TkA07G351010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G351010

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 87704608-87707015 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1136 bp · TkA07G351010|TK1151|cDNA

ATCACCTTTTCGTTTATAAAAAACGCGGTGTGGAATTTGTTTTGTATTCAATACGTCAACCCCCACCTTACCTACATTCTTATTAAGCCCCCGACATTGCTGGCATCTTCAACAAATCTTCGACGAAGTCGTTTACTTTTTAAACTTTATCTCCGCAAAGATTCCGGTTACCCGCCGATCGCCTCAGAAGTTACTAAAATATCTCGACTTATCCTCGATTTAGTCGATCTCAAGTCCATACACGACGATGAATCCCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA07G351010|TK1151|CDS

ATGAATCCCGAATATGACTACCTGTTCAAGCTACTACTCATAGGAGATTCAGGAGTTGGAAAATCATGTCTGCTGTTGCGTTTTGCAGATGATTCATACTTGGAAAGTTACATCAGCACCATCGGTGTAGACTTTAAAATCCGCACAGTGGAACAGGATGGCAAAACAATTAAGCTCCAAATTTGGGACACTGCTGGCCAAGAACGTTTCAGGACAATCACCAGCAGCTACTATCGTGGAGCTCATGGCATTATTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA07G351010|TK1151|PROTEIN

MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLESYISTIGVDFKIRTVEQDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLSEIDRYANENVNKLLVGNKCDLTSQKVVSYETGKAFADEIGIPFLETSAKSSTNVEEAFMAMTAEIKNRMASQPSMNNARPPTVQIRGQPVNQKSGCCSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G351010`
TK1151 ID	TkA07G351010
OH-1004 ID	LXL04_029830
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.537 / OH-1004 95.192 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G351010

位置 Chr07:87704608-87707015 (-)

描述 Similar to RABD2C: Ras-related protein RABD2c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17530`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g47200`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At1g02130`	蛋白质运输。	A rab1 GTPase is required for transport between the endoplasmic reticulum and golgi apparatus and for normal golgi movement in plants.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.11.2201 Redistribution of membrane proteins between the Golgi apparatus and endoplasmic reticulum in plants is reversible and not dependent on cytoskeletal networks.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2002.01252.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0558600`	具有GTP酶活性。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029830 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02130

ath:AT4G17530

ath:AT5G47200

dosa:Os01g0558600

zma:542396

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.509

排名 1 · TkA07G351010 · TK1151

高尔基体0.462

排名 2 · TkA07G351010 · TK1151

溶酶体／液泡0.178

排名 3 · TkA07G351010 · TK1151

细胞膜0.155

排名 4 · TkA07G351010 · TK1151

内质网0.140

排名 5 · TkA07G351010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf9-129 aa

PF00503G-alpha9-25 aa

PF00735Septin9-66 aa

PF00071Ras10-170 aa

PF08477Roc10-124 aa

PF04670Gtr1_RagA10-128 aa

PF02421FeoB_N10-161 aa

PF10662PduV-EutP10-60 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G351010	`PF00025`	Arf	9	129	5.9e-17	62.4
TkA07G351010	`PF00503`	G-alpha	9	25	0.094	12.6
TkA07G351010	`PF00735`	Septin	9	66	0.094	12.7
TkA07G351010	`PF00071`	Ras	10	170	1.8e-69	233.2
TkA07G351010	`PF08477`	Roc	10	124	2.9e-37	128.2
TkA07G351010	`PF04670`	Gtr1_RagA	10	128	0.00011	22.4
TkA07G351010	`PF02421`	FeoB_N	10	161	0.028	14.6
TkA07G351010	`PF10662`	PduV-EutP	10	60	0.13	12.8
TkA07G351010	`PF12775`	AAA_7	10	50	0.19	11.9
TkA07G351010	`PF05621`	TniB	10	31	0.26	11.5
TkA07G351010	`PF00009`	GTP_EFTU	11	25	1.8e-06	28.4
TkA07G351010	`PF01926`	MMR_HSR1	11	122	1.5e-05	25.8
TkA07G351010	`PF09439`	SRPRB	11	131	0.00021	21.4
TkA07G351010	`PF00004`	AAA	11	86	0.022	15.9
TkA07G351010	`PF13555`	AAA_29	11	25	0.091	13.3
TkA07G351010	`PF13191`	AAA_16	11	30	0.12	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEH3`	拟南芥	sp\|Q9SEH3\|RAD2C_ARATH Ras-related protein RABD2c	90.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FPJ4`	拟南芥	sp\|Q9FPJ4\|RAD2B_ARATH Ras-related protein RABD2b	90.600%	Swiss-Prot	高置信
`P28188`	拟南芥	sp\|P28188\|RAD2A_ARATH Ras-related protein RABD2a	87.200%	Swiss-Prot	高置信
`P40392`	水稻	sp\|P40392\|RIC1_ORYSJ Ras-related protein RIC1	88.100%	Swiss-Prot	高置信

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