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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G042980
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10979630-10980549 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

522 bp · TkA08G042980|TK1151|cDNA

ATGAGACGGCGACCAGGAATCGGTGGTTTACAAACTGCCGCCGCTGCTAGGGATCAATATCGATTATTGGGAGAAAATGTAGCCAAGTTAAGAACCGATATTATGAAAGAACAGATTTCTAATTTTCATTCTCAGTTAGAAGACTTCGCTCGCAAACACAAGACACGATCGCTACTCAAGACGCTTGGTGATCGTCCCGATCATGAAGCTGTCGACGCTGCTAAGGCGAGGCTTGCGGAGATTGACTCGATGTTTTCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

522 bp · TkA08G042980|TK1151|CDS

ATGAGACGGCGACCAGGAATCGGTGGTTTACAAACTGCCGCCGCTGCTAGGGATCAATATCGATTATTGGGAGAAAATGTAGCCAAGTTAAGAACCGATATTATGAAAGAACAGATTTCTAATTTTCATTCTCAGTTAGAAGACTTCGCTCGCAAACACAAGACACGATCGCTACTCAAGACGCTTGGTGATCGTCCCGATCATGAAGCTGTCGACGCTGCTAAGGCGAGGCTTGCGGAGATTGACTCGATGTTTTCGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

173 aa · TkA08G042980|TK1151|PROTEIN

MRRRPGIGGLQTAAAARDQYRLLGENVAKLRTDIMKEQISNFHSQLEDFARKHKTRSLLKTLGDRPDHEAVDAAKARLAEIDSMFSNDLYEIKLSDKVDLEEEIKKKAIERERQMHKTLISLDQMHQSYDKMLCEAEKRLEKLYESVNAGKQPLQDINRMIKRWFTLTYHPIS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G042980
TK1151 IDTkA08G042980
OH-1004 IDLXL04_017892
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G042980
位置Chr08:10979630-10980549 (-)
描述Similar to VP22-1: Vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27040 负责运输的内体分选复合体II（ESCRT-II）的组分，参与多泡体（MVB）形成及将内体货蛋白分选入MVB。 暂无已核实直接文献
At5g05850 富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。
PIRL1 and PIRL9, encoding members of a novel plant-specific family of leucine-rich repeat proteins, are essential for differentiation of microspores into pollen.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1242-6
Effect of sporophytic PIRL9 genotype on post-meiotic expression of the Arabidopsis pirl1;pirl9 mutant pollen phenotype.2011 · DOI: 10.1007/s00425-010-1324-5
At3g11330 富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。
PIRL1 and PIRL9, encoding members of a novel plant-specific family of leucine-rich repeat proteins, are essential for differentiation of microspores into pollen.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1242-6
Effect of sporophytic PIRL9 genotype on post-meiotic expression of the Arabidopsis pirl1;pirl9 mutant pollen phenotype.2011 · DOI: 10.1007/s00425-010-1324-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017892 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程
GO:0055046 microgametogenesis 生物过程
GO:0000814 ESCRT II complex 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G11330
ath:AT4G27040
ath:AT5G05850
dosa:Os04g0476700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.570
排名 1 · TkA08G042980 · TK1151
细胞质0.379
排名 2 · TkA08G042980 · TK1151
线粒体0.057
排名 3 · TkA08G042980 · TK1151
细胞膜0.042
排名 4 · TkA08G042980 · TK1151
内质网0.024
排名 5 · TkA08G042980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08349DUF172214-57 aa
PF05335DUF74515-48 aa
PF01519DUF1619-62 aa
PF22905Hydro_N_hd24-95 aa
PF30842LEKR135-49 aa
PF23406ZNF380_CC44-53 aa
PF05335DUF74569-128 aa
PF01519DUF1671-143 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G042980PF08349DUF172214570.05914.3
TkA08G042980PF05335DUF74515486.57.2
TkA08G042980PF01519DUF1619621.010.6
TkA08G042980PF22905Hydro_N_hd24950.5910.8
TkA08G042980PF30842LEKR135490.1912.7
TkA08G042980PF23406ZNF380_CC44531.310.2
TkA08G042980PF05335DUF745691286.57.2
TkA08G042980PF01519DUF16711431.010.6
TkA08G042980PF22905Hydro_N_hd751400.5910.8
TkA08G042980PF02414Borrelia_orfA781650.1612.2
TkA08G042980PF23406ZNF380_CC921431.310.2
TkA08G042980PF30842LEKR1951600.1912.7
TkA08G042980PF08349DUF17221071660.05914.3
TkA08G042980PF05335DUF7451081596.57.2
TkA08G042980PF01519DUF161201621.010.6
TkA08G042980PF23406ZNF380_CC1521641.310.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5M759拟南芥sp|Q5M759|VP221_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 188.900%Swiss-Prot低置信
Q9FFJ3拟南芥sp|Q9FFJ3|PIRL1_ARATH Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 149.000%Swiss-Prot中等置信
Q8VYG9拟南芥sp|Q8VYG9|PIRL9_ARATH Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 940.700%Swiss-Prot中等置信

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