TkA08G075590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G075590

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19417514-19421127 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2206 bp · TkA08G075590|TK1151|cDNA

TTCGGAACTCTCTAGAACCCTTTTACATTTTACAGCCACCTGTCTATAAAAGCCTCAAAGTCTCCATTTTCCCCATACGCTCAATCTCTTCTCTCGAATTCGCGAATTTTTAAGCTTGTTGATTAGTTTGCGTTGTAGCAGCGAGATTTGTTTGATTGCGATATTGCACAATGGAGGATGATTTTGATTTTCCCGCAGCTGGAGGTATGAACGATGAAATGATGGATGATATGCCGTATGATGCTCCGGAGACGTTGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1680 bp · TkA08G075590|TK1151|CDS

ATGGAGGATGATTTTGATTTTCCCGCAGCTGGAGGTATGAACGATGAAATGATGGATGATATGCCGTATGATGCTCCGGAGACGTTGAAGGTTGGGGAAGAAAAGGAGATCGGTAGTCAAGGTTTGAAGAAGAAACTTCTTAAGGAAGGTGAAAGCTGGGAGACTCCTGACAATGGCGACGAGGTCGAAGTACATTACACTGGAACCTTGCTTGACGGAACTCAGTTCGACTCCAGTCGTGATAGGGGAACTCCGTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

559 aa · TkA08G075590|TK1151|PROTEIN

MEDDFDFPAAGGMNDEMMDDMPYDAPETLKVGEEKEIGSQGLKKKLLKEGESWETPDNGDEVEVHYTGTLLDGTQFDSSRDRGTPFKFTLGQGQVIKGWDQGIKTMKKGENALFTIPAELAYGASGSPPTIPPNATLQFDVQLLSWVSVKDICKDGGIFKKIVKKGEKWENPKDLDEVLVNYEVRLEDNTLVAKSDGIEFAVQDGHFCPALSKALKTMKKGEKTLLTVKPQYGFGEKGKPEIGVPPNATLQITLELLSWK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G075590`
TK1151 ID	TkA08G075590
OH-1004 ID	LXL04_036743
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G075590

位置 Chr08:19417514-19421127 (-)

描述 Similar to FKBP62: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP62

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48570`	PPIases 加速蛋白质折叠。	Involvement of Arabidopsis ROF2 (FKBP65) in thermotolerance.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9561-3 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ROF2 modulates intracellular pH homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04921.x Characterization of three Arabidopsis thaliana immunophilin genes involved in the plant defense response against Pseudomonas syringae.2014 · DOI: 10.1016/j.gene.2014.01.029
`At3g25230`	PPIases 加速蛋白质折叠。	Arabidopsis immunophilins ROF1 (AtFKBP62) and ROF2 (AtFKBP65) exhibit tissue specificity, are heat-stress induced, and bind HSP90.2007 · DOI: 10.1007/s11103-006-9085-z Arabidopsis ROF1 (FKBP62) modulates thermotolerance by interacting with HSP90.1 and affecting the accumulation of HsfA2-regulated sHSPs.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03878.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0031111 negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization 生物过程

GO:0070370 cellular heat acclimation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G25230

ath:AT5G48570

bta:508535

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.657

排名 1 · TkA08G075590 · TK1151

细胞核0.383

排名 2 · TkA08G075590 · TK1151

线粒体0.110

排名 3 · TkA08G075590 · TK1151

细胞膜0.102

排名 4 · TkA08G075590 · TK1151

内质网0.074

排名 5 · TkA08G075590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23322PPIase_AIP43-120 aa

PF00254FKBP_C54-144 aa

PF17517IgGFc_binding60-96 aa

PF00254FKBP_C170-257 aa

PF23322PPIase_AIP272-348 aa

PF00254FKBP_C282-377 aa

PF17517IgGFc_binding314-384 aa

PF07719TPR_2403-426 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G075590	`PF23322`	PPIase_AIP	43	120	4.8e-07	31.0
TkA08G075590	`PF00254`	FKBP_C	54	144	1.7e-83	275.8
TkA08G075590	`PF17517`	IgGFc_binding	60	96	0.17	11.8
TkA08G075590	`PF00254`	FKBP_C	170	257	1.7e-83	275.8
TkA08G075590	`PF23322`	PPIase_AIP	272	348	4.8e-07	31.0
TkA08G075590	`PF00254`	FKBP_C	282	377	1.7e-83	275.8
TkA08G075590	`PF17517`	IgGFc_binding	314	384	0.17	11.8
TkA08G075590	`PF07719`	TPR_2	403	426	2e-09	37.5
TkA08G075590	`PF13432`	TPR_16	403	426	0.0029	18.8
TkA08G075590	`PF00515`	TPR_1	404	425	1.1e-10	41.5
TkA08G075590	`PF13414`	TPR_11	404	426	0.00021	21.6
TkA08G075590	`PF14559`	TPR_19	408	425	1.5e-06	29.2
TkA08G075590	`PF13424`	TPR_12	408	425	5.7e-06	27.1
TkA08G075590	`PF31146`	MIT_ATG38	408	451	0.045	14.7
TkA08G075590	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	408	429	0.052	14.1
TkA08G075590	`PF13174`	TPR_6	408	425	7.1	8.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJL3`	拟南芥	sp\|Q9FJL3\|FKB65_ARATH Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP65	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q38931`	拟南芥	sp\|Q38931\|FKB62_ARATH Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP62	75.700%	Swiss-Prot	高置信

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