TkA08G080610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G080610

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20718110-20719980 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1716 bp · TkA08G080610|TK1151|cDNA

CTCGATCACCCTATAAATTCACCCACAATCCTCTCCTAAACCTCGCATCACATCATCAATTCTGTTTTCGTACTCATCAACTCACCATGGTTGCTCGAAAACTCGCCTTAGGTCTCTTCCTCTGCCTCCTCGGCACCACCGCTCTTGCCACTACACGCTCGCCACGACTCGGCGGCCCTGAGTTCTGCAACCTCCAGCGACTCTCCGCTACCCAGCCTTCTCAACGCCTTGAGTTCGAAGGTGGTTCAATTGAAACATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1443 bp · TkA08G080610|TK1151|CDS

ATGGTTGCTCGAAAACTCGCCTTAGGTCTCTTCCTCTGCCTCCTCGGCACCACCGCTCTTGCCACTACACGCTCGCCACGACTCGGCGGCCCTGAGTTCTGCAACCTCCAGCGACTCTCCGCTACCCAGCCTTCTCAACGCCTTGAGTTCGAAGGTGGTTCAATTGAAACATGGGATGTAAATGACGACCAATTTCAGTGCGTCGGAGTTGCTCCGATGAGGAAGACTATCCAACCCAACTCTCTTTCTCTTCCAAGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

480 aa · TkA08G080610|TK1151|PROTEIN

MVARKLALGLFLCLLGTTALATTRSPRLGGPEFCNLQRLSATQPSQRLEFEGGSIETWDVNDDQFQCVGVAPMRKTIQPNSLSLPSFHPFPRIVFIEEGEGIIGVHFPGCAETFDTGVTGEQQLERPRRMGQQGQEELQGADSHQKVRRFRRGDIIAIPAGAVHWTYNDGNQEVVAISINDINNPSNQLDMQPRSFFLAGGTTSSQSVQGRQRQHLSREQQQQGGSFDFLNIFAGFDTELLAEAFNSNPEIVRSMQQPGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G080610`
TK1151 ID	TkA08G080610
OH-1004 ID	LXL04_018744
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G080610`
位置	Chr08:20718110-20719980 (-)
描述	Similar to 11S globulin seed storage protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018744` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0048316 seed development 生物过程 GO:0070207 protein homotrimerization 生物过程 GO:0042735 endosperm protein body 细胞组分 GO:0043245 extraorganismal space 细胞组分 GO:0019863 IgE binding 分子功能 GO:0019864 IgG binding 分子功能 GO:0045735 nutrient reservoir activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	jre:108996042 sind:105163414 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.455

排名 1 · TkA08G080610 · TK1151

细胞外0.253

排名 2 · TkA08G080610 · TK1151

内质网0.204

排名 3 · TkA08G080610 · TK1151

细胞质0.113

排名 4 · TkA08G080610 · TK1151

细胞膜0.046

排名 5 · TkA08G080610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00190Cupin_141-199 aa

PF07883Cupin_276-103 aa

PF12852Cupin_6133-171 aa

PF05899Cupin_3144-162 aa

PF07883Cupin_2146-179 aa

PF08007JmjC_2149-180 aa

PF03079ARD151-177 aa

PF00190Cupin_1229-252 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G080610	`PF00190`	Cupin_1	41	199	2.3e-61	206.5
TkA08G080610	`PF07883`	Cupin_2	76	103	7.2e-09	36.0
TkA08G080610	`PF12852`	Cupin_6	133	171	0.068	13.6
TkA08G080610	`PF05899`	Cupin_3	144	162	0.0022	18.4
TkA08G080610	`PF07883`	Cupin_2	146	179	7.2e-09	36.0
TkA08G080610	`PF08007`	JmjC_2	149	180	0.013	15.8
TkA08G080610	`PF03079`	ARD	151	177	9.8e-05	23.3
TkA08G080610	`PF00190`	Cupin_1	229	252	2.3e-61	206.5
TkA08G080610	`PF00190`	Cupin_1	310	457	2.3e-61	206.5
TkA08G080610	`PF12852`	Cupin_6	340	402	0.068	13.6
TkA08G080610	`PF07883`	Cupin_2	350	401	7.2e-09	36.0
TkA08G080610	`PF03079`	ARD	354	402	9.8e-05	23.3
TkA08G080610	`PF08007`	JmjC_2	359	412	0.013	15.8
TkA08G080610	`PF05899`	Cupin_3	366	410	0.0022	18.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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