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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G403380
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 101374441-101376981 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1796 bp · TkA07G403380|TK1151|cDNA

AAAAAGTAAACAAATTTAAATCGTGATTCAGAACTTACCAAGCACGAACAGTCAACCACGTCTGGCTTTCAATCTGTATCTACTCTTCAGCGAATCCCTTTCCCATTCTTCACAGCATTTCTAAGCACACCACCATCGATGAACACTAATCAAATCCATTATTAGGGTTTCGCAAATCCCCATAATCTTTTCTCATTAGAAGAATTCAGAGAAGCTTCGACACCGTAAGCTGTTTTGGGAGAGGCAAAACCCCTCCACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA07G403380|TK1151|CDS

ATGGCGGGTCCTGTGGGTCGTAGAGGAACCAACGCGTCGCAATCGGTACGTGGATCTAGAATTGCCGTTGCAATTGTCATCGGAATTTTACTCGGATGCGTCTTCGCAGTTTTATACCCTCACGGCCTCTTCTCCGACAATTCCAATCCGGCTTCTCATTTCCGGAGTCGCCGTCTTTCCAAATCGAATCCACAGATTGGATCAACTTGTGAAACTACAGATCAAGTCAACAAATTAAAATCAGATATTACAGATCTATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

438 aa · TkA07G403380|TK1151|PROTEIN

MAGPVGRRGTNASQSVRGSRIAVAIVIGILLGCVFAVLYPHGLFSDNSNPASHFRSRRLSKSNPQIGSTCETTDQVNKLKSDITDLSTTNDELKKQVRDLTAKLQASEQKNGQSDQQMVTVVTTDPQKPGPFGTVKGSSTNPTILPDPTVNPRLAKILEKITTKKEVIVALANSNVKSMLEVSVSSIKKAGISNYLVVALDDGIVDFCKENDVAYYKRDPDEGIDSVAKSGGNHAVSGLKFRILREFLQLGYGVLLSDVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G403380
TK1151 IDTkA07G403380
OH-1004 IDLXL04_030443
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G403380
位置Chr07:101374441-101376981 (-)
描述Similar to RRA3: Arabinosyltransferase RRA3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g19360 在细胞壁成分的阿拉伯糖基化中发挥作用。 暂无已核实直接文献
At1g75110 在细胞壁成分的阿拉伯糖基化中发挥作用。
Molecular characterization of two Arabidopsis thaliana glycosyltransferase mutants, rra1 and rra2, which have a reduced residual arabinose content in a polymer tightly associated with the cellulosic wall residue.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9162-y
At1g75120 在细胞壁成分的阿拉伯糖基化中发挥作用。
Molecular characterization of two Arabidopsis thaliana glycosyltransferase mutants, rra1 and rra2, which have a reduced residual arabinose content in a polymer tightly associated with the cellulosic wall residue.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9162-y

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0031506 cell wall glycoprotein biosynthetic process 生物过程
GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程
GO:0052325 cell wall pectin biosynthetic process 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0080147 root hair cell development 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G19360
ath:AT1G70630
ath:AT1G75110
ath:AT1G75120
ath:AT2G35610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.802
排名 1 · TkA07G403380 · TK1151
内质网0.132
排名 2 · TkA07G403380 · TK1151
细胞质0.082
排名 3 · TkA07G403380 · TK1151
细胞膜0.056
排名 4 · TkA07G403380 · TK1151
细胞外0.044
排名 5 · TkA07G403380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13886TM7S3_TM19813-44 aa
PF04791LMBR121-122 aa
PF08614ATG1651-118 aa
PF07989Cnn_1N53-104 aa
PF17098Wtap57-116 aa
PF21037CCDC138_cc70-115 aa
PF10211Ax_dynein_light71-117 aa
PF07926TPR_MLP1_271-119 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G403380PF13886TM7S3_TM19813440.2911.5
TkA07G403380PF04791LMBR1211220.1811.3
TkA07G403380PF08614ATG16511180.001119.8
TkA07G403380PF07989Cnn_1N531040.04414.7
TkA07G403380PF17098Wtap571160.08813.4
TkA07G403380PF21037CCDC138_cc701150.411.5
TkA07G403380PF10211Ax_dynein_light711170.01416.1
TkA07G403380PF07926TPR_MLP1_2711190.06114.1
TkA07G403380PF28297CCDC3_C711160.1113.5
TkA07G403380PF24922ACBP4_C711100.1513.0
TkA07G403380PF31269Cubilin_N711050.5611.0
TkA07G403380PF06156YabA711170.7511.1
TkA07G403380PF04977DivIC721010.06613.7
TkA07G403380PF11559ADIP721170.07713.8
TkA07G403380PF25785TPR731220.009417.0
TkA07G403380PF01763Herpes_UL6731230.02413.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LN62拟南芥sp|Q9LN62|RRA3_ARATH Arabinosyltransferase RRA370.300%Swiss-Prot高置信
Q9C9Q5拟南芥sp|Q9C9Q5|RRA2_ARATH Arabinosyltransferase RRA266.400%Swiss-Prot高置信
Q9C9Q6拟南芥sp|Q9C9Q6|RRA1_ARATH Arabinosyltransferase RRA160.000%Swiss-Prot高置信

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