RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G080250
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20605881-20612928 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2153 bp · TkA08G080250|TK1151|cDNA

AAAAAGTAACATTTCATTTCCAACCGGTTTCGATTTCGGTCCCGATTCAGATTCTGAATCAATATTCATATAAACGTAACATCTCTAAAACATTTTTTTAATTTTCTCTATAATAAATTACAGTATTTTACTTTGTGTAATGAACGGACAAAAGGGGAAACTTGGTACAGTGGTCCGAGTGACGATTATTAGCAGAGCCCTTTTTCTTTGAGCTTCCGCCACTACGACTCCGTCACCACACCACCGCCACCGCCACCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1752 bp · TkA08G080250|TK1151|CDS

ATGACAAGCAAAATGTCAGCTCCACCTGGTTTTGTATCTGTCACATCGTTTACACTTACAAAAAGGAACAATGAAGCTTGCGACATTGAAGCAGAACCCAATCAAGCATCTTTCAGAATACCTGATTTTGAAAAGCTTCAAAAGTCGCTCAAACAACGGCCATGGATAATCCATGACCAAGTCCTCAACAAAAAGCCCGATAAGATACATCACAATACCTCTCTCGAAAATACCCTTCCAATAGGAGTGATTCGTGGGTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

583 aa · TkA08G080250|TK1151|PROTEIN

MTSKMSAPPGFVSVTSFTLTKRNNEACDIEAEPNQASFRIPDFEKLQKSLKQRPWIIHDQVLNKKPDKIHHNTSLENTLPIGVIRGCSSCHNCQKVTASWRPEDSCKPEIQYSILFQPTEDEFKDVYQYIAKIRPKAEEHGICRIIPPDSWKPPSLINGNKWESPRFSTHVQQIDELKHLHSKRKLNQIIEQPEYKKTENSDGFEFEFEHGPEFTLRTFKAYAQHFKSQYFKKQDVFTGFGIPPWENVEGEYWRIIQNPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G080250
TK1151 IDTkA08G080250
OH-1004 IDLXL04_012742
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.142 / OH-1004 59.868
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G080250
位置Chr08:20605881-20612928 (+)
描述Similar to JMJ16: Putative lysine-specific demethylase JMJ16
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08620 作为组蛋白 H3 'Lys-4' 去甲基酶发挥作用，参与基因表达的负调控。
The Histone H3K4 Demethylase JMJ16 Represses Leaf Senescence in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1105/tpc.18.00693
Cell-type-dependent histone demethylase specificity promotes meiotic chromosome condensation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41477-020-0697-0
At2g38950 可能不活跃的赖氨酸特异性去甲基化酶JMJ19。 暂无已核实直接文献
At4g20400 转录阻遏蛋白。
Repression of FLOWERING LOCUS T chromatin by functionally redundant histone H3 lysine 4 demethylases in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0008033
A plant-specific histone H3 lysine 4 demethylase represses the floral transition in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04182.x
JMJ14, a JmjC domain protein, is required for RNA silencing and cell-to-cell movement of an RNA silencing signal in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1101/gad.579910
Involvement of a Jumonji-C domain-containing histone demethylase in DRM2-mediated maintenance of DNA methylation.2010 · DOI: 10.1038/embor.2010.158
Two novel NAC transcription factors regulate gene expression and flowering time by associating with the histone demethylase JMJ14.2015 · DOI: 10.1093/nar/gku1382
C-terminal domains of a histone demethylase interact with a pair of transcription factors and mediate specific chromatin association.2015 · DOI: 10.1038/celldisc.2015.3
Structure of the Arabidopsis JMJ14-H3K4me3 Complex Provides Insight into the Substrate Specificity of KDM5 Subfamily Histone Demethylases.2018 · DOI: 10.1105/tpc.17.00666
Diurnal regulation of SDG2 and JMJ14 by circadian clock oscillators orchestrates histone modification rhythms in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1186/s13059-019-1777-1
JMJ14 encoded H3K4 demethylase modulates immune responses by regulating defence gene expression and pipecolic acid levels.2020 · DOI: 10.1111/nph.16270
Conditional effects of the epigenetic regulator JUMONJI 14 in Arabidopsis root growth.2019 · DOI: 10.1242/dev.183905
Contrasting epigenetic control of transgenes and endogenous genes promotes post-transcriptional transgene silencing in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1038/s41467-021-22995-3
At1g30810 组蛋白去甲基化酶，可对组蛋白 H3 的“Lys-4” 进行去甲基化，对 H3K4me3 和 H3K4me2 具有特定活性。
A companion cell-dominant and developmentally regulated H3K4 demethylase controls flowering time in Arabidopsis via the repression of FLC expression.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002664
At2g34880 组蛋白去甲基化酶，可对组蛋白 H3 的“Lys-4” 进行去甲基化，对 H3K4me3 具有特定活性。
Overexpression of a histone H3K4 demethylase, JMJ15, accelerates flowering time in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s00299-012-1249-5
Over-expression of histone H3K4 demethylase gene JMJ15 enhances salt tolerance in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00290

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0196500 组蛋白去甲基化酶，可将组蛋白 H3 的“Lys-4” 去甲基化，对 H3K4me3、H3K4me2 和 H3K4me1 具有特定活性。
Control of transposon activity by a histone H3K4 demethylase in rice.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1217020110
Structural basis of a histone H3 lysine 4 demethylase required for stem elongation in rice.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003239
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012742 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08620
ath:AT4G20400
dosa:Os05g0196500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.721
排名 1 · TkA08G080250 · TK1151
细胞质0.282
排名 2 · TkA08G080250 · TK1151
细胞膜0.048
排名 3 · TkA08G080250 · TK1151
内质网0.037
排名 4 · TkA08G080250 · TK1151
线粒体0.032
排名 5 · TkA08G080250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02928zf-C5HC290-94 aa
PF02375JmjN116-147 aa
PF02373JmjC251-265 aa
PF02373JmjC323-435 aa
PF02928zf-C5HC2403-411 aa
PF21323KDM5_C-hel440-474 aa
PF02928zf-C5HC2524-574 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G080250PF02928zf-C5HC290942.9e-1557.0
TkA08G080250PF02375JmjN1161473.4e-1453.1
TkA08G080250PF02373JmjC2512658.7e-32110.7
TkA08G080250PF02373JmjC3234358.7e-32110.7
TkA08G080250PF02928zf-C5HC24034112.9e-1557.0
TkA08G080250PF21323KDM5_C-hel4404740.002118.6
TkA08G080250PF02928zf-C5HC25245742.9e-1557.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0SUT9拟南芥sp|C0SUT9|JMJ16_ARATH Putative lysine-specific demethylase JMJ1641.500%Swiss-Prot中等置信
Q8L7T6拟南芥sp|Q8L7T6|JMJ19_ARATH Probable inactive lysine-specific demethylase JMJ1937.100%Swiss-Prot中等置信
Q8GUI6拟南芥sp|Q8GUI6|JMJ14_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1437.000%Swiss-Prot中等置信
F4I6G4拟南芥sp|F4I6G4|JMJ18_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1838.100%Swiss-Prot中等置信
O64752拟南芥sp|O64752|JMJ15_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ1537.500%Swiss-Prot中等置信
Q53WJ1水稻sp|Q53WJ1|JM703_ORYSJ Lysine-specific demethylase JMJ70341.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看