TkA08G069920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G069920

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 18033027-18036058 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2196 bp · TkA08G069920|TK1151|cDNA

ATTATAAAAAACGTGCACCTAGGATTGAATTTTTTGATTCAATAACCCAGAATCAAAATCAAACCATTTTCTAATTTAAATATTTCTTTGGTCAATCTTTTGTACAAGTTAAAAAATTCAAAGACGTGTATCATTTATTTCCACAAGGGGCGTTGTATAAGTAGGTAACGGTGAGGGGTTGTCATATTCATCATCAATTCATCACTTACACAAGCAGGAAACAAGACCTTCAACTCCATTTTTGTACTCAAGAATAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1623 bp · TkA08G069920|TK1151|CDS

ATGGGTTTATCCTTCTCACTTTTATCATCAGCTTGGGAAGTAATCTTGCGACATGGATTCCTAGATCTACCATACGATCTTGAACACCTCGAAAACCGATTACGATCCAATAGCTTCAAAAGACCCGAATCCGGATCCGAATCCGAATCCGAACAATTTTCAACAAATTCACAACATTCAAGTCCTAAAAGCACAAGAAGAAACTCAATCAGTTTAAAAAGCTGTGAACCATTAAAAGTCATGCTTGAAACCACCCTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

540 aa · TkA08G069920|TK1151|PROTEIN

MGLSFSLLSSAWEVILRHGFLDLPYDLEHLENRLRSNSFKRPESGSESESEQFSTNSQHSSPKSTRRNSISLKSCEPLKVMLETTLSFKNLVQDIRKPEPETSSIESGSKNLLPEPVVFFSPRPVIELNNAATTLQKVYKSYRTRRNLADGAVVAEELWWKALDFAALDRSSVSFFNVEKHETAVSRWARAGTRVAKVGKGLLKDEKAQKLALQHWLEAIDPRHRYGHNLHIYYDLWFESESSQPFFYWLDVGDGKEVNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G069920`
TK1151 ID	TkA08G069920
OH-1004 ID	LXL04_018597
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G069920

位置 Chr08:18033027-18036058 (-)

描述 Similar to IQM1: IQ domain-containing protein IQM1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26190`	可能参与生物和非生物胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`At4g33050`	参与气孔运动的调节。	AtIQM1, a novel calmodulin-binding protein, is involved in stomatal movement in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1007/s11103-012-9915-0
`At5g57010`	可能参与生物和非生物胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`At3g13600`	可能参与生物和非生物胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`At3g58480`	可能参与生物和非生物胁迫反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018597 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26190

ath:AT3G13600

ath:AT4G33050

ath:AT5G57010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.462

排名 1 · TkA08G069920 · TK1151

细胞核0.340

排名 2 · TkA08G069920 · TK1151

细胞膜0.255

排名 3 · TkA08G069920 · TK1151

质体0.098

排名 4 · TkA08G069920 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA08G069920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05887Trypan_PARP42-52 aa

PF05887Trypan_PARP97-138 aa

PF00612IQ130-147 aa

PF00612IQ265-271 aa

PF30383IQM_M280-371 aa

PF05887Trypan_PARP392-430 aa

PF05887Trypan_PARP510-516 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G069920	`PF05887`	Trypan_PARP	42	52	1.1	10.0
TkA08G069920	`PF05887`	Trypan_PARP	97	138	1.1	10.0
TkA08G069920	`PF00612`	IQ	130	147	0.021	15.3
TkA08G069920	`PF00612`	IQ	265	271	0.021	15.3
TkA08G069920	`PF30383`	IQM_M	280	371	1e-44	151.2
TkA08G069920	`PF05887`	Trypan_PARP	392	430	1.1	10.0
TkA08G069920	`PF05887`	Trypan_PARP	510	516	1.1	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64851`	拟南芥	sp\|O64851\|IQM4_ARATH IQ domain-containing protein IQM4	59.200%	Swiss-Prot	高置信
`O82645`	拟南芥	sp\|O82645\|IQM1_ARATH IQ domain-containing protein IQM1	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q058N0`	拟南芥	sp\|Q058N0\|IQM5_ARATH IQ domain-containing protein IQM5	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHN9`	拟南芥	sp\|Q9LHN9\|IQM2_ARATH IQ domain-containing protein IQM2	46.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M2G8`	拟南芥	sp\|Q9M2G8\|IQM6_ARATH IQ domain-containing protein IQM6	68.800%	Swiss-Prot	低置信

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