TkA08G004740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G004740

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 1221168-1224772 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2032 bp · TkA08G004740|TK1151|cDNA

AGAAACTCCAAAACAATCCCATAACGAGCGAATTTTGAATGGGATGACACCAAAATGTGAGGCTCACAAATATCGCCACAATCCTTCAATCCTCTTTCTCTCTCAGGCCACGCGTGAAAGGAGCAGGCATGAGGCTTCTTCAAGCTCCAGCGTCTGTGTATGTGACTTCACAATGCTCAAAGCCTCAATCCAGAGGTGGAAGTATTCTGGAGAGGCGTATTTTGCAGTCCGCCATTAATGATTCTCTTCTCTCTCGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · TkA08G004740|TK1151|CDS

ATGAGGCTTCTTCAAGCTCCAGCGTCTGTGTATGTGACTTCACAATGCTCAAAGCCTCAATCCAGAGGTGGAAGTATTCTGGAGAGGCGTATTTTGCAGTCCGCCATTAATGATTCTCTTCTCTCTCGAAGAATAGTACGACAACAAATTTCGTTAACACGCAGGACTGTGAAACCTGTTTCTGCTACAGCTTCTTCTCTGGAAGCTGATGCTTCAACATTATTAACCGTGGAAGCTGAAAACGATGTGTTAAAAGCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · TkA08G004740|TK1151|PROTEIN

MRLLQAPASVYVTSQCSKPQSRGGSILERRILQSAINDSLLSRRIVRQQISLTRRTVKPVSATASSLEADASTLLTVEAENDVLKALSQIIDPDFGTDIVSCGFIKDLQVDDISGEVSFRLELTTPACPIKDLFEKQANEVVAALPWVKNVTVTMSAQPPNQIFSAQLPAGLQTISNIIAVSSCKGGVGKSTVAVNLAYTLAGMGARVGIFDADVYGPSLPTMVSPENRLLEMNPEKKTIIPTEYMGVKMVSFGFAGQGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G004740`
TK1151 ID	TkA08G004740
OH-1004 ID	LXL04_018325
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.660 / OH-1004 89.894 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G004740

位置 Chr08:1221168-1224772 (+)

描述 Similar to HCF101: Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24430`	光系统 I 生物合成和组装所需。	A novel protein for photosystem I biogenesis.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m309246200 The universally conserved HCF101 protein is involved in assembly of [4Fe-4S]-cluster-containing complexes in Arabidopsis thaliana chloroplasts.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01952.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0719700`	光系统 I (PSI) 生物合成和组装所需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018325 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051536 iron-sulfur cluster binding 分子功能

GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能

GO:0140663 ATP-dependent FeS chaperone activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24430

dosa:Os01g0719700

heo:C694_01035

hpj:jhp_0193

hpy:HP_0207

syn:slr0067

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.946

排名 1 · TkA08G004740 · TK1151

线粒体0.095

排名 2 · TkA08G004740 · TK1151

细胞质0.045

排名 3 · TkA08G004740 · TK1151

细胞核0.027

排名 4 · TkA08G004740 · TK1151

过氧化物酶体0.022

排名 5 · TkA08G004740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01883FeS_assembly_P81-153 aa

PF02374ArsA_ATPase124-144 aa

PF10609ParA175-411 aa

PF13614AAA_31177-296 aa

PF07015VirC1177-215 aa

PF06564CBP_BcsQ177-213 aa

PF09140MipZ178-324 aa

PF01656CbiA179-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G004740	`PF01883`	FeS_assembly_P	81	153	7.8e-20	71.7
TkA08G004740	`PF02374`	ArsA_ATPase	124	144	0.0064	16.5
TkA08G004740	`PF10609`	ParA	175	411	2.7e-82	276.6
TkA08G004740	`PF13614`	AAA_31	177	296	2.7e-10	41.1
TkA08G004740	`PF07015`	VirC1	177	215	0.0005	20.2
TkA08G004740	`PF06564`	CBP_BcsQ	177	213	0.022	15.0
TkA08G004740	`PF09140`	MipZ	178	324	4.9e-07	30.1
TkA08G004740	`PF01656`	CbiA	179	324	5.9e-10	39.9
TkA08G004740	`PF02374`	ArsA_ATPase	183	210	0.0064	16.5
TkA08G004740	`PF00142`	Fer4_NifH	184	291	0.002	18.4
TkA08G004740	`PF13481`	AAA_25	185	205	0.31	11.3
TkA08G004740	`PF16575`	CLP1_P	187	218	0.23	11.9
TkA08G004740	`PF06564`	CBP_BcsQ	275	306	0.022	15.0
TkA08G004740	`PF02374`	ArsA_ATPase	309	346	0.0064	16.5
TkA08G004740	`PF13481`	AAA_25	432	470	0.31	11.3
TkA08G004740	`PF06155`	GBBH-like_N	446	508	3.7e-08	34.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6STH5`	拟南芥	sp\|Q6STH5\|HF101_ARATH Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic	81.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JJS8`	水稻	sp\|Q0JJS8\|HF101_ORYSJ Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic	85.700%	Swiss-Prot	高置信

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