TkA08G083350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G083350

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21448124-21449161 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

855 bp · TkA08G083350|TK1151|cDNA

GTCGACAGTGTCTCCTTATAAATACATTTTATCAATCCCATGAAACCATAAGCCATCAATCCCATAAAACCATAAGCCATTTCGTAAGCACTTTGTGTTCACAACAAAACCAATCTTACCAAACCGATGGCTTTCAAAGGGCAAGAAGTCATGAGCCTGGTCTTAGCCCTACTGGTCATGGCATGGAGTGGAGCCGAGGCTCAGACGAATACTTGCACAAATACACTCATGGGTCTGACTTCATGCCTAAACTATGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · TkA08G083350|TK1151|CDS

ATGGCTTTCAAAGGGCAAGAAGTCATGAGCCTGGTCTTAGCCCTACTGGTCATGGCATGGAGTGGAGCCGAGGCTCAGACGAATACTTGCACAAATACACTCATGGGTCTGACTTCATGCCTAAACTATGTCACTGGCAACTCCTCCACCCCCGCACCTTCATGTTGCTCAACACTTTCAACCATAGTACAGTCACAACCACGTTGCCTTTGTTCACTGCTTAATGGCAATGGCCCTAACATCGGTGTTACTATTAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

197 aa · TkA08G083350|TK1151|PROTEIN

MAFKGQEVMSLVLALLVMAWSGAEAQTNTCTNTLMGLTSCLNYVTGNSSTPAPSCCSTLSTIVQSQPRCLCSLLNGNGPNIGVTINQTLALSLPGACQVQTPPLNLCNGVANGPASGPASEPTSSTVSPTSSQTEPSGETPETEAPTATSTPSVPSGSGSKSTPSTDNNASNGSKFGAPSYLLLFVFFLGMKFYNLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G083350`
TK1151 ID	TkA08G083350
OH-1004 ID	LXL04_018794
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.970 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G083350

位置 Chr08:21448124-21449161 (-)

描述 Similar to YLS3: Protein YLS3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22600`	参与种子和胚珠成熟发育的脂质转移蛋白，可能通过调控木栓质和孢粉素生物合成或沉积过程中的脂肪酸稳态发挥作用。	Involvement of lipid transfer proteins in resistance against a non-host powdery mildew in Arabidopsis thaliana.2019 · DOI: 10.1111/mpp.12740
`At1g03103`	可能的脂质转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018794 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03103

ath:AT2G44290

ath:AT2G48130

ath:AT3G22600

ath:AT4G14815

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.708

排名 1 · TkA08G083350 · TK1151

细胞外0.112

排名 2 · TkA08G083350 · TK1151

内质网0.104

排名 3 · TkA08G083350 · TK1151

细胞质0.082

排名 4 · TkA08G083350 · TK1151

细胞核0.040

排名 5 · TkA08G083350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14368LTP_216-107 aa

PF00234Tryp_alpha_amyl30-103 aa

PF29052PGA28-like_dom37-73 aa

PF29052PGA28-like_dom119-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G083350	`PF14368`	LTP_2	16	107	6.6e-19	68.6
TkA08G083350	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	30	103	5.1e-11	43.4
TkA08G083350	`PF29052`	PGA28-like_dom	37	73	0.0087	16.5
TkA08G083350	`PF29052`	PGA28-like_dom	119	185	0.0087	16.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJ86`	拟南芥	sp\|Q9LJ86\|LTPG5_ARATH Non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 5	51.000%	Swiss-Prot	低置信
`F4HZB9`	拟南芥	sp\|F4HZB9\|LTG19_ARATH Non-specific lipid transfer protein GPI-anchored 19	47.500%	Swiss-Prot	低置信

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