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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G415380
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 104981079-104981979 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

672 bp · TkA07G415380|TK1151|cDNA

ATGCTGGCATCAGGAGAAACGCCAGACGAGTACACTTACTCGTATGCGATCAGTGCGTGTGCTCGTGGGAAACTGTTACGATTGGGAGAGAAGCTTCACGGCAAGGTTTTAGCAGGTGGGTTTTGTTCAAATCTGTTCGTCCAAACTAATTTAGTGAACCTCTATGCGGTGGCTGGAGAGGGAGACTCCAGTGGAGTGAAGAATGCACGTAAAGTGTTTGATGAAATGGGTGAGAGAAACATGAAATCGGTGATTTTAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

672 bp · TkA07G415380|TK1151|CDS

ATGCTGGCATCAGGAGAAACGCCAGACGAGTACACTTACTCGTATGCGATCAGTGCGTGTGCTCGTGGGAAACTGTTACGATTGGGAGAGAAGCTTCACGGCAAGGTTTTAGCAGGTGGGTTTTGTTCAAATCTGTTCGTCCAAACTAATTTAGTGAACCTCTATGCGGTGGCTGGAGAGGGAGACTCCAGTGGAGTGAAGAATGCACGTAAAGTGTTTGATGAAATGGGTGAGAGAAACATGAAATCGGTGATTTTAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

223 aa · TkA07G415380|TK1151|PROTEIN

MLASGETPDEYTYSYAISACARGKLLRLGEKLHGKVLAGGFCSNLFVQTNLVNLYAVAGEGDSSGVKNARKVFDEMGERNMKSVILKRGWIHSYITRSLHINNNKTNNNHTVRVNNALLHMYAGCGVINDAYKVFDKMPSRTTVSWTTMILGFAKQGHGEQALSVFQSMKDDHGSQPDDITMLAVLQACSHSGFVEKGRDIFRNMKDMWGIEPTNRALWLHHG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G415380
TK1151 IDTkA07G415380
OH-1004 IDLXL04_032628
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)31.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.964 / OH-1004 38.132
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G415380
位置Chr07:104981079-104981979 (+)
描述Similar to PCMP-H86: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At4g14820 含五重复肽的蛋白 At4g14820。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g14050 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
The DYW Subgroup PPR Protein MEF35 Targets RNA Editing Sites in the Mitochondrial rpl16, nad4 and cob mRNAs in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0140680

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G15130
ath:AT4G13650
ath:AT4G18750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.740
排名 1 · TkA07G415380 · TK1151
质体0.112
排名 2 · TkA07G415380 · TK1151
细胞核0.052
排名 3 · TkA07G415380 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA07G415380 · TK1151
细胞膜0.007
排名 5 · TkA07G415380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-22 aa
PF29070MSC6_N1-19 aa
PF12854PPR_16-19 aa
PF13812PPR_38-20 aa
PF17177PPR_long10-81 aa
PF01535PPR11-36 aa
PF12854PPR_140-44 aa
PF13812PPR_344-79 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G415380PF13041PPR_21224e-2588.4
TkA07G415380PF29070MSC6_N1190.0314.2
TkA07G415380PF12854PPR_16191.3e-1041.5
TkA07G415380PF13812PPR_38204.1e-0627.5
TkA07G415380PF17177PPR_long10810.0115.9
TkA07G415380PF01535PPR11361.1e-2073.0
TkA07G415380PF12854PPR_140441.3e-1041.5
TkA07G415380PF13812PPR_344794.1e-0627.5
TkA07G415380PF01535PPR49621.1e-2073.0
TkA07G415380PF04733Coatomer_E63860.01115.9
TkA07G415380PF13041PPR_266824e-2588.4
TkA07G415380PF12854PPR_166761.3e-1041.5
TkA07G415380PF01535PPR67801.1e-2073.0
TkA07G415380PF05632DUF792751200.2312.1
TkA07G415380PF04733Coatomer_E1001510.01115.9
TkA07G415380PF29070MSC6_N1031960.0314.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360048.000%Swiss-Prot低置信
O23337拟南芥sp|O23337|PP311_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1482040.000%Swiss-Prot中等置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151041.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LFI1拟南芥sp|Q9LFI1|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial44.600%Swiss-Prot低置信
O23266拟南芥sp|O23266|PP308_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14050, mitochondrial42.700%Swiss-Prot低置信

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