TkA08G076440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G076440

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19634275-19635379 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

990 bp · TkA08G076440|TK1151|cDNA

ATGGCGGCTTTGAAGCAGCTTTTGCCACCTGCAAAATCATCTTCTTCCACCTTCTATGATCATTCAAGCTACCCATGGTTTAAGCAAAGATACAATACACCCGAATTCATAAAAACAAACCTTATCCCACTATACAATACTCCTGAACGTTTAAACTACCGGCCATCAAAACCGCAACAATTTGGCGATGGTGGAGCTTTTCCTGAAATCCACCATGCACAATACCCACTCGATCTTGGTAGAAGGAAAAATTCATCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

990 bp · TkA08G076440|TK1151|CDS

ATGGCGGCTTTGAAGCAGCTTTTGCCACCTGCAAAATCATCTTCTTCCACCTTCTATGATCATTCAAGCTACCCATGGTTTAAGCAAAGATACAATACACCCGAATTCATAAAAACAAACCTTATCCCACTATACAATACTCCTGAACGTTTAAACTACCGGCCATCAAAACCGCAACAATTTGGCGATGGTGGAGCTTTTCCTGAAATCCACCATGCACAATACCCACTCGATCTTGGTAGAAGGAAAAATTCATCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkA08G076440|TK1151|PROTEIN

MAALKQLLPPAKSSSSTFYDHSSYPWFKQRYNTPEFIKTNLIPLYNTPERLNYRPSKPQQFGDGGAFPEIHHAQYPLDLGRRKNSSSVPKTLPMKRRRGNGEAEEIDETTLETKSALEKIINVRLRSTTSQDLKFIKYRPSQQSSDSCNSGAKERIIKMVEVHVDPLNPPKFKHKRVPKGTGSPCVPVMHSPPRPVTVKDQQDWKIPPCISNWKNPKGYTIPLDKRLVVLQEVKVNDNFAKLSEALYVGEEKAREAVTMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G076440`
TK1151 ID	TkA08G076440
OH-1004 ID	LXL04_019029
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.362 / OH-1004 58.569 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G076440

位置 Chr08:19634275-19635379 (+)

描述 Similar to SKIPA: SNW/SKI-interacting protein A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77180`	剪接因子参与生物钟和开花时间基因的转录后调节。	A putative novel transcription factor, AtSKIP, is involved in abscisic acid signalling and confers salt and osmotic tolerance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.03032.x SKIP is a component of the spliceosome linking alternative splicing and the circadian clock in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.100081

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0759800`	作为干旱和耐盐性的正调节剂。	A homolog of human ski-interacting protein in rice positively regulates cell viability and stress tolerance.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901940106

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043923 host-mediated activation of viral transcription 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77180

dosa:Os02g0759800

hsa:22938

osa:107275655

osa:4330796

pon:100174597

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.896

排名 1 · TkA08G076440 · TK1151

细胞质0.189

排名 2 · TkA08G076440 · TK1151

线粒体0.026

排名 3 · TkA08G076440 · TK1151

细胞膜0.022

排名 4 · TkA08G076440 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA08G076440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10964DUF2766120-163 aa

PF02731SKIP_SNW134-290 aa

PF10964DUF2766229-271 aa

PF00781DAGK_cat252-301 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G076440	`PF10964`	DUF2766	120	163	0.42	11.5
TkA08G076440	`PF02731`	SKIP_SNW	134	290	1.3e-65	220.6
TkA08G076440	`PF10964`	DUF2766	229	271	0.42	11.5
TkA08G076440	`PF00781`	DAGK_cat	252	301	0.058	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80653`	拟南芥	sp\|O80653\|SKIP_ARATH SNW/SKI-interacting protein	55.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6K8D9`	水稻	sp\|Q6K8D9\|SKIPA_ORYSJ SNW/SKI-interacting protein A	53.900%	Swiss-Prot	高置信

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