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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G056900
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 14530424-14531858 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

886 bp · TkA08G056900|TK1151|cDNA

ATCATGAGTAAACAATAAGTAAACTTGTATATAAGTTGAAATAAAATTTTGCATAAGAAAAGCAAAAATAAAGACAGACTGAAACCCTCCCTAACCCTTATTTGCGATTTTGCGGCCAAGTTCATCTTCACATGCCAACAACTAGGCAACAAGAATGAATCCATATCAATTTATATACTTCTGATACATCTTCTGATCCCAACAAAATACTCAAATCCCTAAACATCACTGCGAAAAGGGTTTCTCATTTCTAAATTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · TkA08G056900|TK1151|CDS

ATGAGTTCTGTTGTGAAATCAGAAGAGGAATGGCGTGCGATTCTCTCCCCCGAACAGTTCCGCATCCTTCGCAACAAAGGAACCGAGTTGAAAGGGACCGGTGAATATGACAAGTTTTTTGTTGATGGGACATACACATGTGCTGGTTGTGGAACACCACTTTATAAATCAACCACCAAATTCAACTCTGGTTGTGGTTGGCCTGCTTTCTTTGAGGGTCTTCCCGGAGCAATCACCCGCACTGCGGATCCGGATGGGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

134 aa · TkA08G056900|TK1151|PROTEIN

MSSVVKSEEEWRAILSPEQFRILRNKGTELKGTGEYDKFFVDGTYTCAGCGTPLYKSTTKFNSGCGWPAFFEGLPGAITRTADPDGRRTEITCTACGGHLGHVFKGEGFKTPTDERHCVNSVSIKFASQDTSAS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G056900
TK1151 IDTkA08G056900
OH-1004 IDLXL04_018353
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G056900
位置Chr08:14530424-14531858 (+)
描述Similar to MSRB5: Peptide methionine sulfoxide reductase B5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21860 催化蛋白质中蛋氨酸亚砜 (MetSO) 还原为蛋氨酸。
The Arabidopsis plastidic methionine sulfoxide reductase B proteins. Sequence and activity characteristics, comparison of the expression with plastidic methionine sulfoxide reductase A, and induction by photooxidative stress.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.062430
Specificity of thioredoxins and glutaredoxins as electron donors to two distinct classes of Arabidopsis plastidial methionine sulfoxide reductases B.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.07.081
Regeneration mechanisms of Arabidopsis thaliana methionine sulfoxide reductases B by glutaredoxins and thioredoxins.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.015487
Arabidopsis thaliana plastidial methionine sulfoxide reductases B, MSRBs, account for most leaf peptide MSR activity and are essential for growth under environmental constraints through a role in the preservation of photosystem antennae.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04053.x
At4g04830 催化蛋白质中蛋氨酸亚砜 (MetSO) 还原为蛋氨酸。 暂无已核实直接文献
At4g04800 催化蛋白质中蛋氨酸亚砜 (MetSO) 还原为蛋氨酸。
Role of the methionine sulfoxide reductase MsrB3 in cold acclimation in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm143

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0360700 催化蛋白质中蛋氨酸亚砜 (MetSO) 还原为蛋氨酸。 暂无已核实直接文献
Os05g0404200 催化蛋白质中蛋氨酸亚砜 (MetSO) 还原为蛋氨酸。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018353 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0030091 protein repair 生物过程
GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0033743 peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G04800
ath:AT4G04830
ath:AT4G21860
dosa:Os03g0360700
dosa:Os05g0404200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.804
排名 1 · TkA08G056900 · TK1151
细胞核0.346
排名 2 · TkA08G056900 · TK1151
线粒体0.088
排名 3 · TkA08G056900 · TK1151
细胞膜0.072
排名 4 · TkA08G056900 · TK1151
内质网0.069
排名 5 · TkA08G056900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08271Zn_Ribbon_TF5-13 aa
PF13824zf-Mss516-12 aa
PF01641SelR15-127 aa
PF13240Zn_Ribbon_142-54 aa
PF08271Zn_Ribbon_TF42-52 aa
PF24046At4g0833043-60 aa
PF22289DmmA-like_C43-54 aa
PF24458DUF757343-53 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G056900PF08271Zn_Ribbon_TF5130.5510.5
TkA08G056900PF13824zf-Mss516120.1513.0
TkA08G056900PF01641SelR151274.6e-43146.6
TkA08G056900PF13240Zn_Ribbon_142540.08613.3
TkA08G056900PF08271Zn_Ribbon_TF42520.5510.5
TkA08G056900PF24046At4g0833043600.0001822.3
TkA08G056900PF22289DmmA-like_C43540.01615.9
TkA08G056900PF24458DUF757343530.05814.1
TkA08G056900PF26237DUF8054_C44560.09313.4
TkA08G056900PF13824zf-Mss5144620.1513.0
TkA08G056900PF12773DZR44660.212.6
TkA08G056900PF26040Zn_ribbon_CLPX_N44570.2711.7
TkA08G056900PF01907Ribosomal_L37e45690.4111.5
TkA08G056900PF17981ADD_ATRX46550.1212.9
TkA08G056900PF06677Auto_anti-p2746580.5311.1
TkA08G056900PF13824zf-Mss5164690.1513.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C5C8拟南芥sp|Q9C5C8|MSRB2_ARATH Peptide methionine sulfoxide reductase B2, chloroplastic82.800%Swiss-Prot高置信
Q9ZS91拟南芥sp|Q9ZS91|MSRB5_ARATH Peptide methionine sulfoxide reductase B582.100%Swiss-Prot高置信
Q9M0Z6拟南芥sp|Q9M0Z6|MSRB3_ARATH Peptide methionine sulfoxide reductase B379.800%Swiss-Prot高置信
Q10L32水稻sp|Q10L32|MSRB5_ORYSJ Peptide methionine sulfoxide reductase B587.600%Swiss-Prot高置信
Q6AUK5水稻sp|Q6AUK5|MSRB3_ORYSJ Peptide methionine sulfoxide reductase B3, chloroplastic82.300%Swiss-Prot高置信

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