TkA07G402930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G402930

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 101257191-101258455 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

872 bp · TkA07G402930|TK1151|cDNA

TCGACATCCAATTGGTTTGTGATTGCATTTAGGGTACTTTGAGAGTACTTGTGGTAGGAGATGTCCGGTGGGTTTGGGGAAGCGGCGGCAAGCAGGCCAACCCAAAGCTCATCGTTCTCAAATAACAATGGCTCCAACAACGGCGATGGAGGAAACTTCGAGTGCAGCATATGCCTGGATTTAGCTCAAGATCCCGTCGTTACTCTGTGCGGTCATCTCTTCTGCTGGCCTTGCATCTACAAATGGCTTCACATGCCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA07G402930|TK1151|CDS

ATGTCCGGTGGGTTTGGGGAAGCGGCGGCAAGCAGGCCAACCCAAAGCTCATCGTTCTCAAATAACAATGGCTCCAACAACGGCGATGGAGGAAACTTCGAGTGCAGCATATGCCTGGATTTAGCTCAAGATCCCGTCGTTACTCTGTGCGGTCATCTCTTCTGCTGGCCTTGCATCTACAAATGGCTTCACATGCCCGCTCGTTCACAGGAATGTCCGATCTGTAAAGCGTCCATCGAAGAAGGGAAACTAGTTCCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

210 aa · TkA07G402930|TK1151|PROTEIN

MSGGFGEAAASRPTQSSSFSNNNGSNNGDGGNFECSICLDLAQDPVVTLCGHLFCWPCIYKWLHMPARSQECPICKASIEEGKLVPLYGRGKNPTDARSQSVPNRPAGQRPETSRQANRNAYVQQYGAGLIGGFGPAISATYGNFTFSFGGIIPSIFSVHMHALNGAHMYGNGGRLVHEVRHQRDHPREVSPILVIGLLFLFALLWEPNA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G402930`
TK1151 ID	TkA07G402930
OH-1004 ID	LXL04_030433
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G402930`
位置	Chr07:101257191-101258455 (-)
描述	Similar to Rnf185: E3 ubiquitin-protein ligase RNF185
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030433` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0018996 molting cycle, collagen and cuticulin-based cuticle 生物过程 GO:0030163 protein catabolic process 生物过程 GO:0031648 protein destabilization 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0040039 inductive cell migration 生物过程 GO:0044314 protein K27-linked ubiquitination 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_C16C10.7 gga:416965 hsa:6048 mmu:193670 rno:407784 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.338

排名 1 · TkA07G402930 · TK1151

细胞核0.253

排名 2 · TkA07G402930 · TK1151

细胞质0.230

排名 3 · TkA07G402930 · TK1151

高尔基体0.198

排名 4 · TkA07G402930 · TK1151

细胞膜0.177

排名 5 · TkA07G402930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29536PTR3_N29-77 aa

PF04564U-box33-86 aa

PF05290Baculo_IE-133-81 aa

PF13923zf-C3HC4_234-75 aa

PF13920zf-C3HC4_334-81 aa

PF13639zf-RING_234-76 aa

PF14634zf-RING_534-76 aa

PF14835zf-RING_634-76 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G402930	`PF29536`	PTR3_N	29	77	0.05	14.0
TkA07G402930	`PF04564`	U-box	33	86	0.047	14.6
TkA07G402930	`PF05290`	Baculo_IE-1	33	81	0.2	12.3
TkA07G402930	`PF13923`	zf-C3HC4_2	34	75	2.8e-10	40.6
TkA07G402930	`PF13920`	zf-C3HC4_3	34	81	1.1e-09	38.6
TkA07G402930	`PF13639`	zf-RING_2	34	76	3.7e-09	37.4
TkA07G402930	`PF14634`	zf-RING_5	34	76	1.4e-07	32.0
TkA07G402930	`PF14835`	zf-RING_6	34	76	0.019	15.5
TkA07G402930	`PF16685`	zf-RING_10	34	77	0.077	13.8
TkA07G402930	`PF17123`	zf-RING_11	34	59	0.38	11.2
TkA07G402930	`PF00097`	zf-C3HC4	35	75	3.3e-10	40.4
TkA07G402930	`PF13445`	zf-RING_UBOX	35	73	1.4e-09	38.5
TkA07G402930	`PF15227`	zf-C3HC4_4	35	75	2.3e-07	31.5
TkA07G402930	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	35	80	3.5e-06	27.7
TkA07G402930	`PF14447`	Prok-RING_4	35	81	0.0002	21.9
TkA07G402930	`PF21362`	Sina_RING	35	75	0.24	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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