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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G089450
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 23153759-23155310 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

351 bp · TkA08G089450|TK1151|cDNA

ATGGATCATGAGGTCCTACGCTTGTTACCGGAATGTAACCACGTGTTTCACCGTGGTTGCATAGATGAGTGGTTGGCTTTACGCGTTACCTGTCCTGTTTGTCGCGCAAGTTTGGTTCCAAAACCCAATAAACTCAGTCTACAGACTGATATGTATTGTGGCCCAAACGGGCCTACTAAAAGTCATGATTCGGTCGAATTGACTCATCCGACATATGACTTTTTTTTTGATAGAAAATTGTCTCGTTCTTATTCAATGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

351 bp · TkA08G089450|TK1151|CDS

ATGGATCATGAGGTCCTACGCTTGTTACCGGAATGTAACCACGTGTTTCACCGTGGTTGCATAGATGAGTGGTTGGCTTTACGCGTTACCTGTCCTGTTTGTCGCGCAAGTTTGGTTCCAAAACCCAATAAACTCAGTCTACAGACTGATATGTATTGTGGCCCAAACGGGCCTACTAAAAGTCATGATTCGGTCGAATTGACTCATCCGACATATGACTTTTTTTTTGATAGAAAATTGTCTCGTTCTTATTCAATGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

116 aa · TkA08G089450|TK1151|PROTEIN

MDHEVLRLLPECNHVFHRGCIDEWLALRVTCPVCRASLVPKPNKLSLQTDMYCGPNGPTKSHDSVELTHPTYDFFFDRKLSRSYSMGHLIAERHIKDVDRYTLRLSKEAQKNVETI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G089450
TK1151 IDTkA08G089450
OH-1004 IDLXL04_039123
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)44.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.966 / OH-1004 37.171
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G089450
位置Chr08:23153759-23155310 (-)
描述Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g40070 RING-H2指蛋白ATL32。 暂无已核实直接文献
At4g09120 推测的 RING-H2 指蛋白 ATL36。 暂无已核实直接文献
At2g34990 RING-H2 指蛋白 ATL38。 暂无已核实直接文献
At1g35330 RING-H2 指蛋白 ATL34。 暂无已核实直接文献
At1g22500 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22500
ath:AT1G72200
ath:AT3G05200
ath:AT5G27420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.555
排名 1 · TkA08G089450 · TK1151
细胞质0.410
排名 2 · TkA08G089450 · TK1151
细胞膜0.075
排名 3 · TkA08G089450 · TK1151
线粒体0.056
排名 4 · TkA08G089450 · TK1151
内质网0.047
排名 5 · TkA08G089450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_24-35 aa
PF17123zf-RING_114-21 aa
PF13920zf-C3HC4_37-37 aa
PF12678zf-rbx19-35 aa
PF12861zf-ANAPC119-38 aa
PF14634zf-RING_59-35 aa
PF13445zf-RING_UBOX9-32 aa
PF17120zf-RING_169-32 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G089450PF13639zf-RING_24359.3e-1039.3
TkA08G089450PF17123zf-RING_114210.0001522.1
TkA08G089450PF13920zf-C3HC4_37370.01615.7
TkA08G089450PF12678zf-rbx19353e-0937.7
TkA08G089450PF12861zf-ANAPC119384.2e-0524.2
TkA08G089450PF14634zf-RING_59350.0003721.1
TkA08G089450PF13445zf-RING_UBOX9320.0006820.3
TkA08G089450PF17120zf-RING_169320.004117.4
TkA08G089450PF00097zf-C3HC410349e-0626.2
TkA08G089450PF16685zf-RING_1010360.1612.8
TkA08G089450PF11793FANCL_C10260.2512.4
TkA08G089450PF13923zf-C3HC4_211341.5e-0628.6
TkA08G089450PF11789zf-Nse11340.008216.7
TkA08G089450PF23413zf_RING_Vps8_fungal11220.05413.5
TkA08G089450PF23555zf-RING_Vps4111230.07113.5
TkA08G089450PF08746zf-RING-like11340.1313.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W571拟南芥sp|Q8W571|ATL32_ARATH RING-H2 finger protein ATL3240.200%Swiss-Prot中等置信
Q9M0R5拟南芥sp|Q9M0R5|ATL36_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL3634.700%Swiss-Prot中等置信
O64762拟南芥sp|O64762|ATL38_ARATH RING-H2 finger protein ATL3835.700%Swiss-Prot中等置信
Q9C7I1拟南芥sp|Q9C7I1|ATL34_ARATH RING-H2 finger protein ATL3460.800%Swiss-Prot低置信
Q9SK92拟南芥sp|Q9SK92|ATL15_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL1562.800%Swiss-Prot低置信

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