TkA08G066490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G066490

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 17100466-17104062 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1660 bp · TkA08G066490|TK1151|cDNA

TTACAAAGTGACGCAAGGGGCCATACCCTCGCAGTTCACAGGTGTTAGCATTCTAAAAACCAAACCCTAAACCACTGATCGCTACTGTATTCATCATCTTCTCATCATCGTCAAGCAATCATGGGTTCAGACATGGAGGATTATGGATTTGAGTACTCCGAGGAGGAACCTGAAGAGCAAGATGTCGACATTGAAAATCAATATTACAATTCTAAAGGTTTGGTGGAGACTGATCCAGAGGGTGCACTTACTGGTTTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · TkA08G066490|TK1151|CDS

ATGGGTTCAGACATGGAGGATTATGGATTTGAGTACTCCGAGGAGGAACCTGAAGAGCAAGATGTCGACATTGAAAATCAATATTACAATTCTAAAGGTTTGGTGGAGACTGATCCAGAGGGTGCACTTACTGGTTTTGCTGAAGTGGTTCAGATGGAACCCGAGAAAGCAGAATGGGGATTCAAAGCACTTAAACAGACTGTCAAACTTTATTACCGTTTAGGGAGGTACAAGGAGATGACAGAAGCATATAGGGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

437 aa · TkA08G066490|TK1151|PROTEIN

MGSDMEDYGFEYSEEEPEEQDVDIENQYYNSKGLVETDPEGALTGFAEVVQMEPEKAEWGFKALKQTVKLYYRLGRYKEMTEAYREMLTYIKSAVTRNYSEKCINNIMDFVSGSASQNFGLLQEFYQTTLKALEEAKNERLWFKTNLKLCKIWFDMGEYGRMNKILKELHKSCQKADGSDDQKKGTQLLEVYAIEIQMYTETKNNKKLKQLYQKALTIKSAIPHPRIMGIIHECGGKMHMAERQWAEAATDFFEAFKNYD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G066490`
TK1151 ID	TkA08G066490
OH-1004 ID	LXL04_018525
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 88.105 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G066490

位置 Chr08:17100466-17104062 (+)

描述 Similar to CSN2: COP9 signalosome complex subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26990`	COP9 信号体复合物的组成部分，该复合物参与各种细胞和发育过程，例如光形态发生以及生长素和茉莉酸反应。	Characterization of the last subunit of the Arabidopsis COP9 signalosome: implications for the overall structure and origin of the complex.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009092

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018525 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000338 protein deneddylation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0045116 protein neddylation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:2000434 regulation of protein neddylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26990

hsa:9318

mmu:12848

rno:261736

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.651

排名 1 · TkA08G066490 · TK1151

细胞质0.486

排名 2 · TkA08G066490 · TK1151

细胞膜0.064

排名 3 · TkA08G066490 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA08G066490 · TK1151

高尔基体0.044

排名 5 · TkA08G066490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25064ARM_TT21_5th37-93 aa

PF29407CFAP70_TPR_C50-94 aa

PF14400Transglut_i_TM51-130 aa

PF25410PH_3461-86 aa

PF08771FRB_dom61-92 aa

PF13428TPR_1462-88 aa

PF13181TPR_870-88 aa

PF25410PH_34142-171 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G066490	`PF25064`	ARM_TT21_5th	37	93	0.14	13.2
TkA08G066490	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	50	94	0.048	13.9
TkA08G066490	`PF14400`	Transglut_i_TM	51	130	0.012	16.3
TkA08G066490	`PF25410`	PH_34	61	86	0.05	14.2
TkA08G066490	`PF08771`	FRB_dom	61	92	1.4	9.9
TkA08G066490	`PF13428`	TPR_14	62	88	0.03	15.7
TkA08G066490	`PF13181`	TPR_8	70	88	0.39	11.7
TkA08G066490	`PF25410`	PH_34	142	171	0.05	14.2
TkA08G066490	`PF25064`	ARM_TT21_5th	148	192	0.14	13.2
TkA08G066490	`PF08771`	FRB_dom	151	217	1.4	9.9
TkA08G066490	`PF13428`	TPR_14	156	173	0.03	15.7
TkA08G066490	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	179	257	0.048	13.9
TkA08G066490	`PF13428`	TPR_14	196	217	0.03	15.7
TkA08G066490	`PF13181`	TPR_8	198	220	0.39	11.7
TkA08G066490	`PF13428`	TPR_14	239	259	0.03	15.7
TkA08G066490	`PF08771`	FRB_dom	251	265	1.4	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W207`	拟南芥	sp\|Q8W207\|CSN2_ARATH COP9 signalosome complex subunit 2	86.200%	Swiss-Prot	高置信

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