TkA08G078280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G078280

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20109115-20114527 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2351 bp · TkA08G078280|TK1151|cDNA

AATTGATCAAACACTACAAACTAATTTATGAGTTTATTACATTTTGGGTATGATTAATCTATTTTGGGCTGGTATTGCCATATGGGCTTTCACATATCCTTAGCCCACTATCGTGAAGCAATAAAGACCAGTTTCTGTCGGATAATAAAACGGGTCATTCCCAACATTTACCTCCTTCATGATTCTGAACAACTGTTTTCACACCACCATCGATACGGTTGCTGGACTTGAATTCATCTGGAACTCTTCGATTAGCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1854 bp · TkA08G078280|TK1151|CDS

ATGTCTGAAGTTCCGTCGTTGATCACTTTATGCATAGGCGCAATCAAAGATGCGATCCTTGATGAAAACGGCAATTTACCTTATGTTTACAAACTTCCTGCTGAATTGTTTGATCAACTCTTACCTAACCTACCTCCATTGGCACTGCAGAATCTACAGGACGCCATGCCATCAGTTAGCTTTAGTGATCATGATTTCGATGATGATAGCTTAAAACCTTCAAAAAAACGGAAAAGATCTGAGAACTTTGATATAGCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

617 aa · TkA08G078280|TK1151|PROTEIN

MSEVPSLITLCIGAIKDAILDENGNLPYVYKLPAELFDQLLPNLPPLALQNLQDAMPSVSFSDHDFDDDSLKPSKKRKRSENFDIAWKTLYESRWSDVQKFTTDSLPEDDSTTNWQQIYWERHLQNCLDAVAEMVQITLFDGFLGDVEISDALLKSITYEGHLSRPKNYLKLDYHCERFGLYARCVRLQSVHCVAEIGHLLRKSRLQYLETHWIKSKEQVDGLCKLLDQNKDTLSTLEFLHCKLPASLVTAICESLFIKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G078280`
TK1151 ID	TkA08G078280
OH-1004 ID	LXL04_018696
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G078280`
位置	Chr08:20109115-20114527 (-)
描述	Similar to NLRP5: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018696` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0007015 actin filament organization 生物过程 GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程 GO:0040019 positive regulation of embryonic development 生物过程 GO:0051293 establishment of spindle localization 生物过程 GO:0051302 regulation of cell division 生物过程 GO:0051656 establishment of organelle localization 生物过程 GO:0140089 protein storage 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:493717 cbr:CBG_23501 cel:CELE_F28C1.3 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.476

排名 1 · TkA08G078280 · TK1151

细胞质0.415

排名 2 · TkA08G078280 · TK1151

线粒体0.103

排名 3 · TkA08G078280 · TK1151

细胞膜0.062

排名 4 · TkA08G078280 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G078280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12799LRR_443-53 aa

PF13516LRR_659-71 aa

PF28800DUF846399-115 aa

PF00560LRR_1234-249 aa

PF29255LRR_NLRC3290-465 aa

PF29265LRR_CARMIL295-402 aa

PF13855LRR_8297-337 aa

PF00560LRR_1298-309 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G078280	`PF12799`	LRR_4	43	53	0.0022	18.9
TkA08G078280	`PF13516`	LRR_6	59	71	6.2e-05	23.5
TkA08G078280	`PF28800`	DUF8463	99	115	0.25	12.0
TkA08G078280	`PF00560`	LRR_1	234	249	4.8e-09	35.3
TkA08G078280	`PF29255`	LRR_NLRC3	290	465	8.5e-11	41.9
TkA08G078280	`PF29265`	LRR_CARMIL	295	402	6.5e-06	25.8
TkA08G078280	`PF13855`	LRR_8	297	337	0.00018	21.9
TkA08G078280	`PF00560`	LRR_1	298	309	4.8e-09	35.3
TkA08G078280	`PF24048`	LRR_NXF1-5	298	337	1.1e-05	25.8
TkA08G078280	`PF13516`	LRR_6	298	308	6.2e-05	23.5
TkA08G078280	`PF12799`	LRR_4	298	308	0.0022	18.9
TkA08G078280	`PF00560`	LRR_1	327	340	4.8e-09	35.3
TkA08G078280	`PF13516`	LRR_6	327	338	6.2e-05	23.5
TkA08G078280	`PF12799`	LRR_4	327	385	0.0022	18.9
TkA08G078280	`PF29265`	LRR_CARMIL	358	579	6.5e-06	25.8
TkA08G078280	`PF13855`	LRR_8	358	405	0.00018	21.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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