TkA08G025520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G025520

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 6451672-6453664 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1396 bp · TkA08G025520|TK1151|cDNA

TAGTAGTGTGGATTGGCTTGTACCTAAAAGTGATGCGGCTTTGGATCGGCTACATAATATGGCTTTATCTGACATTGTTAATGAAATGTTGGGAATTCAAAGCACTGAAGCTAGCAATCTTCTTCAAACACTTCCCAAAAAGAATCAAGGGCCTACAATATCTCATACAAAGTCCAAGAGTTCATTACTTGGTGATGAGAAGAACTCAGCTAGCATTGTGGGTCCCAGAAGTGTTTCCCTTCCTAGACACTTACCATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1338 bp · TkA08G025520|TK1151|CDS

ATGGCTTTATCTGACATTGTTAATGAAATGTTGGGAATTCAAAGCACTGAAGCTAGCAATCTTCTTCAAACACTTCCCAAAAAGAATCAAGGGCCTACAATATCTCATACAAAGTCCAAGAGTTCATTACTTGGTGATGAGAAGAACTCAGCTAGCATTGTGGGTCCCAGAAGTGTTTCCCTTCCTAGACACTTACCATCATCAAAACAACTACAAGCATCATTGGATGGTGGTAGTGGTACAAAAGCTTTTTCATCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

446 aa · TkA08G025520|TK1151|PROTEIN

MALSDIVNEMLGIQSTEASNLLQTLPKKNQGPTISHTKSKSSLLGDEKNSASIVGPRSVSLPRHLPSSKQLQASLDGGSGTKAFSSFKSMSPHIILTCTHPSGSDKLETRVLDGGTSSLPPPIPAPAGPPPPPPPAPPAPPAPAAPPPPAAPAAPPPPPAPKAPAPPPPPKPKDPPPPPPPRASGPPPPPAPSANGGAPPPPPPSKGGGVAAPPAPNKSRMLSRTTAVKTQPAKKLKPLHWAKLNRVGQGSLWAEAEKSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G025520`
TK1151 ID	TkA08G025520
OH-1004 ID	LXL04_018128
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 51.345 / OH-1004 22.131 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G025520

位置 Chr08:6451672-6453664 (-)

描述 Similar to FH13: Formin-like protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58160`	类formin蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At2g25050`	类formin蛋白18。	暂无已核实直接文献
`At3g32400`	类 Formin 蛋白 17。	暂无已核实直接文献
`At1g31810`	类Formin蛋白14。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0119300`	类formin蛋白3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018128 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25050

ath:AT3G32400

ath:AT5G58160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583

排名 1 · TkA08G025520 · TK1151

细胞膜0.371

排名 2 · TkA08G025520 · TK1151

细胞核0.203

排名 3 · TkA08G025520 · TK1151

高尔基体0.054

排名 4 · TkA08G025520 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA08G025520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02181FH2229-446 aa

PF03750Csm2_III-A252-349 aa

PF20667Sec10_N289-342 aa

PF20667Sec10_N386-441 aa

PF03750Csm2_III-A390-430 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G025520	`PF02181`	FH2	229	446	2.5e-62	211.9
TkA08G025520	`PF03750`	Csm2_III-A	252	349	0.23	12.9
TkA08G025520	`PF20667`	Sec10_N	289	342	0.23	12.3
TkA08G025520	`PF20667`	Sec10_N	386	441	0.23	12.3
TkA08G025520	`PF03750`	Csm2_III-A	390	430	0.23	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVN1`	拟南芥	sp\|Q9LVN1\|FH13_ARATH Formin-like protein 13	61.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SK28`	拟南芥	sp\|Q9SK28\|FH18_ARATH Formin-like protein 18	60.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LH02`	拟南芥	sp\|Q9LH02\|FH17_ARATH Formin-like protein 17	60.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C6S1`	拟南芥	sp\|Q9C6S1\|FH14_ARATH Formin-like protein 14	58.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q7G6K7`	水稻	sp\|Q7G6K7\|FH3_ORYSJ Formin-like protein 3	56.700%	Swiss-Prot	低置信

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