TkA08G008980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G008980

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 2218077-2219954 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · TkA08G008980|TK1151|cDNA

TGATGATTCATCACACACATAGTACATATAAAATACCATAGCAAGTGAACCTTTCTGCATTCGTAACCACATGTCAAGACATATATATCGATGATGGAAAGATCATCTAGCAGCGACGAAAAGGGGCTGAAGAAGGGTCCATGGACTCCAGAAGAAGATCAGAAGCTTGTGGACTACATTGAACGTAATGGCCATGGCAGTTGGAGAGCACTGCCTTCACTCGCTGGTCTGAATAGGTGCGGCAAGAGTTGCCGTTTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · TkA08G008980|TK1151|CDS

ATGATGGAAAGATCATCTAGCAGCGACGAAAAGGGGCTGAAGAAGGGTCCATGGACTCCAGAAGAAGATCAGAAGCTTGTGGACTACATTGAACGTAATGGCCATGGCAGTTGGAGAGCACTGCCTTCACTCGCTGGTCTGAATAGGTGCGGCAAGAGTTGCCGTTTAAGGTGGACTAATTATCTCCGTCCTGATATCAAGCGTGGCAATTTCACCGAAGACGAAGAGAAACTCATCATCCACCTCCATTCCCATCTCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · TkA08G008980|TK1151|PROTEIN

MMERSSSSDEKGLKKGPWTPEEDQKLVDYIERNGHGSWRALPSLAGLNRCGKSCRLRWTNYLRPDIKRGNFTEDEEKLIIHLHSHLGNKWSAIATHLPGRTDNEIKNYWNTHLKKKLLQMGIDPVTHQPRTDHLDILANLPQLLAIAASNLGSTNLLNPSFFDMNLNSLISPSDATQIAKFQLLQNILQVLSTNSSLTSTSSMPENIDQFYALQLSEYLRLNPQHLQNLQDLAMNVSPSSPSLPPFSTTHNFISPSYPSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G008980`
TK1151 ID	TkA08G008980
OH-1004 ID	LXL04_031167
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.027 / OH-1004 62.058 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G008980

位置 Chr08:2218077-2219954 (+)

描述 Similar to MYB93: Transcription factor MYB93

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g34670`	作为侧根发育的负调节因子的转录因子。	AtMYB93 is a novel negative regulator of lateral root development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/nph.12879
`At5g65230`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g10280`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g17785`	转录因子MYB39。	暂无已核实直接文献
`At4g21440`	可能的转录因子，可能在渗透胁迫和伤口信号通路中发挥作用（可能性）。	Integration of wounding and osmotic stress signals determines the expression of the AtMYB102 transcription factor gene.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019273 The Arabidopsis thaliana Transcription Factor AtMYB102 Functions in Defense Against the Insect Herbivore Pieris rapae.2006 · DOI: 10.4161/psb.1.6.3512

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0045723 positive regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:1901332 negative regulation of lateral root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34670

ath:AT4G05100

ath:AT4G21440

ath:AT5G10280

ath:AT5G65230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.821

排名 1 · TkA08G008980 · TK1151

细胞质0.312

排名 2 · TkA08G008980 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA08G008980 · TK1151

细胞膜0.018

排名 4 · TkA08G008980 · TK1151

溶酶体／液泡0.012

排名 5 · TkA08G008980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_714-34 aa

PF00249Myb_DNA-binding15-62 aa

PF13921Myb_DNA-bind_618-77 aa

PF00249Myb_DNA-binding68-113 aa

PF15963Myb_DNA-bind_770-117 aa

PF13921Myb_DNA-bind_671-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G008980	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	14	34	0.13	12.8
TkA08G008980	`PF00249`	Myb_DNA-binding	15	62	4.7e-38	129.8
TkA08G008980	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	18	77	6.7e-23	81.3
TkA08G008980	`PF00249`	Myb_DNA-binding	68	113	4.7e-38	129.8
TkA08G008980	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	70	117	0.13	12.8
TkA08G008980	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	71	116	6.7e-23	81.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9Z2`	拟南芥	sp\|Q9S9Z2\|MYB93_ARATH Transcription factor MYB93	61.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJP2`	拟南芥	sp\|Q9FJP2\|MYB53_ARATH Transcription factor MYB53	55.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SBF3`	拟南芥	sp\|Q9SBF3\|MYB92_ARATH Transcription factor MYB92	51.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GWP0`	拟南芥	sp\|Q8GWP0\|MYB39_ARATH Transcription factor MYB39	56.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LDR8`	拟南芥	sp\|Q9LDR8\|MY102_ARATH Transcription factor MYB102	57.500%	Swiss-Prot	中等置信

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