TkA08G070410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G070410

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 18162191-18165042 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2413 bp · TkA08G070410|TK1151|cDNA

ATATAAAGATTGCCAAAACACGTGTCAAGACCGGCTATCGCCGGTTACCGGTTATCTCCTCGACCCCTTAAGAACAGTCGAACTCGGCGGCGACTCGACGCAAAGTTAGAAAAAAACCCAGCTGGTTGTGGGTCCCATACGCCACCGTCGACCGCCGTCCTCCTCTTTCTCCTTCATCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTCTCTCTTTTCTCCCTCTGTCTCTCTCTAGCTATATATAGATATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA08G070410|TK1151|CDS

ATGTTGGAGGATCGATCCTTTTTGGTTTCAAGAACCTTCAACACCAAAAGCAACACCACGTGGGGTTTTATGAGTAACTTCCCAATCAAAACCATTCAAGAAAAACGTCCTTTAGAACTCGAAGAAGACGAAGAACCAATTCCCGCAAGAAAAATCTCCAAATACCAAAACCTCGAACTCGGATTAGGGTTCCTCGACCTCGCAATCGACCAATCCCGTGATTCCGATTCCAACTCCAATTCCAATTCGGATTCCGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · TkA08G070410|TK1151|PROTEIN

MLEDRSFLVSRTFNTKSNTTWGFMSNFPIKTIQEKRPLELEEDEEPIPARKISKYQNLELGLGFLDLAIDQSRDSDSNSNSNSDSDSDSTSLIHAIGRDNSISCLLRCSRSDYGALASLNRTFRDLISTGELYRLRRKNNIIEHWVYFSCHLVQWEAFDPINQRWMHLPTMSSNTCFQFSDKESLAVGTELLVLGKEVMDHVIYKYSLLTNSWSFGQLMNLPRCLFGSASLGEIAIVAGGSDPNGKIMNSAELYNSESGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G070410`
TK1151 ID	TkA08G070410
OH-1004 ID	LXL04_011487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G070410

位置 Chr08:18162191-18165042 (-)

描述 Similar to SKIP11: F-box/kelch-repeat protein SKIP11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26930`	F-box/kelch重复蛋白 At1g26930。	暂无已核实直接文献
`At2g02870`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g74510`	F-box/kelch 重复蛋白 At1g74510。	暂无已核实直接文献
`At5g60570`	F-box/kelch重复蛋白 At5g60570。	暂无已核实直接文献
`At3g27150`	F-盒/Kelch 重复蛋白 At3g27150。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26930

ath:AT1G74510

ath:AT2G02870

ath:AT3G27150

ath:AT5G60570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.778

排名 1 · TkA08G070410 · TK1151

细胞质0.214

排名 2 · TkA08G070410 · TK1151

细胞膜0.054

排名 3 · TkA08G070410 · TK1151

质体0.039

排名 4 · TkA08G070410 · TK1151

内质网0.030

排名 5 · TkA08G070410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15370NOPCHAP149-89 aa

PF05110AF-471-90 aa

PF00646F-box103-134 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR1140-293 aa

PF25210Kelch_FKB95155-206 aa

PF01344Kelch_1156-172 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7156-195 aa

PF24996NANM156-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G070410	`PF15370`	NOPCHAP1	49	89	0.27	12.4
TkA08G070410	`PF05110`	AF-4	71	90	0.76	9.7
TkA08G070410	`PF00646`	F-box	103	134	0.21	12.3
TkA08G070410	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	140	293	2.6e-08	34.2
TkA08G070410	`PF25210`	Kelch_FKB95	155	206	1.4e-13	51.9
TkA08G070410	`PF01344`	Kelch_1	156	172	2e-25	88.7
TkA08G070410	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	156	195	3.2e-07	30.6
TkA08G070410	`PF24996`	NANM	156	174	0.00018	21.2
TkA08G070410	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	159	373	0.18	12.0
TkA08G070410	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	164	214	1.1e-09	38.5
TkA08G070410	`PF01344`	Kelch_1	200	216	2e-25	88.7
TkA08G070410	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	201	294	9.5e-06	26.1
TkA08G070410	`PF07646`	Kelch_2	203	216	7.5e-09	35.8
TkA08G070410	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	203	329	3.2e-07	30.6
TkA08G070410	`PF01344`	Kelch_1	222	267	2e-25	88.7
TkA08G070410	`PF07646`	Kelch_2	222	267	7.5e-09	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84M94`	拟南芥	sp\|Q84M94\|FBK15_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g26930	64.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L736`	拟南芥	sp\|Q8L736\|SKI11_ARATH F-box/kelch-repeat protein SKIP11	65.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9CA63`	拟南芥	sp\|Q9CA63\|FBK29_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g74510	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKJ0`	拟南芥	sp\|Q9FKJ0\|FK132_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g60570	39.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LI89`	拟南芥	sp\|Q9LI89\|FBK70_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g27150	34.700%	Swiss-Prot	中等置信

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