TkA08G035860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G035860

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9144657-9148332 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1814 bp · TkA08G035860|TK1151|cDNA

TTTTGGGTTGATACCACACTATGCGTCTAGAACGAGAGTGTGCGTAGAGTCATTATCTTCCTCAAAGTCGTCAAATTCCCAAATTCAATCGCGTTTCTTGTCGGTGGGTGCGCGTGATTTCCTCCGTATCTCCGCCTTTCTCTACACCACGCTTCTCTGTTTTCTTTTTCTTTATTATTATTTCGTTTTCAGTTTTACAATTTCTTTAACCTCGATAGCCAGTTGGTTTGATTTCGCGTGTGCCGATTTGTCACAAACTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA08G035860|TK1151|CDS

ATGCTGGGTGGTAAAGCGATGCTTAGTTTCCTCACAAGGAAAGATGTCAGAAAAATTCTCAAGCGCAAAGACAGTGATGCTGGTGAAAGAGGAAGATCAATGGAGGAACTACGGGCTACTTTATTTAGCAAGTTTAGAAGACAACACCAATCACTATTGGGACCCACGCTTGCTCTTACATTCAATTTTGTTGCATCCGTTAGTATTATCTTGATGAATAAATTGGTACTTGTGAAAGTTGGATTCAATTATCCAATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · TkA08G035860|TK1151|PROTEIN

MLGGKAMLSFLTRKDVRKILKRKDSDAGERGRSMEELRATLFSKFRRQHQSLLGPTLALTFNFVASVSIILMNKLVLVKVGFNYPIFLTFIHYICSWLIMGILKALSLLPPPPSSKSTKFSSLLGLGIVMSLSTGLANVSLKFNSVGFYQMAKIAVTPAIVLAEFMLYKKKISFRKVLALTVVSIGVAVATVTDLQFHFFGACIAVAWIIPSATNKILWSNLQQQESWNALALMWKTTPITLFFLVTMMPSLDPPGVFSF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G035860`
TK1151 ID	TkA08G035860
OH-1004 ID	LXL04_017975
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G035860

位置 Chr08:9144657-9148332 (-)

描述 Similar to At5g57100: Nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57100`	核苷酸-糖未表征转运蛋白1。	暂无已核实直接文献
`At5g55950`	核苷酸-糖未表征转运蛋白2。	暂无已核实直接文献
`At1g06890`	核苷酸-糖转运蛋白，以严格的反交换模式转运 UDP-木糖和 UMP。	Identification and Characterization of a Golgi-Localized UDP-Xylose Transporter Family from Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.133827
`At2g30460`	核苷酸-糖转运蛋白，在严格的反向交换模式下转运UDP-木糖和UMP。	暂无已核实直接文献
`At2g28315`	核苷酸-糖转运蛋白，以严格的反交换模式转运 UDP-木糖和 UMP。	Identification and Characterization of a Golgi-Localized UDP-Xylose Transporter Family from Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.133827

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017975 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0015790 UDP-xylose transmembrane transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:1900030 regulation of pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06890

ath:AT2G28315

ath:AT5G55950

ath:AT5G57100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.500

排名 1 · TkA08G035860 · TK1151

内质网0.239

排名 2 · TkA08G035860 · TK1151

细胞质0.116

排名 3 · TkA08G035860 · TK1151

细胞膜0.079

排名 4 · TkA08G035860 · TK1151

溶酶体／液泡0.074

排名 5 · TkA08G035860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13221DUF402942-105 aa

PF00892EamA54-190 aa

PF03151TPT59-337 aa

PF19120DUF5804167-199 aa

PF13221DUF4029171-185 aa

PF00892EamA233-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G035860	`PF13221`	DUF4029	42	105	0.74	11.2
TkA08G035860	`PF00892`	EamA	54	190	0.00037	21.5
TkA08G035860	`PF03151`	TPT	59	337	2.4e-16	60.7
TkA08G035860	`PF19120`	DUF5804	167	199	0.062	13.9
TkA08G035860	`PF13221`	DUF4029	171	185	0.74	11.2
TkA08G035860	`PF00892`	EamA	233	336	0.00037	21.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LU76`	拟南芥	sp\|Q9LU76\|NSTU1_ARATH Nucleotide-sugar uncharacterized transporter 1	64.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FG70`	拟南芥	sp\|Q9FG70\|NSTU2_ARATH Nucleotide-sugar uncharacterized transporter 2	66.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RXL8`	拟南芥	sp\|Q8RXL8\|UXT3_ARATH UDP-xylose transporter 3	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GUJ1`	拟南芥	sp\|Q8GUJ1\|UXT2_ARATH UDP-xylose transporter 2	29.800%	Swiss-Prot	低置信
`F4IHS9`	拟南芥	sp\|F4IHS9\|UXT1_ARATH UDP-xylose transporter 1	30.100%	Swiss-Prot	中等置信

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