TkA07G390150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G390150

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 97863926-97865871 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1411 bp · TkA07G390150|TK1151|cDNA

GAAGGAAGTCAGTCGTAGATAAACGATCGCTCCACTACACTACCAATCGCCGTCGTAGATAGTTTTGCCGTCGACATGTTTACCGGCTTCAACGAGCTCATCAGCTTAAACTTCGCCCTTCAAAAACACTCACCTTCTACCGGAGCTATTTGGTACGCCGCCGGTCCTATAGCTGTACTCATGTTCGCCTCTCTTGTCTACTCAATTTCGTCCAAAAATAAGAAGGAATTGAACATCGGAAGGTATGATGATGTCTCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1071 bp · TkA07G390150|TK1151|CDS

ATGTTTACCGGCTTCAACGAGCTCATCAGCTTAAACTTCGCCCTTCAAAAACACTCACCTTCTACCGGAGCTATTTGGTACGCCGCCGGTCCTATAGCTGTACTCATGTTCGCCTCTCTTGTCTACTCAATTTCGTCCAAAAATAAGAAGGAATTGAACATCGGAAGGTATGATGATGTCTCGGTAGAGATTGCAGAGGCGGCCAGAGGCTCGTTTCAGAGATCTGATGACGACGAAGTTTCCTGGAAATCTGCAAGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

356 aa · TkA07G390150|TK1151|PROTEIN

MFTGFNELISLNFALQKHSPSTGAIWYAAGPIAVLMFASLVYSISSKNKKELNIGRYDDVSVEIAEAARGSFQRSDDDEVSWKSASDVLFQEDNNDIISEADAKYAEEIQIQEALLASIFSSQTKTNASTSSLKTRSSLSSLLKTTESTETTCKICLENHEQWQMFKNPTCSHSFCYTCTSKHATTKIHESKNTITCPESNCKSTLDPYTLRQIIPKESLIKWDQHLCESMILESQKLYCPFADCSVLLINDDISITNID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G390150`
TK1151 ID	TkA07G390150
OH-1004 ID	LXL04_030253
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G390150`
位置	Chr07:97863926-97865871 (+)
描述	Similar to Arih1: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030253` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010431 seed maturation 生物过程 GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0039585 PKR/eIFalpha signaling 生物过程 GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程 GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G26130 bta:508410 dre:405859 hsa:25820 mmu:23806 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.541

排名 1 · TkA07G390150 · TK1151

细胞质0.396

排名 2 · TkA07G390150 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA07G390150 · TK1151

内质网0.078

排名 4 · TkA07G390150 · TK1151

溶酶体／液泡0.040

排名 5 · TkA07G390150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01485IBR151-182 aa

PF24921RING_XB3-XBAT31152-199 aa

PF22191IBR_1153-184 aa

PF00097zf-C3HC4153-198 aa

PF17123zf-RING_11153-179 aa

PF26200Rcat_RNF216170-184 aa

PF22605IBR_2170-182 aa

PF01485IBR186-206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G390150	`PF01485`	IBR	151	182	1.2e-18	67.7
TkA07G390150	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	152	199	0.014	16.2
TkA07G390150	`PF22191`	IBR_1	153	184	1.3e-07	32.1
TkA07G390150	`PF00097`	zf-C3HC4	153	198	0.0031	18.1
TkA07G390150	`PF17123`	zf-RING_11	153	179	0.026	14.9
TkA07G390150	`PF26200`	Rcat_RNF216	170	184	0.00024	22.3
TkA07G390150	`PF22605`	IBR_2	170	182	0.00055	20.7
TkA07G390150	`PF01485`	IBR	186	206	1.2e-18	67.7
TkA07G390150	`PF22191`	IBR_1	193	204	1.3e-07	32.1
TkA07G390150	`PF22605`	IBR_2	197	203	0.00055	20.7
TkA07G390150	`PF01485`	IBR	222	282	1.2e-18	67.7
TkA07G390150	`PF26200`	Rcat_RNF216	235	286	0.00024	22.3
TkA07G390150	`PF22191`	IBR_1	244	279	1.3e-07	32.1
TkA07G390150	`PF00097`	zf-C3HC4	245	264	0.0031	18.1
TkA07G390150	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	254	268	0.014	16.2
TkA07G390150	`PF22605`	IBR_2	259	266	0.00055	20.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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