G137270PF00476DNA_pol_A87410563.1e-76257.5
TkA08G137270PF10454DUF24589099490.113.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I6M1拟南芥sp|F4I6M1|POLIA_ARATH DNA polymerase I A, chloroplastic/mitochondrial68.300%Swiss-Prot高置信
Q84ND9拟南芥sp|Q84ND9|POLIB_ARATH DNA polymerase I B, chloroplastic/mitochondrial70.200%Swiss-Prot高置信
Q6Z4T5水稻sp|Q6Z4T5|POLIA_ORYSJ DNA polymerase I A, chloroplastic66.900%Swiss-Prot高置信
Q6Z4T3水稻sp|Q6Z4T3|POLIB_ORYSJ DNA polymerase I B, mitochondrial66.100%Swiss-Prot高置信

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