RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G397520
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 99877412-99879055 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1001 bp · TkA07G397520|TK1151|cDNA

CTGAAGTTTACCCTAAAAGAATAAAGATATTTAGTTAGTTTCAACAATAATTGGCTATTTTGTAAGAGAAGAATTAATGTAAATCTATATGTTAGTTAAAGCTCTGTTATGCTATGCTAAAATGGCAGCATCGATCAAGTGAGAATGCCTTCAAGTTTCTGTAAAATCCAACGGATTTGAAATGGCTGGTTCCGCGGACGGATCGTCATCACCATCAGGCGGTACAGAAGGTTGCAGTAATTGCTGGAATTGGAGGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA07G397520|TK1151|CDS

ATGGCTGGTTCCGCGGACGGATCGTCATCACCATCAGGCGGTACAGAAGGTTGCAGTAATTGCTGGAATTGGAGGAAGGCACTATCAGCTGAAGTAAAGCTGTTCCGAGGGTTTGCATTTGCTTTTACCCTCGTCTTCACCTTACTCCTGTTTTTGTCCTTCTATCTCTTCTACCTTCGCCTCCGTCGTCTCCGTCGCCGTACACCGCATTGGTCGGAAGCCTCATCTGCCAACAATGCGGTATCCACGGAGCAAGCCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

205 aa · TkA07G397520|TK1151|PROTEIN

MAGSADGSSSPSGGTEGCSNCWNWRKALSAEVKLFRGFAFAFTLVFTLLLFLSFYLFYLRLRRLRRRTPHWSEASSANNAVSTEQAELGLKKELREMLPIIVFKESFSVTDTICSVCLGDYEADDRLQQIPACKHAFHVECIDHWLSTHTTCPLCRLSLLSSSSSPPSLPETANATATSSTTTTDASLHIENCGQSSSNMELITQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G397520
TK1151 IDTkA07G397520
OH-1004 IDLXL04_030323
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G397520
位置Chr07:99877412-99879055 (+)
描述Similar to ATL58: RING-H2 finger protein ATL58
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g33480 RING-H2 指状蛋白 ATL58。 暂无已核实直接文献
At4g10160 E3泛素蛋白连接酶，能够在体外通过与泛素结合酶 E2 UBC8、UBC10、UBC11 和 UBC34 的作用催化多泛素化。 暂无已核实直接文献
At4g10150 RING-H2 指蛋白 ATL7。 暂无已核实直接文献
At4g24015 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g18650 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0048481 plant ovule development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G33480
ath:AT3G10910
ath:AT4G10150
ath:AT4G10160
ath:AT4G24015
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.402
排名 1 · TkA07G397520 · TK1151
内质网0.238
排名 2 · TkA07G397520 · TK1151
细胞质0.194
排名 3 · TkA07G397520 · TK1151
溶酶体／液泡0.194
排名 4 · TkA07G397520 · TK1151
细胞核0.169
排名 5 · TkA07G397520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17120zf-RING_1617-26 aa
PF00097zf-C3HC418-21 aa
PF13923zf-C3HC4_218-23 aa
PF14634zf-RING_518-23 aa
PF13445zf-RING_UBOX18-25 aa
PF14570zf-RING_418-23 aa
PF13920zf-C3HC4_318-22 aa
PF06837Fijivirus_P9-235-86 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G397520PF17120zf-RING_1617264.97.6
TkA07G397520PF00097zf-C3HC418219.3e-0729.3
TkA07G397520PF13923zf-C3HC4_218231.3e-0628.8
TkA07G397520PF14634zf-RING_518230.0001622.3
TkA07G397520PF13445zf-RING_UBOX18250.000421.0
TkA07G397520PF14570zf-RING_418230.6210.6
TkA07G397520PF13920zf-C3HC4_318220.7710.3
TkA07G397520PF06837Fijivirus_P9-235860.829.8
TkA07G397520PF15975Flot761040.2312.3
TkA07G397520PF06837Fijivirus_P9-21071300.829.8
TkA07G397520PF17122zf-C3H2C31091178.97.2
TkA07G397520PF14446Prok-RING_11111420.1213.2
TkA07G397520PF13920zf-C3HC4_31111570.7710.3
TkA07G397520PF25143Zn_ribbon_IFT122_C1121191.99.1
TkA07G397520PF13639zf-RING_21131561.3e-1351.7
TkA07G397520PF17120zf-RING_161131534.97.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q570X5拟南芥sp|Q570X5|ATL58_ARATH RING-H2 finger protein ATL5849.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SN27拟南芥sp|Q9SN27|ATL59_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL5968.700%Swiss-Prot低置信
Q9SN28拟南芥sp|Q9SN28|ATL7_ARATH RING-H2 finger protein ATL746.800%Swiss-Prot中等置信
Q84TF5拟南芥sp|Q84TF5|RHA4A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA4A35.000%Swiss-Prot中等置信
Q9ZV53拟南芥sp|Q9ZV53|ATL49_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL4946.800%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看