TkA07G400050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G400050

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 100520739-100522982 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1991 bp · TkA07G400050|TK1151|cDNA

GCTGTTTGGAGCCCACGATTATATTCGTCCCACTCAAAGAGACAGACTGTTCCAAACCCCTCTCAAACCCTTAAAAACCCCCTTCCCAAACTCTTTCTTCTCATCTGTCTTCTGTTCTTTTCTTTCTGAAAATTCAAGCTTTTCTTTCATCCATCAATGGCGGAAGAAACCCTTAACGCAGCCGCACAATCCGCAGCTCCTGCTGAGGTTGTCGTTGTTTCCGATGTTCCCGAGGCCGAGAAGGTTGAAACCTGTGCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1647 bp · TkA07G400050|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGAAACCCTTAACGCAGCCGCACAATCCGCAGCTCCTGCTGAGGTTGTCGTTGTTTCCGATGTTCCCGAGGCCGAGAAGGTTGAAACCTGTGCGAAAGAAGCTGTGTTGCCGGAGCCGGTGAAGGCTGTCGCCGTTGAAGATGAGAAGGAGAAGGTTGCTGCATCGAGTTCGTTCAAGGAGGAAAGTAACGTAGTGGGTGAGTTACCTGATCCAGAGAAGAAGGCTTTGGATGAGCTGAAACTTTTGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

548 aa · TkA07G400050|TK1151|PROTEIN

MAEETLNAAAQSAAPAEVVVVSDVPEAEKVETCAKEAVLPEPVKAVAVEDEKEKVAASSSFKEESNVVGELPDPEKKALDELKLLVQEALNKHEFTAPTPPVKEEEKPVEEKPVEEKAKPCDDPAVPTPVTEPECKEEEKVTPPTAEPSEPVKEVAEVVVKTESCVDEDGAKKIEAIQETIVAVTMPAEPPKTEETEQPPAPPCATEELPISPEEVSIWGIPLLADERSDVILLKFLRARDFKVKDAFTMLKNVVAWRKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G400050`
TK1151 ID	TkA07G400050
OH-1004 ID	LXL04_030369
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G400050

位置 Chr07:100520739-100522982 (+)

描述 Similar to PATL5: Patellin-5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72160`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g09160`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g72150`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	Patellin1, a novel Sec14-like protein, localizes to the cell plate and binds phosphoinositides.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045369
`At1g22530`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g30690`	可能参与细胞分裂过程中与细胞板形成相关的膜转运事件的载体蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030369 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:1901703 protein localization involved in auxin polar transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22530

ath:AT1G30690

ath:AT1G72150

ath:AT1G72160

ath:AT4G09160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.657

排名 1 · TkA07G400050 · TK1151

细胞膜0.215

排名 2 · TkA07G400050 · TK1151

细胞核0.176

排名 3 · TkA07G400050 · TK1151

内质网0.105

排名 4 · TkA07G400050 · TK1151

高尔基体0.099

排名 5 · TkA07G400050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03765CRAL_TRIO_N213-253 aa

PF00650CRAL_TRIO275-433 aa

PF13716CRAL_TRIO_2325-432 aa

PF03765CRAL_TRIO_N360-373 aa

PF25099GOLD_PATL1_C454-539 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G400050	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	213	253	9.4e-12	45.6
TkA07G400050	`PF00650`	CRAL_TRIO	275	433	1.1e-31	110.5
TkA07G400050	`PF13716`	CRAL_TRIO_2	325	432	0.0029	18.7
TkA07G400050	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	360	373	9.4e-12	45.6
TkA07G400050	`PF25099`	GOLD_PATL1_C	454	539	2.9e-32	111.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56Z59`	拟南芥	sp\|Q56Z59\|PATL3_ARATH Patellin-3	64.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0R2`	拟南芥	sp\|Q9M0R2\|PATL5_ARATH Patellin-5	63.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q56WK6`	拟南芥	sp\|Q56WK6\|PATL1_ARATH Patellin-1	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q56ZI2`	拟南芥	sp\|Q56ZI2\|PATL2_ARATH Patellin-2	55.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94C59`	拟南芥	sp\|Q94C59\|PATL4_ARATH Patellin-4	48.800%	Swiss-Prot	中等置信

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