TkA08G078090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G078090

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20044371-20046052 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

578 bp · TkA08G078090|TK1151|cDNA

AAAAAATATAGAAGAGAGAAAATGACAGCTTTTACTAAATTTGCAAAGACCTTCAACACGTTTGTTCGCAGCCCTTGGAGTTCCAAGGTGTTTCTCCCTGCTAGACGTAAACCTACGCAGGGATGTTGCTTGGCTTCTGCTATTTCTCAACCGCCAACCGATGCAGCTAGGCGTGGTGTTGAAGAGGTGAAAAAAGCCGGTAACCAAATCAAAGAGCAGGTTGCATCTCATGCAGAAAATATGGCAAGCCAATCGAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · TkA08G078090|TK1151|CDS

ATGACAGCTTTTACTAAATTTGCAAAGACCTTCAACACGTTTGTTCGCAGCCCTTGGAGTTCCAAGGTGTTTCTCCCTGCTAGACGTAAACCTACGCAGGGATGTTGCTTGGCTTCTGCTATTTCTCAACCGCCAACCGATGCAGCTAGGCGTGGTGTTGAAGAGGTGAAAAAAGCCGGTAACCAAATCAAAGAGCAGGTTGCATCTCATGCAGAAAATATGGCAAGCCAATCGAAAGATGCTGCCGGAAAAGTCACAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

134 aa · TkA08G078090|TK1151|PROTEIN

MTAFTKFAKTFNTFVRSPWSSKVFLPARRKPTQGCCLASAISQPPTDAARRGVEEVKKAGNQIKEQVASHAENMASQSKDAAGKVTGVAENIAEKAKKPAQGAWNVAKEKAQEVKENVSEKAEEAVTAAKRKIN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G078090`
TK1151 ID	TkA08G078090
OH-1004 ID	LXL04_036798
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.060 / OH-1004 80.292 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G078090`
位置	Chr08:20044371-20046052 (-)
描述	Similar to At4g13230: Uncharacterized protein At4g13230
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036798` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G13230 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.758

排名 1 · TkA08G078090 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA08G078090 · TK1151

质体0.073

排名 3 · TkA08G078090 · TK1151

细胞核0.058

排名 4 · TkA08G078090 · TK1151

细胞外0.028

排名 5 · TkA08G078090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05755REF39-82 aa

PF05957DUF88348-72 aa

PF23742VBS_C3G950-82 aa

PF05103DivIVA50-124 aa

PF01442Apolipoprotein52-132 aa

PF07464ApoLp-III53-95 aa

PF28479At4g1323054-73 aa

PF12732YtxH54-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G078090	`PF05755`	REF	39	82	6.6	7.2
TkA08G078090	`PF05957`	DUF883	48	72	0.81	10.4
TkA08G078090	`PF23742`	VBS_C3G9	50	82	0.048	14.5
TkA08G078090	`PF05103`	DivIVA	50	124	0.12	13.1
TkA08G078090	`PF01442`	Apolipoprotein	52	132	0.00031	21.2
TkA08G078090	`PF07464`	ApoLp-III	53	95	1.2	10.0
TkA08G078090	`PF28479`	At4g13230	54	73	6.5e-12	46.2
TkA08G078090	`PF12732`	YtxH	54	97	0.0002	22.4
TkA08G078090	`PF28971`	COR15	56	129	0.0033	18.1
TkA08G078090	`PF28079`	GvpQ-like	56	125	1.1	10.1
TkA08G078090	`PF05755`	REF	56	133	6.6	7.2
TkA08G078090	`PF25457`	IRF-2BP1_2_M	60	116	0.032	14.3
TkA08G078090	`PF27970`	LEA1_2_D7_KIN2	60	110	0.083	14.3
TkA08G078090	`PF28479`	At4g13230	71	130	6.5e-12	46.2
TkA08G078090	`PF02987`	LEA_4	75	97	6.4	7.5
TkA08G078090	`PF24430`	DUF7553	80	133	0.23	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情