TkA08G063890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G063890

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16331303-16334299 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2390 bp · TkA08G063890|TK1151|cDNA

GGAAGACTCGAAGTCATTTAAACCACTTGTATCAAATAATGTACCTTGTTTATAAACTTCCACCCAAGAAAATCGATCTTGGTTTTCTGAAACCCCCAGCTGCCTTTCGAGTGAACGAGTGATTGACTCACCCCCAAGATCCGCTCCGCCGACAGCTCCATTCATTCCATTCCGTCATGGATCCCCATGAGTGATCACACTCTTCGTCACTCCCAAATCTCACTTCCCAAAATCCCAATTCAAAGTCTCTTGATTCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · TkA08G063890|TK1151|CDS

ATGGGTGGACTTAAGTGGTCGACGTCAGCCTTCGATTTGAAGTCAGGGCAAACGATTCTGTTAGCTCTTCTAGTAATGATTCTTTCTTTCTACAGCGGCACCTTTTTCGGCCGGAATTCTTCGATTTATGTAAATCAACTCGCCGTGAACTCTTCATCATCGACATCACTAGGTAACCCTACATTTAGTAACAGAGTCGCTCTTACTTATCGACAATCACCACTTACGATTCCAGAAACTGGAATGGACATATGCCCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · TkA08G063890|TK1151|PROTEIN

MGGLKWSTSAFDLKSGQTILLALLVMILSFYSGTFFGRNSSIYVNQLAVNSSSSTSLGNPTFSNRVALTYRQSPLTIPETGMDICPIEFNEHIPCHDPSYINKLRKQLDLSKREDIERHCPPLEKRLFCLIPPPIDYKIPIRWPTSRDYVWRSNVNHTHLAEVKGGQNWVHEKDQLWWFPGGGTHFKHGASEYIERLGNLTTNETGDLRSSGVYQVLDVGCGVASFSAYLLPLNIQTMSFAPKDGHENQIQFALERGIGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G063890`
TK1151 ID	TkA08G063890
OH-1004 ID	LXL04_000323
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	77.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.336 / OH-1004 99.158 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G063890

位置 Chr08:16331303-16334299 (-)

描述 Similar to At3g10200: Probable methyltransferase PMT6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10200`	可能的甲基转移酶 PMT6。	暂无已核实直接文献
`At5g04060`	可能的甲基转移酶 PMT7。	暂无已核实直接文献
`At1g04430`	可能的甲基转移酶 PMT8。	暂无已核实直接文献
`At5g14430`	可能的甲基转移酶 PMT9。	暂无已核实直接文献
`At3g23300`	可能的甲基转移酶 PMT1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04430

ath:AT3G10200

ath:AT3G23300

ath:AT4G14360

ath:AT5G04060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.774

排名 1 · TkA08G063890 · TK1151

内质网0.091

排名 2 · TkA08G063890 · TK1151

细胞膜0.058

排名 3 · TkA08G063890 · TK1151

细胞外0.047

排名 4 · TkA08G063890 · TK1151

细胞质0.047

排名 5 · TkA08G063890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_2991-595 aa

PF13489Methyltransf_23207-324 aa

PF13847Methyltransf_31214-325 aa

PF13649Methyltransf_25216-308 aa

PF08241Methyltransf_11217-311 aa

PF08242Methyltransf_12217-310 aa

PF13649Methyltransf_25337-366 aa

PF08242Methyltransf_12347-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G063890	`PF03141`	Methyltransf_29	91	595	1.3e-200	668.1
TkA08G063890	`PF13489`	Methyltransf_23	207	324	3.9e-05	24.1
TkA08G063890	`PF13847`	Methyltransf_31	214	325	1.8e-07	31.8
TkA08G063890	`PF13649`	Methyltransf_25	216	308	1.1e-07	33.1
TkA08G063890	`PF08241`	Methyltransf_11	217	311	1.2e-09	39.4
TkA08G063890	`PF08242`	Methyltransf_12	217	310	0.00014	23.2
TkA08G063890	`PF13649`	Methyltransf_25	337	366	1.1e-07	33.1
TkA08G063890	`PF08242`	Methyltransf_12	347	367	0.00014	23.2
TkA08G063890	`PF13649`	Methyltransf_25	505	550	1.1e-07	33.1
TkA08G063890	`PF13489`	Methyltransf_23	506	557	3.9e-05	24.1
TkA08G063890	`PF08242`	Methyltransf_12	508	551	0.00014	23.2
TkA08G063890	`PF13847`	Methyltransf_31	510	558	1.8e-07	31.8
TkA08G063890	`PF08241`	Methyltransf_11	513	554	1.2e-09	39.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TJ0`	拟南芥	sp\|Q84TJ0\|PMT6_ARATH Probable methyltransferase PMT6	68.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZA4`	拟南芥	sp\|Q9LZA4\|PMT7_ARATH Probable methyltransferase PMT7	67.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q940J9`	拟南芥	sp\|Q940J9\|PMT8_ARATH Probable methyltransferase PMT8	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VZV7`	拟南芥	sp\|Q8VZV7\|PMT9_ARATH Probable methyltransferase PMT9	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8H118`	拟南芥	sp\|Q8H118\|PMT1_ARATH Probable methyltransferase PMT1	46.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情