TkA08G083690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G083690

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21543785-21550504 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3377 bp · TkA08G083690|TK1151|cDNA

AACAAGTACATGTGTTTGCTAACAAAAAAACAATTACAAAAATGAGATGGAGCCCCACCTTCTCATTCCCCATTATCAACCCTATTAACCGTGACTTAGTGACTTGGTTCGATTTAGATGGAAAAAAAACTGTGAAGATGGGTTGTTATGAGTGATGAAGAAACTAGCTTGTTTATAAAGAAAGAAATTAAGAGCAACTTATTGTCGAGGAGATTCGATCTGTGAAATCGATTCCCTCTTAACTCCATCTCCTGAAATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · TkA08G083690|TK1151|CDS

ATGGCAACATTAAGAAAACTAAATGCTCCCCTAACTGAGCAGCAACATGCAGCAATAATAGCACTCTCTCATGCAGTTGTGGATCGACCATTTCCTTCCAAATTGTCACAGGAAAGTATATCCAAAGAGAATAATGGTTCATCTATTTCAACAAGGCATGGCACAGTGGAAGAATCTGGTGATATAGATGGTGTTTTGGTCAATACAAACCAGGTACAAACGGATTTTGTTACAATATATATATACTCTTGTTGTAGACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

787 aa · TkA08G083690|TK1151|PROTEIN

MATLRKLNAPLTEQQHAAIIALSHAVVDRPFPSKLSQESISKENNGSSISTRHGTVEESGDIDGVLVNTNQVQTDFVTIYIYSCCRLNGHSLTWIQFYKWFTDLEAAMKSETEEKYQQYVNTLTERIQTCDGILQQVDETLDLFNELQMQHQVVATKTKTLHDACDRMVIEKQRLIEFAESLRSKLNYFDELESVATSFYSSNTNVSSENFLPQLKKLDDCITYVENNPQYAESNVYLVKFRQLQSRALGMIRTHVLSVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G083690`
TK1151 ID	TkA08G083690
OH-1004 ID	LXL04_018798
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.111 / OH-1004 96.547 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G083690

位置 Chr08:21543785-21550504 (+)

描述 Similar to COG3: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73430`	作为参与高尔基体内蛋白质运输的外周膜 COG 复合物的组成部分。	Arabidopsis COG Complex Subunits COG3 and COG8 Modulate Golgi Morphology, Vesicle Trafficking Homeostasis and Are Essential for Pollen Tube Growth.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006140

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018798 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000301 retrograde transport, vesicle recycling within Golgi 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0033365 protein localization to organelle 生物过程

GO:0048193 Golgi vesicle transport 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

aag:5570156

ath:AT1G73430

dpo:4817142

hsa:83548

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.542

排名 1 · TkA08G083690 · TK1151

细胞质0.507

排名 2 · TkA08G083690 · TK1151

内质网0.113

排名 3 · TkA08G083690 · TK1151

溶酶体／液泡0.110

排名 4 · TkA08G083690 · TK1151

细胞膜0.110

排名 5 · TkA08G083690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19856DUF633158-120 aa

PF24564DUF760583-182 aa

PF14966DNA_repr_REX1B98-142 aa

PF25101Spectrin_7101-145 aa

PF19269Anticodon_2104-157 aa

PF07303Occludin_ELL112-175 aa

PF04136COG3_N118-261 aa

PF01335DED134-168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G083690	`PF19856`	DUF6331	58	120	0.18	12.8
TkA08G083690	`PF24564`	DUF7605	83	182	0.7	10.5
TkA08G083690	`PF14966`	DNA_repr_REX1B	98	142	0.045	15.0
TkA08G083690	`PF25101`	Spectrin_7	101	145	7.2	7.7
TkA08G083690	`PF19269`	Anticodon_2	104	157	0.22	12.6
TkA08G083690	`PF07303`	Occludin_ELL	112	175	1.1	10.8
TkA08G083690	`PF04136`	COG3_N	118	261	1.3e-42	145.9
TkA08G083690	`PF01335`	DED	134	168	0.14	13.2
TkA08G083690	`PF20671`	COG3_C	142	180	7.3e-105	351.3
TkA08G083690	`PF19269`	Anticodon_2	170	218	0.22	12.6
TkA08G083690	`PF25101`	Spectrin_7	172	207	7.2	7.7
TkA08G083690	`PF20671`	COG3_C	289	597	7.3e-105	351.3
TkA08G083690	`PF19856`	DUF6331	306	358	0.18	12.8
TkA08G083690	`PF07303`	Occludin_ELL	307	332	1.1	10.8
TkA08G083690	`PF01335`	DED	407	427	0.14	13.2
TkA08G083690	`PF04136`	COG3_N	430	459	1.3e-42	145.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HQ84`	拟南芥	sp\|F4HQ84\|COG3_ARATH Conserved oligomeric Golgi complex subunit 3	77.100%	Swiss-Prot	高置信

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