TkA08G103090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G103090

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26740337-26745351 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3062 bp · TkA08G103090|TK1151|cDNA

TAATACACAAGAAAAGCATCTGTAGAATAGTGGTAGCAAAAATCGATTCTCTCCTAAATTCTTCCCCTAAAGTTCTTCTTTTGGCGCCAGATTCCAATTTTAACGGTCATGATTTCAACCCGGTTTGTCGTTGTGTGTGTTAGTGTATGAGAGAGATAAAGTAGAGAGATAGAGAGAGGTGCATCAATGGCGGATTCAACAAACGGTTCTTCCAGTTTCTCGACTCAGGCTAACGCTTTGTTCAGGAAGAATTTGACCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2841 bp · TkA08G103090|TK1151|CDS

ATGGCGGATTCAACAAACGGTTCTTCCAGTTTCTCGACTCAGGCTAACGCTTTGTTCAGGAAGAATTTGACCTTTCAGAGAAGGAACATCAGGACAAATCTCAGGCTCATATTGTTCCCACTCGTCCTCTGTTTGTTACTTGTATTATTACAAACAATAGTCAACAATGAACTAGATAAACCTGAAAACAAATGTGGTTGCACTTGTATTGACCAAGACGGGGATGGTCAATGCGAGAGAGTGTGCGGGATTGAGTACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

946 aa · TkA08G103090|TK1151|PROTEIN

MADSTNGSSSFSTQANALFRKNLTFQRRNIRTNLRLILFPLVLCLLLVLLQTIVNNELDKPENKCGCTCIDQDGDGQCERVCGIEYSDLDQVATCAIPTPPEWPPLLQVPAPQYRAVRTNSLSFGDLPNDSCRSTGSCPITVLVTGNNQSLGESLARNIFPISSNFNSSLGLASVVLGSASETQISNFLEPAFFSSRPFYYVQSQCQSNSTFSFPVSVASMEVQKEVRCVQGQHLWRNSSSDINNELYVGYRKGNSEEKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G103090`
TK1151 ID	TkA08G103090
OH-1004 ID	LXL04_031362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G103090

位置 Chr08:26740337-26745351 (-)

描述 Similar to ABCA7: ABC transporter A family member 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47780`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 7。	暂无已核实直接文献
`At3g47760`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 5。	暂无已核实直接文献
`At3g47740`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 3。	暂无已核实直接文献
`At3g47750`	ABC转运蛋白A家族成员4。	暂无已核实直接文献
`At3g47790`	ABC 转运蛋白 A 家族成员 8。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005319 lipid transporter activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47740

ath:AT3G47750

ath:AT3G47760

ath:AT3G47780

ath:AT3G47790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.374

排名 1 · TkA08G103090 · TK1151

溶酶体／液泡0.344

排名 2 · TkA08G103090 · TK1151

细胞质0.176

排名 3 · TkA08G103090 · TK1151

高尔基体0.152

排名 4 · TkA08G103090 · TK1151

内质网0.150

排名 5 · TkA08G103090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12698ABC2_membrane_337-53 aa

PF12698ABC2_membrane_3261-553 aa

PF09843DUF2070368-561 aa

PF00005ABC_tran646-790 aa

PF13304AAA_21659-673 aa

PF02463SMC_N660-674 aa

PF13175AAA_15662-682 aa

PF13304AAA_21762-822 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G103090	`PF12698`	ABC2_membrane_3	37	53	2.8e-15	57.0
TkA08G103090	`PF12698`	ABC2_membrane_3	261	553	2.8e-15	57.0
TkA08G103090	`PF09843`	DUF2070	368	561	4.4	6.2
TkA08G103090	`PF00005`	ABC_tran	646	790	1.7e-24	87.7
TkA08G103090	`PF13304`	AAA_21	659	673	2.2e-11	45.0
TkA08G103090	`PF02463`	SMC_N	660	674	0.0034	17.6
TkA08G103090	`PF13175`	AAA_15	662	682	0.031	14.5
TkA08G103090	`PF13304`	AAA_21	762	822	2.2e-11	45.0
TkA08G103090	`PF02463`	SMC_N	773	832	0.0034	17.6
TkA08G103090	`PF13175`	AAA_15	781	821	0.031	14.5
TkA08G103090	`PF13732`	DrrA1-3_C	843	935	0.0031	18.9
TkA08G103090	`PF24526`	ABCA12_C	856	906	1.6e-27	96.1
TkA08G103090	`PF26955`	ACT_13	861	928	0.026	15.3
TkA08G103090	`PF23321`	R1_ABCA1	889	919	0.039	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STT5`	拟南芥	sp\|Q9STT5\|AB7A_ARATH ABC transporter A family member 7	65.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STT7`	拟南芥	sp\|Q9STT7\|AB5A_ARATH ABC transporter A family member 5	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q1PEH6`	拟南芥	sp\|Q1PEH6\|AB3A_ARATH ABC transporter A family member 3	61.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STT8`	拟南芥	sp\|Q9STT8\|AB4A_ARATH ABC transporter A family member 4	62.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LPK0`	拟南芥	sp\|Q8LPK0\|AB8A_ARATH ABC transporter A family member 8	62.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情