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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G029480
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 7535090-7536412 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1260 bp · TkA08G029480|TK1151|cDNA

ATGGATCGGAAAGTCCTTCTTTCACCGTACATAAGGCCGTATTTTTACAGTCAGCCACCACTTCCTCCTCCTCCGCCGCCACCAGTGCCGTTTCAACCCACCACCGCCAGCTCAAACTTAAACAACAATGTGAGTCCAAGTGTTCTCCTAATCATCATAATCCTCGCCGTTATTTTCTTCATCTCCGGATTGCTTCATCTCCTCGTTAGATTCCTCGTAAAACCATCAAACAGAGACCCAGATGAATTCGACAATGTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · TkA08G029480|TK1151|CDS

ATGGATCGGAAAGTCCTTCTTTCACCGTACATAAGGCCGTATTTTTACAGTCAGCCACCACTTCCTCCTCCTCCGCCGCCACCAGTGCCGTTTCAACCCACCACCGCCAGCTCAAACTTAAACAACAATGTGAGTCCAAGTGTTCTCCTAATCATCATAATCCTCGCCGTTATTTTCTTCATCTCCGGATTGCTTCATCTCCTCGTTAGATTCCTCGTAAAACCATCAAACAGAGACCCAGATGAATTCGACAATGTGAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

419 aa · TkA08G029480|TK1151|PROTEIN

MDRKVLLSPYIRPYFYSQPPLPPPPPPPVPFQPTTASSNLNNNVSPSVLLIIIILAVIFFISGLLHLLVRFLVKPSNRDPDEFDNVTALQGQLQQLFTLHDSGVDQSFIDTLPVFTYKSITGVKNPFDCAVCLCEFEGDDQLRLLPKCSHAFHTDCIDTWLLSHSTCPICRSNLLSDYSANPFCSPFVLVLESGSSESSREIEPTIQRTEVKEEENKEKVVTVKLGKFKNVDVAAASGGEKSNIDERRCFSMGSFEYVMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G029480
TK1151 IDTkA08G029480
OH-1004 IDLXL04_018073
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)95.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G029480
位置Chr08:7535090-7536412 (+)
描述Similar to ATL49: Putative RING-H2 finger protein ATL49
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30400 RING-H2 指蛋白 ATL13。 暂无已核实直接文献
At2g18650 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At5g40250 RING-H2 指蛋白 ATL46。 暂无已核实直接文献
At1g23980 RING-H2指蛋白ATL47。 暂无已核实直接文献
At5g57750 推定 RING-H2 指蛋白 ATL50。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018073 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT2G18650
ath:AT4G30400
ath:AT5G40250
ath:AT5G57750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.356
排名 1 · TkA08G029480 · TK1151
细胞核0.318
排名 2 · TkA08G029480 · TK1151
细胞质0.278
排名 3 · TkA08G029480 · TK1151
内质网0.149
排名 4 · TkA08G029480 · TK1151
溶酶体／液泡0.075
排名 5 · TkA08G029480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16101PRIMA118-68 aa
PF13813MBOAT_247-76 aa
PF23413zf_RING_Vps8_fungal123-132 aa
PF12678zf-rbx1124-171 aa
PF04641Rtf2124-262 aa
PF12861zf-ANAPC11125-173 aa
PF11793FANCL_C127-187 aa
PF13639zf-RING_2128-171 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G029480PF16101PRIMA118680.04514.3
TkA08G029480PF13813MBOAT_247760.01816.0
TkA08G029480PF23413zf_RING_Vps8_fungal1231320.06413.3
TkA08G029480PF12678zf-rbx11241713.8e-1040.6
TkA08G029480PF04641Rtf21242620.01415.4
TkA08G029480PF12861zf-ANAPC111251735.5e-0833.5
TkA08G029480PF11793FANCL_C1271870.0913.8
TkA08G029480PF13639zf-RING_21281712.6e-1453.9
TkA08G029480PF17123zf-RING_111281576.5e-1039.3
TkA08G029480PF14446Prok-RING_11281574.88.1
TkA08G029480PF21202SLX1_C1281735.88.0
TkA08G029480PF13923zf-C3HC4_21291709e-0626.1
TkA08G029480PF13445zf-RING_UBOX1291683.9e-0524.3
TkA08G029480PF14634zf-RING_51291710.0001122.8
TkA08G029480PF00097zf-C3HC41291700.0001322.4
TkA08G029480PF13920zf-C3HC4_31291730.02615.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q940Q4拟南芥sp|Q940Q4|ATL13_ARATH RING-H2 finger protein ATL1349.800%Swiss-Prot中等置信
Q9ZV53拟南芥sp|Q9ZV53|ATL49_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL4947.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FL07拟南芥sp|Q9FL07|ATL46_ARATH RING-H2 finger protein ATL4644.700%Swiss-Prot中等置信
Q8GW38拟南芥sp|Q8GW38|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL4740.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FHG8拟南芥sp|Q9FHG8|ATL50_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL5046.300%Swiss-Prot低置信

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