TkA08G063530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G063530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16237988-16239629 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1223 bp · TkA08G063530|TK1151|cDNA

ACGATATTGACTATCAACCGGCCTCCCCCTTTTCCATAAATCTGAAAGTACCGTTTATAATTTTTTGAATGCAATCACCCCCAAATTCCAACCCCAACATCCACCAAGAACCCTAATTAAAGCAAAATCATACACAGAATGAGCGAGACACCCGATCCCATATCTTCTTCTGTCAACGAATTATCAAAAACTAGTAGCGGATCTTTCGATGCGAACCGAATAGGGGAAGTGAAATCCTGGCTGGCTTCCCAATTCGACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · TkA08G063530|TK1151|CDS

ATGAGCGAGACACCCGATCCCATATCTTCTTCTGTCAACGAATTATCAAAAACTAGTAGCGGATCTTTCGATGCGAACCGAATAGGGGAAGTGAAATCCTGGCTGGCTTCCCAATTCGACGCGGCTGGGAAAGATCATGTCCCTGATTTCGATTATACCCCTCGTAGCGTTGCGCATCTACACAATCTGGCCACAATTTCTCAAGCCAAAACGCAAGCTGCCACCATAATCGCCAATGATTTTCGACTTAAAGCCTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · TkA08G063530|TK1151|PROTEIN

MSETPDPISSSVNELSKTSSGSFDANRIGEVKSWLASQFDAAGKDHVPDFDYTPRSVAHLHNLATISQAKTQAATIIANDFRLKASEYHSQAARIREILENIGLAQEGLPANVVASSQVLANVANLLNIRDTELSSFLVAMGDVSLRKTGVEDKRAKVQKESKILLDYTRKAIARLTYLKRTLAQLEDDVAPCEAQMESWNTNLSIMISKERQYLQQYSNYKAMLNRVGYTPEISHGMLVEMAEHRKDLDKKTKPILDTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G063530`
TK1151 ID	TkA08G063530
OH-1004 ID	LXL04_018478
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G063530

位置 Chr08:16237988-16239629 (+)

描述 Similar to AUG1: AUGMIN subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41350`	参与纺锤体和成膜体发育过程中的微管重组。	Characterization of the Arabidopsis augmin complex uncovers its critical function in the assembly of the acentrosomal spindle and phragmoplast microtubule arrays.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096610

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0010968 regulation of microtubule nucleation 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000922 spindle pole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005813 centrosome 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0070652 HAUS complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41350

bta:528378

hsa:115106

mmu:225745

rno:192228

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.524

排名 1 · TkA08G063530 · TK1151

细胞质0.466

排名 2 · TkA08G063530 · TK1151

细胞膜0.035

排名 3 · TkA08G063530 · TK1151

线粒体0.033

排名 4 · TkA08G063530 · TK1151

溶酶体／液泡0.033

排名 5 · TkA08G063530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25762HAUS130-268 aa

PF21672COMM_HN52-107 aa

PF13525YfiO80-101 aa

PF21672COMM_HN116-176 aa

PF17675APG6_N152-225 aa

PF25481Nucleoprot-TPR159-204 aa

PF13525YfiO167-229 aa

PF13525YfiO262-289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G063530	`PF25762`	HAUS1	30	268	8.9e-76	255.5
TkA08G063530	`PF21672`	COMM_HN	52	107	1.6	10.0
TkA08G063530	`PF13525`	YfiO	80	101	0.099	13.1
TkA08G063530	`PF21672`	COMM_HN	116	176	1.6	10.0
TkA08G063530	`PF17675`	APG6_N	152	225	0.089	14.0
TkA08G063530	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	159	204	0.11	13.2
TkA08G063530	`PF13525`	YfiO	167	229	0.099	13.1
TkA08G063530	`PF13525`	YfiO	262	289	0.099	13.1
TkA08G063530	`PF25762`	HAUS1	273	297	8.9e-76	255.5
TkA08G063530	`PF17675`	APG6_N	277	277	0.089	14.0
TkA08G063530	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	277	291	0.11	13.2
TkA08G063530	`PF21672`	COMM_HN	283	296	1.6	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IK01`	拟南芥	sp\|F4IK01\|AUG1_ARATH AUGMIN subunit 1	77.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情