TkA08G042800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G042800

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10930701-10935840 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1630 bp · TkA08G042800|TK1151|cDNA

GTAATATATATTTGTCTCATTTTTCTATAGATATTGATCTGCAATGTAACATGCATGTTTGTCTATACCCAAATCCACCAGCAAGCAGTATACCACAAGTGTTCCAAAAAGAGAATAGACACCTCGTCCACAATCCAAAAAGGAATTCCAGTTGGCAGTTGCTACATTACATATGCGAAAAGTCGTACGTGTTAGTGTGTTGCTCAAAACTTCACCACCTATTACAACCACCTCTCCACGTAGTGCACCCACATCCACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA08G042800|TK1151|CDS

ATGGCAAAGCTTATAGCACTCGCACTCGCCTTCTCCGCCTTTGTAGCCTTGGCTTCCGCCCAAACCACCATCTTCACCACCACAATCGAGGACGACAACCCAGTCTCCAGGCAGCAATGCAGCCGACGGATCCAGGGAGAAAGATTCAATCAGTGCCAGAGGTACCTCCAGCAAGGCCAGAGCTGGAATGAGGAAGACAACCGGAGTCAGATGCAGGGCGGCCAGCTCCAGTCTTGCTGCCAAGAGCTCCAAAACGTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · TkA08G042800|TK1151|PROTEIN

MAKLIALALAFSAFVALASAQTTIFTTTIEDDNPVSRQQCSRRIQGERFNQCQRYLQQGQSWNEEDNRSQMQGGQLQSCCQELQNVEEQCQCEAVKEAFRQAQRMQQQQQGQQGGSYGSQQIRQMKQKAQNLPNQCQLQTKQCQVGSITFTSTTTIPEEDTRGSQMCQHIRGRRFNQCQDYVERQLSGYSGSTLLMSVSRKQSQGVEQCCNELQNVEEECQCEAMKEKAQNLPNQCQLQTKQCQVGSITFTSTTTIPEED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G042800`
TK1151 ID	TkA08G042800
OH-1004 ID	LXL04_017888
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G042800`
位置	Chr08:10930701-10935840 (+)
描述	Similar to HAG5: 2S seed storage protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017888` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程 GO:0031640 killing of cells of another organism 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 GO:0045735 nutrient reservoir activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.620

排名 1 · TkA08G042800 · TK1151

细胞质0.253

排名 2 · TkA08G042800 · TK1151

细胞核0.104

排名 3 · TkA08G042800 · TK1151

溶酶体／液泡0.085

排名 4 · TkA08G042800 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA08G042800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15136UPF044918-85 aa

PF18847LPD2938-67 aa

PF00234Tryp_alpha_amyl52-143 aa

PF19522DUF605272-102 aa

PF05617Prolamin_like77-102 aa

PF05214Baculo_p3377-102 aa

PF16197KAsynt_C_assoc92-111 aa

PF15136UPF044995-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G042800	`PF15136`	UPF0449	18	85	0.022	16.0
TkA08G042800	`PF18847`	LPD29	38	67	2.0	9.8
TkA08G042800	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	52	143	9.2e-14	52.2
TkA08G042800	`PF19522`	DUF6052	72	102	6.8	7.8
TkA08G042800	`PF05617`	Prolamin_like	77	102	0.00017	22.3
TkA08G042800	`PF05214`	Baculo_p33	77	102	7.8	6.7
TkA08G042800	`PF16197`	KAsynt_C_assoc	92	111	1.2	10.3
TkA08G042800	`PF15136`	UPF0449	95	136	0.022	16.0
TkA08G042800	`PF00092`	VWA	115	156	0.15	13.0
TkA08G042800	`PF05214`	Baculo_p33	120	140	7.8	6.7
TkA08G042800	`PF18847`	LPD29	164	194	2.0	9.8
TkA08G042800	`PF15136`	UPF0449	165	184	0.022	16.0
TkA08G042800	`PF05214`	Baculo_p33	170	251	7.8	6.7
TkA08G042800	`PF16197`	KAsynt_C_assoc	190	232	1.2	10.3
TkA08G042800	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	197	243	9.2e-14	52.2
TkA08G042800	`PF19522`	DUF6052	197	226	6.8	7.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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