TkA08G077830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G077830

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19935393-19941080 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3014 bp · TkA08G077830|TK1151|cDNA

AAATGATTATAACAACAAAATTCCTCACCACGCCCTCATTATCACTCTCCCTCCCTTTACTCCTCCAAAAAGATATAGTTCCGTTAGAAAATTACCCAAATAATGCAACTATATCTTAAATTAACTTGTGTCCTGTCTCCACTTACTAAAACTCTGAATCATATGGATCTCCATTGGTGCTTCTTCACTATTCTCTTGTTTTTTAGCTACCCCAACCTCATTTCATGTGATCAAGAAGGTTTTTGGAGTTTATCATGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2775 bp · TkA08G077830|TK1151|CDS

ATGCAACTATATCTTAAATTAACTTGTGTCCTGTCTCCACTTACTAAAACTCTGAATCATATGGATCTCCATTGGTGCTTCTTCACTATTCTCTTGTTTTTTAGCTACCCCAACCTCATTTCATGTGATCAAGAAGGTTTTTGGAGTTTATCATGTGGAAGTGCTACAAATTTCATTGATTCATCCAACATTTCATGGGTATCAGACTATAACTATATCACAAAAGGGAACACTACAGTTGTCAATTTCAATGAGTCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

924 aa · TkA08G077830|TK1151|PROTEIN

MQLYLKLTCVLSPLTKTLNHMDLHWCFFTILLFFSYPNLISCDQEGFWSLSCGSATNFIDSSNISWVSDYNYITKGNTTVVNFNESIRFFPHPRSRNCYKLPLNYASSSLILIRVSFVYKNYDGLQQPPLFSVSFGTAIFATVNLSVKDPWVEEFIWRIEKENVLLCLNSIPNGGIPVISSIEFRPTPQGGYYNGMEDFTNKLIRKRYRINCGFTNGSIRYPLDQYDRIWDPDQDFSPFHTSIGFNILDTFNTWALTESP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G077830`
TK1151 ID	TkA08G077830
OH-1004 ID	LXL04_018678
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G077830

位置 Chr08:19935393-19941080 (-)

描述 Similar to At5g48740: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g48740

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48740`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At5g48740。	暂无已核实直接文献
`At1g67720`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g67720。	暂无已核实直接文献
`At2g04300`	假定的富含亮氨酸重复结构受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g04300。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67720

ath:AT2G14510

ath:AT5G48740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.792

排名 1 · TkA08G077830 · TK1151

内质网0.104

排名 2 · TkA08G077830 · TK1151

细胞质0.082

排名 3 · TkA08G077830 · TK1151

溶酶体／液泡0.055

排名 4 · TkA08G077830 · TK1151

细胞核0.046

排名 5 · TkA08G077830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00560LRR_118-32 aa

PF11721Malectin48-77 aa

PF12819Malectin_like50-359 aa

PF11721Malectin209-341 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21337-437 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL21383-459 aa

PF12799LRR_4406-446 aa

PF13855LRR_8407-463 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G077830	`PF00560`	LRR_1	18	32	6.9e-05	22.9
TkA08G077830	`PF11721`	Malectin	48	77	1.1e-05	26.2
TkA08G077830	`PF12819`	Malectin_like	50	359	1e-46	160.5
TkA08G077830	`PF11721`	Malectin	209	341	1.1e-05	26.2
TkA08G077830	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	337	437	0.69	10.6
TkA08G077830	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	383	459	0.69	10.6
TkA08G077830	`PF12799`	LRR_4	406	446	2.2e-08	34.8
TkA08G077830	`PF13855`	LRR_8	407	463	4.7e-08	33.4
TkA08G077830	`PF23598`	LRR_14	408	508	0.0002	21.0
TkA08G077830	`PF23952`	LRR_EndoS	410	508	0.6	11.1
TkA08G077830	`PF12799`	LRR_4	430	472	2.2e-08	34.8
TkA08G077830	`PF00560`	LRR_1	430	445	6.9e-05	22.9
TkA08G077830	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	444	507	0.69	10.6
TkA08G077830	`PF23211`	LRR_LRWD1	444	509	1.1	9.6
TkA08G077830	`PF13855`	LRR_8	452	510	4.7e-08	33.4
TkA08G077830	`PF00560`	LRR_1	452	465	6.9e-05	22.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGV0`	拟南芥	sp\|C0LGV0\|Y5487_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g48740	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGI2`	拟南芥	sp\|C0LGI2\|Y1677_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g67720	33.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SI06`	拟南芥	sp\|Q9SI06\|Y5573_ARATH Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g04300	32.600%	Swiss-Prot	中等置信

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