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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G089870
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 23283290-23288592 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3091 bp · TkA08G089870|TK1151|cDNA

AAACTATTCGATAACACAAATTCTAGGGTTACGTGCGATTTATCTACTGATTATTTGAAGCTTTCGTCCGTCGAGTTTTAGTTAGCGATTTGCATAACTCCAATGACCGAAGCTGTTGATCACCATAAAACGTAGGCATTTCCGTGAAATCGTGTAGAGTGAATCCTAAAATGAGCAAGCTAGTAGGATTGTCAGGCTTAAAGAGCTTCGATCACTTCAAATCTTCGTTAGGATCGTCTGGTTCGGCAACTGCAAAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2526 bp · TkA08G089870|TK1151|CDS

ATGAGCAAGCTAGTAGGATTGTCAGGCTTAAAGAGCTTCGATCACTTCAAATCTTCGTTAGGATCGTCTGGTTCGGCAACTGCAAAAAGTTTCCAGATCTCTTCACGACAACCTTCCTATTCGAATTCATCAGGAAGTTTTGCCAATTTAAAGCTCACTGCAGAGAAATTGGTCAAAGAGCAAGCATCCGCGAAAACAGATCTTGACTTGGCGAATTCTAAGCTGAAGAAATTATCAGAGCATATTCGTGCTTTGGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

841 aa · TkA08G089870|TK1151|PROTEIN

MSKLVGLSGLKSFDHFKSSLGSSGSATAKSFQISSRQPSYSNSSGSFANLKLTAEKLVKEQASAKTDLDLANSKLKKLSEHIRALEEKLQNAYNENAKLKVKHKEDEKLWKGLESKFFSTKTLCDQLTETLQLLSDQVQDAEKDKGFFANKLSETSSALDNLHGQMKSLSLKLESSEETIWNREKQLEELAVSKETVDKLLRDEHCKVLSLTDEKDNIIKNFKETVASNNTNIESLTSKLSELQLELTSKEGSLNNMKDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G089870
TK1151 IDTkA08G089870
OH-1004 IDLXL04_031149
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)93.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G089870
位置Chr08:23283290-23288592 (+)
描述Similar to ZYP1A: Synaptonemal complex protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g22260 对染色体联会和正常交叉互换的精确性必需。 暂无已核实直接文献
At1g22275 对染色体联会和正常交叉互换的精确性必需。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0452500 染色体突触所需并调节减数分裂过程中的交叉频率。
The central element protein ZEP1 of the synaptonemal complex regulates the number of crossovers during meiosis in rice.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070789
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031149 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051878 lateral element assembly 生物过程
GO:0000795 synaptonemal complex 细胞组分
GO:0000802 transverse filament 细胞组分
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22260
ath:AT1G22275
dosa:Os04g0452500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.617
排名 1 · TkA08G089870 · TK1151
细胞质0.307
排名 2 · TkA08G089870 · TK1151
高尔基体0.041
排名 3 · TkA08G089870 · TK1151
细胞膜0.030
排名 4 · TkA08G089870 · TK1151
线粒体0.028
排名 5 · TkA08G089870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19220Rod_CreS46-311 aa
PF24161CCDC39114-196 aa
PF21449RIF2_ASCE174-239 aa
PF24161CCDC39214-432 aa
PF19220Rod_CreS346-461 aa
PF10829DUF2554347-382 aa
PF24161CCDC39367-495 aa
PF19220Rod_CreS392-562 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G089870PF19220Rod_CreS463113.9e-0627.0
TkA08G089870PF24161CCDC391141960.002316.6
TkA08G089870PF21449RIF2_ASCE1742390.06514.2
TkA08G089870PF24161CCDC392144320.002316.6
TkA08G089870PF19220Rod_CreS3464613.9e-0627.0
TkA08G089870PF10829DUF25543473822.48.9
TkA08G089870PF24161CCDC393674950.002316.6
TkA08G089870PF19220Rod_CreS3925623.9e-0627.0
TkA08G089870PF10829DUF25544384492.48.9
TkA08G089870PF24161CCDC394536710.002316.6
TkA08G089870PF21449RIF2_ASCE5205460.06514.2
TkA08G089870PF19220Rod_CreS5477133.9e-0627.0
TkA08G089870PF24161CCDC396147090.002316.6
TkA08G089870PF10829DUF25546717012.48.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LME2拟南芥sp|Q9LME2|SYCP1_ARATH Synaptonemal complex protein 140.600%Swiss-Prot中等置信
P61430拟南芥sp|P61430|SYCP2_ARATH Synaptonemal complex protein 240.700%Swiss-Prot中等置信
Q7FAD5水稻sp|Q7FAD5|ZEP1_ORYSJ Synaptonemal complex protein ZEP137.900%Swiss-Prot中等置信

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