TkA08G065960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G065960

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16950489-16951615 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

648 bp · TkA08G065960|TK1151|cDNA

ATGTCGAATCTTGATGGCCATTATGCTGCTGACTCAGTTGCTGCTGCCATTGCTCATGGTGCTTTAACTTCTTCCGAAAATGTAATTAATCTGTCTCAGGTTAATAATGCTAAAACAAAGAATGAAAAATCTGGTACTCATATGATATTCTTCAGAGGTGTTGGGTACCACATGGTAAACTGTGGTTTAATCTTGGTGAAGATGTTATCAGAGTATATTGACATGAATGCTGTATTACCAGCACTTTCATCTGAAGTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA08G065960|TK1151|CDS

ATGTCGAATCTTGATGGCCATTATGCTGCTGACTCAGTTGCTGCTGCCATTGCTCATGGTGCTTTAACTTCTTCCGAAAATGTAATTAATCTGTCTCAGGTTAATAATGCTAAAACAAAGAATGAAAAATCTGGTACTCATATGATATTCTTCAGAGGTGTTGGGTACCACATGGTAAACTGTGGTTTAATCTTGGTGAAGATGTTATCAGAGTATATTGACATGAATGCTGTATTACCAGCACTTTCATCTGAAGTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA08G065960|TK1151|PROTEIN

MSNLDGHYAADSVAAAIAHGALTSSENVINLSQVNNAKTKNEKSGTHMIFFRGVGYHMVNCGLILVKMLSEYIDMNAVLPALSSEVIHRVLEMLKFFNTRACQLVLGAGGMQVSGLKSITSKHLALASQVVSFVHAIIPEIRRILFLKVPETQKVLLLSEIERVSQDYKVHRDEIHTKLVQIMRERLLVHLRGLPQIIETWNRTDESVNTTQSVC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G065960`
TK1151 ID	TkA08G065960
OH-1004 ID	LXL04_011743
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.275 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G065960

位置 Chr08:16950489-16951615 (-)

描述 Similar to VPS54: Vacuolar protein sorting-associated protein 54, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19490`	作为GARP复合体的一个组成部分，参与从早期和晚期内体到反式高尔基体网络（TGN）的逆行转运。	The POK/AtVPS52 protein localizes to several distinct post-Golgi compartments in sporophytic and gametophytic cells.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern162

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006622 protein targeting to lysosome 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0006941 striated muscle contraction 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0007041 lysosomal transport 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010992 ubiquitin recycling 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G19490

hsa:51542

mmu:245944

rno:286932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.565

排名 1 · TkA08G065960 · TK1151

高尔基体0.447

排名 2 · TkA08G065960 · TK1151

细胞核0.114

排名 3 · TkA08G065960 · TK1151

细胞膜0.111

排名 4 · TkA08G065960 · TK1151

内质网0.090

排名 5 · TkA08G065960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07928Vps5455-186 aa

PF25402PH_2868-132 aa

PF12022COG2_C121-213 aa

PF25402PH_28161-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G065960	`PF07928`	Vps54	55	186	1.5e-46	158.8
TkA08G065960	`PF25402`	PH_28	68	132	0.012	16.4
TkA08G065960	`PF12022`	COG2_C	121	213	0.074	13.3
TkA08G065960	`PF25402`	PH_28	161	183	0.012	16.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JT76`	拟南芥	sp\|F4JT76\|VPS54_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 54, chloroplastic	66.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情